سال‎هاست که شاخص‌های ارتقای علمی ‌اساتید، مورد اختلاف اعضای هیئت علمی ‌دانشگاه‌های مختلف قرار دارد، خصوصاً اجبار به ارائه مقالات متعدد در سال و به‌ویژه ارسال مقاله ISI به‌عنوان مسیری برای ارتقای علمی!
مقاله ISI علاوه بر هزینه‌بر بودن، بازار سیاه پذیرش میلیونی مقالات، رد بدون دلیل مقالات دانشجویان، طولانی بودن روند دریافت و چاپ مقالات به‌گونه‌ای تحویل مجانی علم تولیدی داخل کشور به ژورنال‌های خارجی است، ژورنال‌هایی که در مسیر تحریم علمی ‌ایران هم گام برمی‌دارند.
یکی از اساتید جامعه‌شناسی دانشگاه تهران در  گفت‌وگویی معضل مقالات را این‌گونه مطرح کرد: اگر یک استاد دانشگاه ۱۰۰ کتاب هم تولید کند بازهم ملاک ارتقای رتبه اساتید، ۴ مقاله ISI است؛ همین موضوع موجب شده است که دانشکده فنی دانشگاه تهران جز تولید ISI و مهاجرت دانشجو کار دیگری نداشته باشد.
یکی دیگر از استادان دانشگاه در این‌باره معتقد است: متأسفانه این مسئله در ایران اتفاق افتاده است. مثلاً ابلاغ کرده‌اند که همه اساتید برای ارتقا باید مقاله ISI داشته باشند. خب کجا این مقاله ISI را تصویب و تأیید می‌کنند؟ سرپل‌هایی در قالب شرکت‌هایی در هند، پاکستان، مالزی و ‌ترکیه! این شرکت‌ها مقالات ما را به‌صورت عمده می‌گیرند یا پول می‌گیرند و می‌نویسند و بعد هم می‌برند به قول خودشان در ISI ثبت می‌کنند. ‌‌ای کاش گردش مالی این صنعت شفاف می‌شد. من هیچ سندی ندارم، ولی فکر نمی‌کنم کمتر از ۱۰۰ میلیارد تومان در ماه باشد. این پروسه اگر برای عده‌ای در داخل کشور سود نداشت، چرا باید این چنین بر آن پافشاری می‌شد؟ چون سود دارد به دنبالش حلقه‌های قدرت ایجاد می‌شود و این حلقه‌ها آنچنان لابی‌هایی دارند که هر کس را بخواهد با آنها مقابله کند، خفه می‌کنند. مثل اتفاقی که برای حذف «مشق شب» افتاد. تا یک نفر خواست صنعت‌شان را مخدوش کند، سریعاً فضاسازی کردند و هزارتا آسمان و ریسمان ساختند و مانع شدند.
استاد فیزیک و فلسفه علم دانشگاه شریف نیز معتقد است: در بسیاری از کشورهای پیشرفته‌ای همچون ژاپن، ‌آلمان و فرانسه مقاله ISI ملاک نیست و کم نیستند دانشجویانی که به دلیل ارائه ندادن مقاله در دانشگاه‌های کشور پذیرفته نمی‌شوند و همین دانشجویان سر از استنفورد و پرینستون در می‌آورند؛‌ چراکه این ‌دانشگاه‌ها معیارشان برای جذب دانشجو مقاله ISI نیست ‌اما اساتید دانشگاه‌های کشورمان با گرفتار ‌شدن در تله ISI و سرگرم شدن به رنکینگ‌های بین‌المللی با دست خودشان نخبه‌ها را فراری می‌دهند. خروجی دانشگاه‌های کشور افراد بی‌مهارتی است که حتی توانایی برقراری ارتباط با جامعه خود را ندارد.
افزون بر این، رئیس سابق دانشگاه صنعتی شریف در نشست بسیج دانشجویی این دانشگاه که با عنوان «مقاله‌محوری در دانشگاه‌ها و راهکارهای برون‌رفت از آن» برگزار شد، گفت: ISI با این هدف ایجاد شد که دانشمندان در سرتاسر دنیا بتوانند با هم حرف بزنند و دستاورد‌های خود را به ‌اشتراک بگذارند که این جنبه خوب ISI است ولی ISI جنبه‌های منفی بسیاری دارد از جمله اینکه به شدت استعماری است به این صورت که  ISI می‌تواند خیلی زیرکانه تمامی تحقیقات در سراسر دنیا را جهت‌دهی کند. همچنین اینکه شکل مقاله و فرمت آن را هم او تعیین می‌کند و نکته رذیلانه‌ای که گاهی اوقات پیش می‌آید که اگر مقاله خوبی به دست ناشر برسد آن را رد کرده و ناشر به نام خود آن را چاپ می‌کند و امتیاز مقاله را از نویسنده واقعی آن سلب می‌کند. نکته دیگر اینکه صاحبان این مجلات می‌توانند در کشور‌های جهان سومی ‌افراد بزرگ را با چاپ نکردن مقاله‌هایشان کوچک کرده و افراد کوچک را بزرگ کنند. به‌عنوان مثال یکی از دوستان من که از سوئد آمده بود برای من تعریف می‌کرد که اگر بخواهند فردی را بزرگ کنند هر مقاله‌ای که می‌نویسند نام او را هم در آن ثبت می‌کنند و اگر کسی را نخواهند بزرگ کنند هر کاری که بکند مقالات او را چاپ نمی‌کنند. همانند کاری که آمریکا در پاناما کرد که یک آدم ضعیف را رئیس‌جمهور کرد و پس از اینکه شرایط جامعه به هم ریخت خود را فرشته نجات معرفی کرد و وارد پاناما شد.
وزیر اسبق صنایع و معادن در دولت نهم نیز با‌ اشاره به مقالات ISI اظهار داشت: محققان برجسته کشورها فعالیت چندین ساله خود را در 10 یا 15 برگ در اختیار کشورها قرار می‌دهند که آنان از این تولید بهره می‌برند، کشورهای دیگر، علم ارائه شده محققان سایر کشورها که یک عمر زمان برده است را تبدیل به فناوری کرده و با قیمت بسیار بالا به خود کشور می‌فروشند!
رهبر انقلاب نیز در دیدار با اساتید دانشگاه وقتی که اساتید از سیستم ارتقای هیئت علمی‌گلایه کردند حق را به آنها دادند و فرمودند: «مقالات درج‌ شده‌ در مجلات ISI هم همیشه ملاک نیست. آن‌چنان که اهل فن و افراد مطلع به بنده گزارش می‌دهند، این‌ها سطوح مختلفى دارد و آن‌چنان نیست که صرف این معنا یک ملاک دائمى به ‌حساب بیاید.»
معظم‌له همچنین در دیداری دیگر می‌فرمایند: «صرف اینکه مثلاً یک مقاله در یک مجله‌ ISI منتشر کرده یا چه تعداد مقاله منتشر کرده، کافى نیست؛ یعنى محقق و پژوهشگر ما نباید براى کسب رتبه‌ علمى به دنبال این باشد که مقاله‌اى را تهیه و تولید کند که براى کشور هیچ فایده‌اى ندارد و هیچ خلأیى از خلأهاى پژوهشى کشور را پر نمی‌کند.»
همانند سال‌های قبل ظاهراً با برقراری تحریم‌ها، عدم پذیرش آثار پژوهشگران ایرانی در انتشارات معروف دنیا مجدداًً آغاز شده است. هر چند در گذشته نیز همزمان با تحریم‌های سیاسی ایران، دامنه تحریم‌‌ها به حیطه چاپ و انتشار مقالات شهروندان ایرانی نیز گسترده شد. اخیراً انتشارات معروفی مانند Elsevier، Willey وTaylor & Francis در ارتباط با مقالات ایرانی به‌صورت واضح و شفاف و با ارائه این دلیل که نویسندگان مقاله از شهروندان ایرانی هستند یا اینکه وابسته به دولت ایران می‌باشند از ارائه خدمات چاپ و انتشار معذورند.
در یک نمونه از ایمیل‌هایی که اخیراً برای یکی از پژوهشگران ایرانی که قصد چاپ مقاله در مجله Drug and Chemical Toxicology از سوی سردبیر این مجله ارسال شده است، صراحتاً قید شده است که به‌خاطر دور جدید تحریم‌های صورت گرفته ایالات متحده آمریکا مقالاتی که نویسندگان آن شهروند ایران باشند یا نویسندگان آن مستقیم یا غیرمستقیم به دولت ایران وابسته باشند در این مجله مورد بررسی قرار نخواهند گرفت!
به علاوه، اخیراً وب‌سایت الزویر قوانین تحریم‌های OFCA یا دفتر کنترل سرمایه‌های خارجی را در انتشارات خود بروز نموده است و بر اساس آن از نویسندگان ایرانی و برخی کشورهای دیگر خواسته است در تعهدنامه اقرار نمایند که کار پژوهشی آنها وابسته به نهاد، موسسه یا سازمان وابسته به دولت ایران نباشد!
بر طبق آمارهای شورای عالی انقلاب فرهنگی تعداد مقالات ISI برتر ایران از 196 عنوان در سال 2005 به 758 عنوان در سال 2015 رسیده است. این آمار قطعا با توجه به ارسال مقالات دانشجویان به ژورنال‌های خارجی به تعداد قابل ‌توجهی خواهد رسید. از سوی دیگر، انتشار یک مقاله علمی‌یا به اصطلاح Paper یا Article در ژورنال‌های خارجی نیاز به یک پروسه‌ای دارد که دریافت وجه از 30 تا 500 دلار از الزامات روند پذیرش یک مقاله در آن ژورنال به‌حساب می‌آید. حال اگر به‌طور مثال، آمار تعداد مقالات منتشرشده در سال 2016 را در هزینه انتشار آن در یک ژورنال ضرب کنیم، به یک هزینه سرسام‌آوری خواهیم رسید.
البته این همه ماجرا سود آن ژورنال نخواهد بود، بلکه این ابتدای همان «الیگارشی بین‌المللی» با یک پوسته علمی‌ می‌تواند باشد. ماجرا خیلی ساده است. طبیعتاً یک پژوهشگر به‌دنبال ارائه یک مقاله برای انتشار نتایج تحقیق خود است و مقالات ISI مهم‌ترین فضا برای انتشار آن به شمار می‌روند. محقق در سرچ ژورنال‌ها به ژورنال‌های hot paper می‌رسد که این مقالات بیشترین ارجاع را دارند. پژوهشگر می‌آید و تحقیق خود را داخل فیلد این مقاله انجام می‌دهد، زیرا فرض می‌کند بیشتر دیده می‌شود، اما پشت صحنه اتفاق دیگری در حال روی دادن است؛ آن ژورنال، مقاله‌ای را برتر می‌کند که مورد نیاز آن کشور یا آن موسسه است. به این معنی که شرکت‌های متصل به ژورنال‌ها آن مسئله اصلی و عمده خودشان را که ابهام دارند و می‌خواهند پژوهشگران روی آن کار کنند، به‌صورت hot paper چاپ می‌کنند و پژوهشگر برای اینکه مقاله‌اش چاپ شود، از این موضوع تأسی می‌گیرد و طبق آن چیزی که آنها می‌خواهند، کار می‌کند.جالب اینجاست که پژوهشگر بدون اینکه از این قضیه آگاه باشد، ابتدا با هزینه ارزی زیاد مواد اولیه این تحقیقات را از آنها خریداری می‌کند، سپس با صرف هزینه، زمان و انرژی پازل‌های تحقیقاتی آنها حل می‌شود و بعد از آن، نتایج این تحقیقات را که با صرف هزینه زیادی صورت گرفته، درست در فرمتی که لازم دارند از محقق می‌گیرند تا در مجله خودشان منتشر کنند و نهایتاً هر محقق بدون آنکه خود بداند و شادمان از چاپ مقاله‌اش در مجله موردنظر در اصل گوشه‌ای از پازل طراحی‌ شده توسط آنها را حل کرده که خود نیز از آن آگاه نیست!
به نقل از خبرنامه دانشجویان؛ دست آخر اینکه، این تیم تحقیقاتی پشت صحنه این مجلات با کنار هم قرار دادن نتایج تحقیقاتی که هر قسمت آن توسط یک یا چند پژوهشگر به دست آمده، مشکل بزرگی را حل می‌کنند یا به تولید علمی ‌خاصی می‌رسند، بدون اینکه هیچ‌گونه تلاشی در این مورد انجام داده باشند. مثال بارزی که در این موضوع عینیت پیدا کرده است، ساخت یک جت پیشرفته می‌تواند باشد. یک دانشجو می‌آید و دُم یک هواپیما را می‌سازد، یکی دیگر بال آن را می‌سازد و دیگری اجزای داخلی و ناوبری، بعد نتایج در اختیار آن ژورنال قرار می‌گیرد و آنها هم به راحتی بدون اینکه هزینه کرده باشند، در اختیار کمپانی‌ها قرار می‌دهند. اتفاقی که به آن‌ اشاره شده، در علم اقتصاد تحت عنوان سواری مجانی یا Free Riding تعبیر می‌شود؛ یعنی کسب سود بدون هزینه از طریق بهره‌مند شدن از هزینه‌کرد دیگران!