مرتضی شهیدزاده در گفت‌وگو با خبرگزاری فارس، درخصوص حسابرسی ویژه‌‌ از حساب‌های صندوق توسعه ملی، اظهار داشت: طبق گزارش مالی، یکسری از منابعی که با اذن رهبری برداشت شده بود حکم آن به دست ما نرسیده بود و این موضوع را از سازمان برنامه و بودجه پیگیری کردیم.لازم به ذکر است، طبق اساسنامه، صندوق نمی‌تواند به بخش‌های دولتی و عمومی تسهیلات بدهد مگر اینکه اجازه رهبری داشته باشد که از جمله آن می‌توان به صدا و سیما و صندوق شکوفایی و نوآوری ‌اشاره کرد.وی افزود: می‌دانستیم در موارد گفته شده اذن رهبری وجود دارد اما هیئت نظارت صندوق حکم آن را رویت نکرده بود که با دستور رئیس‌جمهور انجام شد. اکنون مسئله خاصی نداریم.
رئیس ‌هیئت عامل صندوق توسعه ملی با بیان اینکه از سوی اعضای صندوق پیشنهاداتی مطرح شد که با موافقت رئیس‌جمهور همراه شد، گفت: عده‌ای ایتام و بی‌سرپناه در مناطق محروم داریم که پیش‌بینی شده برای دو هزار خانوار از محل سود صندوق توسعه ملی، پولی در اختیار کمیته امداد قرار گیرد تا سرپناه ساخته شود. این پیشنهاد در کمیته تخصصی تصویب شده و امیدواریم در هیئت امنا نیز مصوب شود.
شهیدزاده با اعلام این خبر که ۵۰ میلیارد تومان منابع بلاعوض برای ساخت سرپناه پیشنهاد شده که نیازمند تصویب هیئت امنا است، بیان کرد: اصلا در صندوق ردیف کمکی نداشتیم و این کار برای اولین بار است. منابع خیرین و کمیته امداد نیز تجمیع خواهد شد تا بتوان سرپناه در مناطق محروم ایجاد کرد.
وی در پاسخ به این سؤال که آیا اختلاف حساب به وجود آمده در منابع صندوق حل شد؟ گفت:‌ از خرداد ماه با یک شرکت حسابرسی قرارداد منعقد شد و استانداردهای عمومی را برای ما تدوین کرد براساس آن باید وضعیت درآمدها به صورت تعهدی تعیین می‌شد که مربوط به فروش نفت و میعانات و گاز است.
رئیس ‌هیئت عامل صندوق توسعه ملی ادامه داد:‌ وزارت نفت فقط سیاهه فروش را می‌دهد و اینکه در آینده چه اتفاقی می‌افتد را نمی‌توان پیش‌بینی کرد. همین مسئله باعث شد تا کمیسیونی از مسئولان وزارت نفت و سازمان برنامه و بودجه و بانک مرکزی ایجاد و راهکاری بدهند و بقیه موارد حسابرسی روی روال است.
شهیدزاده در پاسخ به این سؤال که اختلاف حساب 300 میلیون دلاری منابع صندوق به کجا رسید، بیان کرد: جلسه‌ای با حضور نمایندگان دیوان محاسبات و بانک مرکزی برگزار شد و بنا شد بانک مرکزی به دیوان گزارش مالی دهد. با این حال نماینده دیوان محاسبات معتقد است بعید می‌دانم اختلاف حساب صندوق معنادار باشد. وی درخصوص 300 میلیون دلار یادآور شد: این رقم را آقای نوبخت قبول کرد که به حساب صندوق برگرداند. در گزارش‌ها متوجه شدیم دستوری صادر شده که یا‌ اشتباهی برداشتند یا مربوط به منابع دیگری بوده است. خلاصه آنکه رئیس‌ سازمان برنامه و بودجه قول داد که آن را برگرداند، این رقم مربوط به سال
95 است.