فتح‌الله امی در خصوص انتخاب رئیس دانشگاه تربیت مدرس می‌گوید: همه دانشیار به بالاها می‌توانند کاندیدای ریاست شوند. وی درباره نحوه انتخاب رئیس دانشگاه می‌گوید: مدل انتخاب رئیس دانشگاه تهران بهتر بود چون حقیقی بود ولی انتخاب رئیس دانشگاه تربیت مدرس به صورت مجازی است.
نامبرده با بهتر دانستن روش انتخاب رئیس دانشگاه تهران در قیاس با دانشگاه متبوعش، ادامه می‌دهد: در مدل انتخاب رئیس دانشگاه تهران اعضای هیئت علمی خودشان جمعی را انتخاب کردند و این مدل بهتری نسبت به انتخاب الکترونیکی است.
روش جدید انتخاب رئیس دانشگاه تربیت مدرس در حالی با قید کاندیداتوری دانشیاران صورت می‌پذیرد که پیش از این در چگونگی انتخاب ریاست جدید دانشگاه تهران عنوان شده بود که تمام دوهزار اعضای هیئت علمی این دانشگاه می توانند به مقام ریاست آن نائل شوند!
در عین حال این شائبه نیز مطرح می شود که چرا علی‌رغم مخالفت های مکرر شورای عالی انقلاب فرهنگی و ایضاً کمیسیون آموزش و تحقیقات مجلس شورای اسلامی مبنی بر شیوه رأی گیری از منتخبان دانشگاه‌ها، مسئولین وزارت علوم کماکان بر اجرای این روش اصرار دارند.  
جالب آنکه روش ابداعی دموکراسی فرمایشی از سوی وزارت علوم که سعی در به نمایش گذاشتن روشی دموکراتیک دارد، تنها در مورد بعضی دانشگاه‌های پایتخت اجرا شده و پیشتر و در جریان تغییر سایر روسای بیش از 40 دانشگاه سراسر کشور، نه تنها صحبتی از شیوه نظرخواهی به میان نیامده بلکه تنها به اظهارنظرات غرض‌ورزانه کمیته‌های سیاسی چندنفره ارزیابی دانشگاه‌ها بسنده شده است!
البته در تهران نیز تغییر رئیس دانشگاه علامه طباطبایی برخلاف مشی امروزین مسئولان وزارت علوم، بصورت ضربتی و بدون هرگونه هماهنگی با اساتید و دانشجویان انجام گرفت!
در برخی خبرها از افرادی همچون؛ جعفر توفیقی مشاور وزیر علوم، فتح‌اللهی معاون پژوهشی دانشگاه تربیت مدرس، فتح‌الله امی مشاور وزیر علوم، حسین غریبی معاون آموزشی دانشگاه آزاد، قبادیان عضو هیئت علمی دانشکده کشاورزی و واشقانی فراهانی معاون پژوهشی دانشگاه آزاد؛ به‌عنوان اصلی‌ترین گزینه های ریاست دانشگاه تربیت مدرس، نام برده می شود.