تنها یک روز پس از آغاز ثبت نام آزمون دکتری نیمه متمرکز سال ۹۶ از سوی سازمان سنجش و تاکید بر اینکه پذیرش دانشجو در آزمون ورودی دوره دکتری نیمه متمرکز سال ۱۳۹۶ در دوره‌های روزانه، نوبت دوم، دانشگاه آزاد اسلامی، دانشگاه پیام نور، دانشگاه‌ها و موسسات آموزش عالی غیرانتفاعی و پردیس خودگردان دانشگاه‌ها و مؤسسات آموزش عالی کشور صورت خواهد گرفت، دانشگاه آزاد نسبت به ثبت نام در آزمون دکتری اقدام کرد!
دکتر ابراهیم خدایی رئیس سازمان سنجش پیش از آغاز ثبت نام آزمون دکتری در ۱۳ آذرماه گفته بود: آیین نامه اجرایی سنجش یکپارچه ارشد و دکتری براساس قانون مصوب مجلس در انتظار امضای هیئت وزیران است.
وی یادآور شده بود: براساس مکاتبات و جمع بندی که در شورا انجام شده ما در یک بحث به اجماع رسیدیم که سنجش به صورت متمرکز انجام شود و اکنون سنجش مورد بحث نیست. از آنجایی که دانشگاه آزاد در راستای نحوه پذیرش پیشنهادهایی داشت، شورا هم براساس سنجش متمرکز پیش می‌رود و برای پذیرش دانشگاه آزاد براساس آیین نامه‌های اجرایی و مصوبات شورا یکسری راهکار ارائه می‌شود.
اما با اینکه ثبت نام در آزمون نیمه متمرکز دکتری از سوی سازمان سنجش از روز سه شنبه ۱۶ آذرماه آغاز شد، فرهاد حسین زاده لطفی معاون آموزشی و تحصیلات تکمیلی دانشگاه آزاد چهارشنبه ۱۷ آذر ۱۳۹۵ با اعلام خبر برگزاری مستقل آزمون کارشناسی ارشد و دکتری تخصصی سال ۱۳۹۶ توسط دانشگاه آزاد برای پذیرش سال تحصیلی ۹۷-۹۶ داوطلبان را سردرگم کرد.
معاون دانشگاه آزاد در این خبر اعلام کرد که دفترچه ثبت نام آزمون دکتری دانشگاه آزاد از ساعت ۱۸ امروز ۱۷ آذرماه سال ۱۳۹۵ در سایت مرکز سنجش و پذیرش دانشگاه به نشانی Azmoon.org قابل دسترسی است و ثبت نام هم همزمان با انتشار دفترچه آغاز شده و مهلت ثبت نام تا روز ۲۷ آذرماه سال جاری ادامه خواهد داشت.
به گفته حسین زاده لطفی آزمون دکتری تخصصی دانشگاه آزاد ۸  بهمن ۹۵ برگزار می‌شود و این در حالی است که آزمون دکتری نیمه متمرکز دانشگاه‌ها و مراکز آموزش عالی کشور دولتی و غیرانتقاعی نیز ۶  اسفند برگزار می‌شود. به این ترتیب داوطلبان دکتری در صورت تمایل به شرکت در ۲ آزمون در یک ماه باید در دو کنکور شرکت کنند.
رای دیوان و تعلل هیئت وزیران عاملان فرصت طلبی دانشگاه آزاد
اما در حالی که قانون سنجش و پذیرش در تحصیلات تکمیلی برای ساماندهی سنجش و پذیرش در دوره‌های ارشد و دکتری تمام دانشگاه‌ها از سوی مجلس شورای اسلامی در تاریخ دی ماه ۱۳۹۴ به تصویب رسید و پس از رفع اشکالات و شورای نگهبان نیز آن را در تاریخ ۱۸ فروردین ماه سال ۱۳۹۵ تایید کرد، با این حال دانشگاه آزاد از فرصت تعلل هیئت وزیران در امضای آیین نامه اجرایی استفاده کرده و موضوع را به دیوان عدالت اداری ارجاع داد.
نکته مورد توجه در برگزاری یکپارچه آزمون دکتری این است که در تبصره ۱ ماده ۵ قانون سنجش و پذیرش تحصیلات تکمیلی آمده است: برگزاری آزمون‌های متمرکز زیر نظر هریک از وزارتین و از طریق سازمان سنجش آموزش کشور و مرکز سنجش آموزش وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی برگزار می‌شود.اما در این میان دکتر علیرضا مصدق مدیرکل حقوقی دانشگاه آزاد اسلامی در تشریح رای دیوان عدالت اداری استدلال کرده است که به دلیل عدم درج نام دانشگاه آزاد اسلامی در متن قانون، این دانشگاه می‌تواند به صورت مستقل آزمون‌های ارشد و دکتری را برگزار کند.
مدیر کل حقوقی دانشگاه آزاد اسلامی روز جمعه ۱۹ آذرماه در مصاحبه‌ای در تشریح رای دیوان عدالت اداری درباره برگزاری مستقل آزمون ارشد و دکتری سال ۹۶ از سوی دانشگاه آزاد یادآور شده است: اخیرا مجلس شورای اسلامی قانون سنجش و پذیرش در دوره تحصیلات تکمیلی را به تصویب رساند و به دلیل عدم درج نام دانشگاه آزاد اسلامی در متن قانون، شمول قانون مذکور بر دانشگاه که سابقه بیش از سی سال برگزاری آزمون مستقل و موفق در کنار آزمون‌های سراسری سازمان سنجش را در کارنامه خود دارد، محل سوال و تفسیر‌های مختلف بود از سوی دیگر در ماده ۷ قانون مذکور مقرر شده است که آیین نامه اجرایی این قانون به تصویب هیئت محترم وزیران برسد.
دانشگاه آزاد:
رای دیوان درباره کنکور دکتری
 برای همگان لازم الاتباع است
وی ادامه داده است: در حالی که تاکنون آیین نامه یادشده که می‌توانست تا حدودی راهگشا باشد به تصویب هیئت وزیران نرسیده است لذا ادغام آزمون تحصیلات تکمیلی دانشگاه آزاد اسلامی با سازمان سنجش آموزش کشور مشکلات زیادی را برای داوطلبان تحصیلات تکمیلی که تاکنون امکان انتخاب دو محل براساس نتایج نهایی برای ادامه تحصیل داشتند و دانشگاه ایجاد می‌کرد و لازم بود این تفسیر موسع توسط مرجع ذیصلاح تفسیر قضایی شود.
مصدق اضافه کرده است: دیوان عدالت اداری با هدف حفظ حقوق داوطلبان دانشگاه دستور موقت به عدم اجرای مصوبه شورای سنجش و پذیرش در خصوص ادغام آزمون دانشگاه آزاد و سازمان سنجش و انتشار دفترچه دانشگاه آزاد اسلامی بطور مستقل برای پذیرش سال ۱۳۹۶ صادر کرد که برای همگان لازم الاتباع است.
نکته مورد توجه در رای دیوان عدالت اداری صدور «دستور موقت» است. براساس متنی که در دیوان عدالت اداری در تفسیر دستور موقت آمده نشان می‌دهد که «در صورتی که شاکی ضمن طرح شکایت یا پس از آن مدعی شود که اجرای تصمیمات یا اقدامات آرای قطعی یا خودداری از انجام وظیفه توسط اشخاص و مراجع دولتی موجب ورود خسارت می‌شود که جبران آن در آتیه است می‌تواند تقاضای دستور موقت کند و شعبه در صورت احراز ضرورت و فوریت امر حسب مورد دستور موقت مبنی بر توقف اجرای اقدامات یا تصمیمات و آرای مزبور یا انجام وظیفه صادر می‌کند.لازم به ذکر است دستور موقت تاثیری در اصل شکایت نداشته و در صورت رد شکایت یا صدور اسقاط یا ابطال رد داد خواست اصلی ملغی الاثر می‌شود و در صورت صدور دستور موقت به پرونده اصلی خارج از نوبت رسیدگی می‌شود. ادارات طرف شکایت که نسبت به اقدامات یا تصمیمات آنها دستور موقت صادر شده و در صورت وجود دلایل مبنی بر عدم ضرورت دستور موقت می‌توانند تقاضای لغو دستور موقت صادره را از شعبه رسیدگی‌کننده بکند .شعبه با احراز دلایل مبنی بر عدم ضرورت ادامه دستور موقت صادره لغو اثر خواهد کرد.»بر همین اساس مشخص شده است که ضرری که دانشگاه آزاد از عدم ثبت نام مستقل کنکورهای ارشد و دکتری متحمل می‌شود، موجب شده که این دانشگاه از تعلل هیئت وزیران و عدم تفسیر قانون مجلس استفاده کند و در سریع‌ترین فرصت ممکن نسبت به این مسئله اقدام کند.
سازمان سنجش: منتظر اعلام نظر مجلس درباره آزمون دکتری دانشگاه آزاد هستیم
دکتر ابراهیم خدایی، رئیس سازمان سنجش آموزش کشور نیز در واکنش به این اقدام دانشگاه آزاد در مصاحبه‌ای یادآور شد: منتظر اعلام نظر مجلس شورای اسلامی درباره نام نویسی آزمون دکتری دانشگاه آزاد اسلامی هستیم.وی تاکید کرده است: رای روز چهارشنبه دیوان عدالت اداری درباره اجرای قانون سنجش و پذیرش تحصیلات تکمیلی شامل دانشگاه آزاد اسلامی نمی‌شود. قانون سنجش و پذیرش دانشجو صراحت دارد که شامل همه دانشگاه‌های دولتی و غیردولتی و حتی دانشگاه آزاد اسلامی است. با توجه به رای دیوان عدالت اداری منتظر اظهار نظر مجلس هستیم تا ابهامات در این باره برطرف شود.خدایی اضافه کرده است سازمان سنجش آموزش کشور و وزارت علوم در جریان شکایت دانشگاه آزاد در خصوص اجرای این مصوبه نبوده‌اند و همچنین از سوی دیوان عدالت اداری دعوت و یا نظر رسمی از ما نخواسته بودند.
اطلاعیه سازمان سنجش در پاسخ
 به سئوالات داوطلبان دکتری
سازمان سنجش در روز شنبه ۲۰ آذرماه در اطلاعیه‌ای در پاسخ به داوطلبان اعلام کرده است: «سازمان سنجش آموزش کشور در رابطه با انتشار دفترچه راهنـما و ثبت نام آزمون ورودی دکتری تخصصی (Ph.D) سال ۱۳۹۶ براساس قانون مجلس شورای اسلامی (مصوب ۱۸ اسفند ۹۴) و مصوبات شورای سنجش و پذیرش تحصیلات تکمیلی اقدام کرده است. لذا برای داوطلبانی که متقاضی دانشگاه آزاد اسلامی هستند پس از اتخاذ تصمیم توسط شورای سنجش و پذیرش تحصیلات تکمیلی و سایر مراجع قانونی، مراتب بطور رسمی تا چند روز آینده به اطلاع داوطلبان خواهد رسید. ضمناً در صورت لزوم مهلت ثبت نام آزمون تمدید خواهد شد.»
به نقل از خبرگزاری مهر؛ این موضوع در حالی مطرح می‌شود که مصدق مدیرکل حقوقی دانشگاه آزاد در مصاحبه خود با اشاره به طرح موضوع در دیوان عدالت اداری تاکید کرده است: پس از تشکیل جلسه در شعبه چهارم دیوان عدالت اداری که باحضور نمایندگان حقوقی و کارشناسان وزارت علوم و سازمان سنجش تشکیل شد به شکایت دانشگاه آزاد رسیدگی شد. نهایتا دیوان عدالت اداری دستور موقت صادر کرد.
وزارت علوم: امیدواریم که
 عین قانون مجلس درباره ادغام آزمون‌ها اعمال شود
در این میان دکتر مجتبی شریعتی نیاسر معاون آموزشی وزارت علوم نیز درباره آیین نامه اجرایی که هنوز در اختیار هیئت وزیران است، گفت: آیین نامه اجرایی در اختیار دولت است و اگر دولت آن را تایید کرد ملاک عمل خواهد بود. براساس قانون مجلس ثبت نام‌ها به صورت متمرکز انجام می‌شود و تمامی داوطلبان باید براساس سیستمی که سازمان سنجش اعلام کرده عمل کنند و امیدواریم که عین قانون مجلس اعمال شود.
سردرگمی داوطلبان آزمون دکتری
 با ۲ تصمیم متناقض
اکنون داوطلبان آزمون دکتری در فاصله دو روز با دو تصمیم متفاوت مواجه شدند. ابتدا سازمان سنجش در دفترچه ثبت نام اعلام کرد که برای پذیرش در دانشگاه آزاد نیز همراه سایر دانشگاه‌ها، داوطلب باید در آزمون ۶ اسفند شرکت کند و حال دانشگاه آزاد اعلام کرده است که داوطلب برای پذیرش در واحدهای دانشگاه آزاد باید در آزمون ۸ بهمن شرکت کند.
به این ترتیب هنوز برای داوطلبان دکتری سال ۹۶ آنطور که باید روشن نیست که باید یک آزمون بدهند یا دو آزمون. در صورت اجرای آزمون جداگانه توسط دانشگاه آزاد داوطلبان باید در یک فرصت یک ماهه در دو کنکور دکتری شرکت کنند که با توجه به فشار کاری و روانی و تحصیلی که در کنکورها به داوطلبان وارد می‌شود برگزاری دو آزمون فشار مضاعفی را به داوطلبان وارد می‌کند.
همچنین تفاوت مواد امتحانی، ضرایب آزمونی، شرایط مصاحبه و ارزیابی تخصصی در این دو آزمون، شرایط متفاوتی را برای داوطلبان آزمون ایجاد می‌کند که به سردرگمی هرچه بیشتر داوطلبان می‌انجامد.
در حالی که تا پایان مهلت ثبت نام کنکور دکتری حدود یک هفته باقی است مسئولان وزارت علوم نیز در این باره سکوت کرده و پاسخ روشنی نمی‌دهند همین موضوع سرگردانی داوطلبان دکتری را دو چندان کرده است. شنیده‌ها حاکی از آن است که رأی دیوان به وزارت علوم ارائه نشده و شخص وزیر نیز هنوز در این باره موضعی اعلام نکرده است.از سوی دیگر با توجه به اینکه دانشگاه آزاد درباره قانون مصوب مجلس، رای دیوان عدالت اداری را کسب کرده است به نظر می‌رسد مجلس باید درباره این قانون یک استفساریه ارائه دهد تا با تفسیر دقیق قانون این مشکل را مرتفع کند.این پنجمین سال است که کنکور دکتری محل مناقشه و تعارضات بسیار است و در این میان داوطلبان قربانی تصمیمات اشتباه و شتاب زده می‌شوند.
برگزاری مستقل آزمون‌های کارشناسی ارشد و دکترای دانشگاه آزاد!
جالب اینجاست کمیسیون آموزش مجلس شورای اسلامی با برگزاری مستقل آزمون‌های ورودی مقاطع ارشد و دکتری دانشگاه آزاد اسلامی موافقت کرده است!بر این اساس، جبار کوچکی‌نژاد عضو کمیسیون آموزش و تحقیقات مجلس شورای اسلامی در گفت‌وگو با فارس در رابطه با بررسی نحوه برگزاری آزمون‌های تحصیلات تکمیلی و اختلاف بین سازمان سنجش و دانشگاه آزاد گفت: براساس توضیحات امروز حمید میرزاده رئیس دانشگاه آزاد در کمیسیون آموزش مجلس قرار شد آزمون‌های دانشگاه آزاد به صورت روال قبلی برگزار شود.وی افزود: بر این اساس دانشگاه آزاد امسال آزمون‌های خود را به شکل مستقل برگزار می‌کند.در این میان اما لازم به ذکر است که حلقه مفقوده در جریان کشمکش اخیر، بی‌توجهی به قانون است چراکه پیشتر مجلس شورای اسلامی قانون برگزاری هماهنگ و یکپارچه آزمون ورودی دانشگاه‌های دولتی و غیردولتی در مقاطع تحصیلات تکمیلی را به تصویب رسانیده بود که با تایید شورای نگهبان قانون اساسی نیز همراه شد اما گویا مسئولان دانشگاه آزاد اسلامی نهایتا موفق به انفصال و جدایی برگزاری آزمون ورودی دانشگاه متبوع خود با سایر ارکان آموزش عالی کشور شدند!
برگزاری آزمون جداگانه دانشگاه آزاد منتفی شد
در دقایق پایانی تنظیم این گزارش اما خبر رسید که دیوان عدالت اداری با صدور رای، مخالفت خود را با برگزاری مستقل آزمون دانشگاه آزاد اسلامی اعلام کرده است.در اطلاعیه دیوان آمده است: در پی شکایت دانشگاه آزاد اسلامی دایر بر تقاضای ابطال مصوبه شورای سنجش و پذیرش دانشجو در دوره تحصیلات تکمیلی و تقاضای دستور موقت مبنی بر عدم اجرای مصوبه مذکور نسبت به دانشگاه آزاد اسلامی، شعبه چهارم دیوان عدالت اداری دستور موقت مبنی بر عدم اجرای بند 3 مصوبه نسبت به دانشگاه آزاد اسلامی و اجازه انتشار دفترچه آزمون برای دانشگاه مذکور صادر کرده بود بعد از حصول دلایل جدید مبنی بر عدم ضرورت ادامه دستور موقت بتاریخ 95/9/22 مستندا بماده 40 قانون تشکیلات و آیین دادرسی دیوان عدالت اداری دستور موقت منتفی گردید.