سيد علي محمد را در حالي كه شب كلاهي بر سر داشت‌، با پاي برهنه و ملا علي محمد زنوزي را كه از مريدانش بود بسته به زنجير در كوچه‌هاي شهر گرداندند تا اين كه به سربازخانه‌اي كوچك رسيدند. سرباز خانه سه در داشت و دور تا دور آن حجره و بالا خانه بود، براي سكونت سربازان‌. ضلع غربي سربازخانه را براي محل مجازات سيد علي محمد انتخاب كردند و دو ميخ آهني آورده و بر ديوار بين دو حجره كوبيدند. وقتي باب را وارد ميدان كردند، در نزديك آب‌انبار، مردم به سبب ازدحام مجبور به توقف شدند. در اين زمان در سربازخانه سه «فوج‌» سرباز حضور داشتند. اولي «فوج چهارم تبريز»، دوم «فوج خاصه تبريز» و سوم فوج «كنداني مسيحي به نام بهادران‌». فوج چهارم تبريز در سرباز خانه بود و دو فوج ديگر يعني بهادران به رياست سام مسيحي و «فوج خاصه‌» به رياست آقاجان بك زنجاني مجهز به سلاح در ميدان بودند.
وقتي فراشباشي فتواي علما را به فرمانده فوج خاصه نشان داد و حكم به اعدام سيد علي محمد كرد، او با اين عنوان كه من سربازم و فقط تابع وزارت عسكريه (جنگ‌) مي‌باشم‌، از اجراي دستور خودداري كرد. پس فرمان به فوج مسيحي داده شد و يك دسته از فوج براي اين كار انتخاب شدند.
يكي از مريدان باب نيز در اين اعدام با او شريك بود، آن دو را به دو ميخي كه به ديوار زده بودند با ريسماني از گردن كمي بالا كشيدند. وقتي فرمان آتش داده شد، صف نخست از دسته بلافاصله شليك كردند و چون تفنگ‌ها از نوع سرپر بود كه به هنگام شليك دود بسياري مي‌كردند، به ناچار سربازها منتظر شدند تا دود، كمي فروكش كرد، آن وقت با جسد بي جان مريد سيد علي محمد روبرو شدند. ملا محمد علي زنوزي در جا كشته شده بود اما از علي محمد شيرازي خبري نبود. يارانش كه او را نديدند، تصور كردند كه او ناپديد شده يا به آسمان رفته و از نظرها غايب شده است‌، شرايط سختي بود. اگر اين خبر ميان مردم شايع مي‌شد، چه بسا كه يارانش به محل اعدام هجوم مي‌بردند. اما اندكي بعد سربازها كه متوجه شده بودند، تيري به ريسماني كه سيد علي محمد به آن بسته شده بود، اصابت كرده و ريسمان را بريده است‌، به دنبال او اطراف را شروع به گشتن كردند. سرانجام او را در اصطبل سربازخانه كه در همان نزديكي بود پيدا كردند، به ريسمان بستند و بلافاصله تيرباران كردند. بيش از بيست تير به او اصابت كرد و وقتي مردم جسد بي‌جانش را ديدند، شايعه صعودش به آسمان هم از دهان‌ها افتاد.
سپس اجساد را پايين آوردند و بر روي دو نردبان گذاشتند و به خندق انداختند. ميرزا مهدي خان حكمت‌، صاحب نشريه حكمت كه پدرش به چشم خود ماجرا را ديده بود، در اين باره مي‌نويسد:  
«پدرم از آن چه درباره باب ديده و شنيده بود، براي من حكايت كرد. سپس مقتل باب و سرباز خانه و ديواري را كه باب و ملا محمد علي به آن آويخته شدند و هم چنين جايي را كه پدرم خود در آن روز ايستاده بود، به من نشان داد. پس مرا به لب خندق برد و محل انداختن جسد باب را به من نمود و گفت [كه‌] ما روز دوم قتل باب‌، با چند نفر از اشخاصي كه زمان اجازه بردن اسم آن‌ها را نمي‌دهد، آمديم و جسد ملا محمد علي را ديديم كه پاره پاره شده و از آن چيزي باقي نمانده بود، مگر اندكي از استخوان و احشاي وي‌. اما جسد ميرزا علي محمد باب چندان شرحه شرحه نشده بود، مگر در قسمت پايين بدن‌، شلوار و پيراهن او هنوز باقي بود و او بر روي پهلوي چپ افتاده جز چند تماشاچي‌، نگهباني در آن جا نبود.»
اما اين پايان ماجرا نبود، در واقع با مرگ علي محمد شيرازي جريان اصلي بهائيت به عنوان يك فرقه انحرافي با ادعاي جانشيني شخصي به نام ميرزا يحيي نوري و برادرش حسينعلي نوري آغاز شد. منابع اسلامي مانند ناسخ التواريخ‌، منتظم ناصري و روضة‌الصفا عنوان مي‌كنند كه جسد سيد علي محمد كه سه روز در خندق كنار شهر افتاده بود، طعمه حيوانات و لاشخورها شد اما به دلايل واضح و مبرهن بابيان در نوشته‌هايشان بيان كردند كه «پس از دو روز و دو شب‌، احبأ، جسم ايشان و آقا محمد علي را بيرون آورده با حرير سفيد پيچيده‌، نظر به وصيت خود ايشان به نزد حضرت وحيد ثاني (مقصود ميرزا يحيي صبح ازل‌(۱)» آوردند و آن جناب با دست خود نعش را داخل قبر گذاشت كه اكنون اين امر مستور است و هركس نيز بداند بر او حرام است اظهار آن‌.»  
البته ميرزا يحيي صبح ازل خود واقعه را اين گونه تعريف مي‌كند كه‌:  
«نظر به آن كه از ضرب گلوله [اجساد] با هم آميخته شده بود، در يك صندوق نهاده و پيچيدند. بدين واسطه حقير هم تصرفي ننموده مهر در همان صندوق در يك جا به امانت بود تا آن كه دزديدند.»
بيان ميرزا يحيي نشان مي‌دهد كه هر چه طرفداران سيد علي محمد در بيان اين مسئله اغراق مي‌كنند، او خود از هر چيز حتي جسد و كفن حرير و محل دفن اظهار بي‌اطلاعي مي‌كند. حتي ميرزا يحيي اشاره به دزديده شدن جسد مي‌كند كه به احتمال بايد مقصود از سوي دشمنانش يعني رقيب و برادرش‌; ميرزا حسينعلي بهأ باشد.  
  ***
 علل توبه باب‌
سيدعلي محمد شيرازي با آن همه چوبي كه خورده بود و توبه‌هايي كه كرد و درماندگي‌هايي كه نشان داد، شيطان دست از گريبانش برنداشته و در زندان كتابي به نام «بيان‌» با عربي غلط و فارسي نوشت كه «كتاب احكام‌» او بود. به قول رايين‌:  
«اين كتاب همانست كه از بس رسواست بهاييان كوشيده‌اند از ميانش برند و نسخه‌اي باز نگذارند.»
سيد علي محمد در اين كتاب بارها از كسي صحبت كرد كه در آينده مي‌آمد و او را «يظهره‌الله» ناميد و جايگاه بس بلندي برايش تعريف كرد.
«باب دستور مي‌دهد كه اگر پادشاهي از ميان برخاست بايد نودوپنج تكه گوهر بي‌مانندي به دست آورد و به تاج خود زند كه اگر «من يظهره‌الله» در زمان او پديد آمد رفته در پيشگاه او سجده كند و آن تاج را با گوهرهايش به جلو پاهاي او گذارد.»
از گفته‌هاي سيد علي محمد پيدا بود كه پيدايش من يظهره‌الله در آينده دوري خواهد بود اما برخي از بابيان پروا نكردند و هوس «من يظهره اللهي‌» گربانگيرشان شد. چنان كه در بغداد چند نفر مدعي شدند و حتي يك نفر به اسم «ميرزا اسدالله ديان‌» هم به اين دليل توسط بابيان كشته شد.
دراين زمان دستكم 9 نفر از بابيان ادعاي «من يظهره‌اللهي‌» كردند كه به استثناي حسينعلي بهأ كه پس از به دست گرفتن زمام امور بابيان اين ادعا را آشكار كرد، همگي از برادرش ميرزا يحيي ملقب به صبح ازل ـ مدعي اوليه جانشيني باب ـ شكست خوردند. قبل از كشته شدن سيد علي محمد، تكليف جانشين او مشخص شده بود. وي طي نامه‌اي كه به ميرزا يحيي نوري ملقب به ازل نوشته بود، او را به‌عنوان جانشين‌اش انتخاب كرده بود. اندك اختلاف و گفتگويي كه بر سر جانشيني علي محمد در ميان يارانش ايجاد شده بود، خيلي زود به اين وسيله پايان يافت و همگي به آن تن دادند. ازل كه جواني 18 ساله بود، از ترس دولت به‌صورت پنهاني زندگي مي‌كرد، تابستان را در شميران و زمستان را در نور مي‌گذراند. واسطه او و ياران اندكش كسي نبود جز برادرش‌; ميرزا حسينعلي نوري كه دو سال از ازل بزرگتر بود. او عنوان پيشكاري ازل را داشت و ياران او را به جاي ازل ملاقات مي‌كردند. به اين طريق دو سالي گذشت‌. در اين مدت بهأ ميان او و ياران بابي به‌عنوان حلقه اتصال عمل مي‌كرد اما به زودي اختلاف برسر جانشيني باب ميان دو برادر در گرفت‌.
در دهه 1280، نزاع‌هاي درون گروهي‌، بابيت را در عمل به دو شاخه ازلي تحت رياست صبح يحيي ازل و بهايي به رهبري حسينعلي نوري بها تقسيم كرد. در اين بين ازلي‌ها شكار انگليس شدند و بهاييان تا زماني كه دولت تزار سقوط كرد، سهم اين كشور باقي ماندند; چرا كه دولت انگليس در ابتدا تصور مي‌كرد كه به‌دليل اعلام جانشيني‌، سرانجام بابيان‌، ازل را بر بهأ ترجيح مي‌دهند و از همين روست كه مطالعات اوليه انگليسي‌ها بيشتر به ازليان معطوف مي‌شد. درباره روابط صبح ازل با انگليسي‌ها به صراحت مي‌توان از حقوق بگيري ازل از انگليسي‌ها در قبرس اشاره كرد. لرد كرزن‌، سياستمدار مشهور انگليسي در كتاب ايران و مسئله ايران تصريح مي‌كند:  
«صبح ازل كه در قبرس سكني داشت‌، مقرري خاصي از حكومت انگلستان دريافت مي‌كرد.»
پيروزي حسينعلي بهأ بر برادر دو علت اساسي داشت‌، نخست اين كه او در ابتدا به جانشيني برادرش گردن گذاشت اما با اين بهانه كه جان يحيي در خطر است‌، خود با بابيان معاشر شد و چون واسطه بابيان و برادرش صبح ازل بود و آن‌ها با او حشر و نشر داشتند، به مرور توانست برادر را از ميدان به در كند و صاحب قدرت شود. دوم جلب حمايت انگلستان بود كه در مقايسه با ازل او را باهوش‌تر، بي رحم‌تر و قاطع‌تر يافتند.
ـــــــــــــــــــــــــــــــ
-۱ شخصي كه بلافاصله مسئله جانشيني‌اش به جاي سيد علي محمد مطرح شد.