فرمان فرستادن باب به ماكو و سپس قلعه چهريق براي جلوگيري از رفت و آمدهايي كه برخي از مردم با علي محمد داشتند صادر شد. اما ديگر دير شده بود و چنان كه نويسنده ناسخ‌التواريخ مي‌گويد:  
«نخستين خطا از ميرزا آقاسي افتاد. حكم داد كه باب را بدون اين كه به پايتخت آورند و مردم او را ببينند، به چهريق فرستاد و محبوس بداشت‌، مردم عامه گمان كردند كه او را علمي و كرامتي بوده است‌... اگر ميرزا علي محمد باب را رها مي‌ساختند تا به تهران مي‌آمد و مردم او را از نزديك مي‌ديدند و با او مباحثه و گفتگو مي‌كردند، بر همه مكشوف مي‌شد كه او در هيچ علمي بر ديگر علما شرافت ندارد.»
دور كردن علي محمد شيرازي از چشم مردم و زنداني كردنش باعث شد تا مردم نسبت به تبليغات پيروانش حساس شوند و بر اساس گفته‌هاي آن‌ها تصور كنند كه او همان موعود آخرالزمان است كه توسط حكام به بند افتاده است‌. با بالا گرفتن احتمال شورش‌ها سيد علي محمد را به طور موقت از قلعه چهريق به حضور ناصرالدين قاجار كه در مقام ولايتعهدي محمد شاه بود، به تبريز آوردند. جلسه گفت‌وگوي علي محمد شيرازي با روحانيون تبريز به ناكامي و رسوايي علي محمد انجاميد و باعث شد تا او توبه نامه‌اي بنويسد و از همه ادعاهاي خود توبه كند.
متن توبه‌نامه‌اي كه علي محمد نوشت‌، در يكي از مهم‌ترين كتاب‌هاي تاريخي معتبر بهائيت به نام «كشف الغطأ» اثر ابوالفضل گلپايگاني درج شده است‌.(۱) مناظره علي محمد با علما يكي از مناظره‌هاي جالب است كه وليعهد در نامه‌اي خطاب به محمد شاه آن را اين گونه بيان كرده است‌:
«هو الله تعالي شانه‌. قربان خاك پاي مباركت شوم‌. در باب «باب‌» كه فرمان قضا صادر شده بود كه علما را احضار كرده با او گفت و گو نمايند. حسب‌الحكم همايون محمل فرستاده با زنجير از اروميه آورده به كاظم خان سپردند... اول حاجي محمود پرسيد كه مسموع مي‌شود كه تو مي‌گويي من نايب اول هستم و بابم و بعضي كلمات گفته‌اي كه دليل بر امام بودن بلكه پيامبري توست‌، گفت‌: بلي حبيب من ... نايب امام هستم من و باب هستم و آنچه گفته‌ام و شنيده‌ايد راست است‌. اطاعت من بر شما لازم است به دليل «ادخلو الباب سجدا» و لكن اين كلمات را من نگفته‌ام‌، آن كه گفته است‌، گفته است‌. پرسيدند: گوينده كيست‌؟ جواب داد: آن كه به كوه طور تجلي كرد: «روا باشد اناالحق از درختي / چرا نبود روا از نيكبختي‌» مني در ميان نيست اين‌ها را خدا گفته است‌. بنده به مقوله شجره طور هستم آن وقت در او خلق مي‌شود [شد،] الان در من خلق مي‌شود و به خدا قسم كسي كه از صدر اسلام تاكنون انتظار او را مي‌كشيدند منم‌، منم آن كه چهل هزار علما منكر خواهند گشت‌.
پرسيدند: اين حديث در كدام كتاب است كه چهل هزار علما منكر خواهند گشت‌؟ گفت‌: اگر چهل هزار نباشد، چهار هزار كه هست‌. ملا مرتضي قلي گفت‌: بسيار خب‌! تو از اين قرار صاحب‌الامري اما در احاديث هست و ضروري مذهب است كه آن حضرت از مكه ظهور خواهند فرمود و نقباي جن و انس با چهل و پنج هزار جنيان ايمان خواهند آورد و مواريث انبيا از قبيل زره داود و نگين سليمان و يد بيضاي با آن جناب خواهند بود. كو  عصاي موسي و كو يد بيضأ؟ جواب داد كه‌: من مأذون به آوردن اين‌ها نيستم‌. جناب ملا محمد گفت‌: غلط كردي كه بدون اذن آمدي‌.
بعد از آن پرسيدند كه از معجزات و كرامات چه داري‌؟ گفت‌: اعجاز من اين است كه براي عصاي خود آيه نازل مي‌كنم و شروع كرد به خواندن اين فقره‌: بسم‌الله الرحمن الرحيم‌، سبحان‌الله القدوس السبوح الذي خلق‌السموات والارض كما خلق هذا العصا آيه من آيات‌.» و اعراب كلمات را به قاعده نحو غلط خواند تأ سموات را به فتح خواند! گفتند: مكسور بخوان‌. آن گاه «الارض‌» را مكسور خواند.
امير اصلان خان عرض كرد: اگر اين قبيل فقرات از جمله آيات باشد من هم توانم تلفيق كرد و عرض كرد: «الحمدالله الذي خلق العصا كما خلق الصباح و...» «باب‌» خجل شد.
بعد از آن حاجي ملا محمود پرسيد كه‌: در حديث وارد است كه مأمون از جناب رضا(ع‌) سؤال نمود كه دليل خلافت جد شما چيست‌؟ حضرت فرمود: آيه انفسنا. مأمون گفت‌: لولا نسائنا. حضرت فرمود: لولا ابنائنا. اين سؤال و جواب را تطبيق بكن و مقصود را بيان نما! ساعتي تأمل نموده جواب نگفت‌. بعد از اين مسائل‌، از فقه از قبيل شك و سهو سؤال نمودند، ندانست و سر به زير افكند. باز از آن سخن‌هاي بي‌معنا آغاز كرد [...] چون مجلس گفت‌وگو تمام شد جناب شيخ‌الاسلام را احضار كرده باب را چوب مضبوط زده و تنبيه معقول نموده از غلطهاي خود انابه و استغفار كرد و التزام پا به مهر سپرده كه ديگر اين غلطها نكند و الان محبوس و مقيد است‌. منتظر حكم اعلي حضرت اقدس همايون شهرياري - روح‌العالمين فداه‌- است‌. امر امر همايوني است‌، انتهي‌.»
همچنين در شرح اين مجلس گفته مي‌شود كه حاجي ملا محمود از سيد علي محمد پرسيد:  «پس يقين شما مهدي صاحب‌الامر هستيد؟
وي گفت‌: بلي‌. نظام العلما گفت‌: شخصي يا نوعي‌؟ گفت‌: شخصي‌. نظام العلما گفت‌: نام مبارك او محمد بن حسن است و اسم مادر او نرجس يا صيقل يا سوسن و نام تو علي محمد است و نام پدرت و مادرت چيز ديگر است‌. مسقط‌الرأس آن حضرت سامره است و مسقط‌الرأس تو شيراز است‌. سن مبارك او يك هزار سال است و عمر شما قريب به چهل‌. كمال مخالفت در ميان است وآنگهي من شما را نفرستاده‌ام‌.
سيد علي محمد گفت‌: شما دعوي خدايي مي‌كنيد؟
نظام العلما گفت‌: چنان امامي را چنين خدايي مي‌بايد. سيد علي محمد گفت‌: من به يك روز دو هزار بيت كتابت مي‌كنم كه مي‌تواند چنين كند؟
نظام العلما گفت‌: من در زمان توقف در عتبات عاليات كاتبي داشتم كه به روزي دو هزار بيت كتابت مي‌كرد و آخرالامر كور شد. البته شما هم اين عمل را ترك نماييد و الا كور خواهيد شد.»
به هر صورت عليرغم وجود فتواي علما بر ارتداد علي محمد شيرازي‌، محمد شاه قاجار و صدر اعظم او حاج ميرزا آقاسي‌، به اين تصور كه با توبه او مردم خود به خود موضوع را فراموش خواهند كرد، بار ديگر حكم به فرستادن و زنداني كردن سيد علي محمد در چهريق دادند.
تا بدين جا سيد علي محمد چندين ادعا كرده بود، سرانجام ادعاي خدايي هم كرد اما با اين حال طرفداران متعصب‌اش نه تنها او را رها نكردند; بلكه او را «حضرت اعلي‌» خواندند. درباره اين ادعاها يكي از نويسندگان مشهور برگشته از بهائيت مي‌نويسد:  
«اين شخص در سنه 1260 هجري ادعاي ذكريت كرد (يعني مفسر قرآن‌) در 61 هـ ـ ادعاي بابيت كرد (يعني نايب امام غايب‌) در 62 هـ - داعيه مهدويت كرد، در 63 هـ ـ داعيه نبوت كرد. در 64 هـ - داعيه ربوبيت كرد، در 65 هـ ـ داعيه الوهيت كرد، در 66 هـ - تمام دعاوي خود را منكر شده توبه كرد و توبه‌نامه نزد ناصرالدين شاه فرستاد.»
با مرگ محمد شاه‌، ناصرالدين به جاي وي بر تخت نشست اما درست در همان سال‌هاي نخست‌، بابي‌ها در بسطام و زنجان دست به شورش زدند. تعداد كمي از آن‌ها هم به سمت آذربايجان رفتند تا به فرمان سيد علي محمد دست به جنگ بزنند.  
در اين زمان ميرزا تقي‌خان امير نظام معروف به امير كبير به وزارت ناصرالدين شاه رسيده بود. او كه با تدبير و خردمند بود با اين هشدار به شاه كه تا وقتي سيد علي محمد شيرازي زنده است‌، اصحاب او آسوده نخواهند بود، سليمان خان افشار را به سوي آذربايجان فرستاد تا او را از قلعه چهريق آورده‌، محاكمه و اعدام كنند.
نشست با علماي تبريز در واقع همان محاكمه باب بود، او مطابق معمول از پاسخ دادن به سؤالات علما عاجز ماند و آن‌ها رأي بر ارتداد و قتل او دادند اما از بيم اين كه اگر او را پنهاني اعدام كنند، مردم نادان تحت تأثير تبليغات طرفدارانش‌، تصور خواهند كرد كه  او همچنان زنده و غيبتي اختيار كرده‌، بار ديگر ظاهر خواهد شد و اظهار دعوت خواهد كرد، دوباره فتنه كنند، بهتر آن ديدند كه او را در ميان شهر و بازار بگردانند و پس از اين كه مردم همگي او را ديدند، وي را به دار بياويزند.
ـــــــــــــــــــــــــــــــ
-۱ گفته مي‌شود كه علت درج توبه‌نامه علي محمد شيرازي در اين كتاب بدان جهت بود كه بهائيان‌، كه دنباله روي بابيان بودند، استقامت رهبرشان‌، حسينعلي بهأ و دست برنداشتن او از ادعاهايش را در برابر مخالفت‌ها و مشكلات پيش آمده مي‌ستودند و از اين نظر وي را بر علي محمد شيرازي برتري مي‌دادند.