متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:
بسمه تعالی
با تأسف فراوان خبر درگذشت روحانی مبارز و آزاده جناب حجهًْ الاسلام آقای حاج شیخ جعفر شجونی را دریافت کردم. آن مرحوم از مبارزان دیرین با رژیم طاغوت و از وفاداران به امام و انقلاب و نظام مقدس جمهوری اسلامی در سراسر عمر تبلیغی خود بود. منبرهای روشنگر و بیان صریح و شیرین او خاطره‌های ماندگاری در ذهن و دل آشنایان این روحانی شجاع بر جای گذاشته است.
از خداوند متعال غفران و رحمت برای آن مرحوم و صبر و اجر برای بازماندگانشان مسألت می‌کنم.
سیّد علی خامنه‌ای
۱۷ آبان 1395