علی تاجرنیا در مصاحبه با روزنامه آرمان گفت: با توجه به سابقه‌ای که در شورای هماهنگی دارم و اطلاعاتی که از نقطه نظرات بعضی از اعضای شورای هماهنگی دارم، مسائلی  که بعد از تصمیم شورای هماهنگی اتفاق افتاد، برای من کاملا قابل پیش‌بینی بود مضاف بر اینکه من اتفاقات بدتر از این را هم پیش‌بینی می‌کنم!
وی در پاسخ این سؤال که «از این بدتر» دقیقا به چه معناست؟! می‌گوید: به هر حال، مجموعه جناح مخالف اصلاحات با توجه به ابزارهای رسانه‌ای که در اختیار دارد، به نوعی سعی خواهد کرد که این شکاف میان اصلاح‌طلبان را تشدید کند، در این میان دوستانی هم حضور دارند که مستعد آن هستند که این اختلافات را طرح کنند و سابقه چنین اقداماتی را هم در گذشته دارند! بنابراین فکر می‌کنم تا زمان رسیدن به موعد انتخابات، بعضی از دوستان بیش از پیش این اختلاف را به حوزه عمومی خواهند کشید.
تاجرنیا با این اعتراض مواجه شد که «اما مخالفان شورای سیاستگذاری از جناح مخالف اصلاحات نیستند و از قضا، بعضی از آنها از شخصیت‌های شناخته شده اصلاح‌طلب هستند» و پاسخ داد؛ ببینید! شورای هماهنگی تمامی ظرفیت اصلاح‌طلبی نیست. همین الان، چند تشکیلات خارج از شورای هماهنگی وجود دارند که ظرفیت‌های آنها، اگر از احزاب داخل در شورای هماهنگی بیشتر نباشد، کمتر نیست.
بخش دیگر آن است که مباحث اختلافی هم همیشه وجود داشته اما در دوره‌های گذشته، همه ملتزم بودند که اگر تصمیمی گرفته شد و اکثریت به آن رای داد، مخالفان نیز بپذیرند. مانند آنچه در دوره قبلی شورای هماهنگی در باب ورود به شورای سیاستگذاری اتفاق افتاد در حال حاضر، وضعیت متفاوت است.
این بار اختلاف پیش آمده، جدی‌تر است. برخی از مخالفان شورای سیاستگذاری کسانی هستند که در شورای سیاستگذاری دوره قبل حضور داشتند و تا سطح هیئت رئیسه هم پیش رفتند و در جلسات آن نیز شرکت می‌کردند.
با توجه به اینکه این اختلاف تنها در درون جبهه اصلاحات نیست، بعید نیست که در ماه‌های آینده بیش از پیش به اختلافات دامن زده شود.
عضو حزب اتحاد ملت می‌افزاید: من پیش‌بینی می‌کنم که بعضی از دوستان ما از مصوبه شورای هماهنگی تمکین نکنند. اگر این شورا، احساس کند تصمیماتی که اتخاذ می‌شود توسط اعضا تمکین نمی‌شود، طبق  آیین‌نامه نسبت به آنها عمل خواهد کرد. واقعیت این است تا زمانی که ما کار و رفتار حزبی نداریم، این مسئله ادامه خواهد داشت. متاسفانه در مجموعه اصلاح‌طلبان هم سعی شده که بسیاری از اختلافات با ریش سفیدی حل شود چون عمل کردن به آیین‌نامه هزینه‌هایی دارد. همیشه ترسیدیم که ایجاد و پرداخت این هزینه موجب کدورت شود اما من فکر می‌کنم چیزی که مهم‌تر هست این است که ما در هر انتخاباتی این اختلاف‌نظرها را داریم و همین امر باعث می‌شود که کار اجرایی و ستاد انتخاباتی ما به تاخیر بیفتد، ما نزدیک به چهار ماه است که در حال بحث روی موضوع شورای سیاستگذاری هستیم. حدود دو ماه است که فقط موضوع شورای سیاستگذاری در دستور کار قرار داشته است!  همین مسئله، ما را به لحاظ انتخاباتی، چند ماه عقب انداخته است.  فکر می‌کنم که در آینده، این امکان وجود دارد، که در ساختار و سیستمی که در جبهه اصلاحات وجود دارد پالایش‌هایی صورت بگیرد. این پالایش‌ها ممکن است در حوزه خروج برخی از افراد و یا ممکن است درباره متناسب‌سازی میزان تاثیر‌گذاری آن باشد.
تاجرنیا ضمن اعلام حمایت مشروط از روحانی در انتخابات 96 می‌گوید: احساس من این است که مجموعه‌ای که حلقه نخست رئیس‌جمهور محسوب می‌شوند، به صورت کامل و تمام‌عیار ملتزم به نگاه اصلاح‌طلبی نیستند. نکته بعدی این است که بخشی از بدنه دولت، مجموعه پیری است که آن نشاط و چابکی لازم را برای پیاده کردن شعارهای رئیس‌جمهور ندارد؛ این موارد، نقدهایی است که به آقای رئیس‌جمهور وارد می‌شود.
وی افزود:  ما در پله اول با برخی مسائل ناگزیر مواجهیم. به جهت اینکه شاید جریانات سیاسی، نتوانند کاندیدای ایده‌آل خود را در فضای عمومی جامعه طرح کنند. همین امر چانه‌زنی گروه‌های مختلف را کاهش می‌دهد. مانع دوم این است که متاسفانه در تریبون‌های مختلف از «قدرت» و صاحب اثر بودن افراد، بدگویی می‌شود حتی لفظ قدرت‌طلبی، امری منفی تلقی می‌شود... وقتی چنین نگرشی وجود دارد، این امکان وجود ندارد که افراد با یکدیگر صراحتا گفت‌وگو کنند. بنابراین اگر من اینجا اعلام کنم که ما از آقای روحانی سهم نمی‌خواهیم، بسیاری  آن را مثبت  تلقی می‌کنند. در حالی که من احساس می‌کنم که این صحبت، سخنی رودربایستی‌گونه است. این نوع گفتار، نه تنها ممدوح نیست، بلکه مذموم  است.