روزنامه هفت صبح با «رمزگشایی از اختلاف ژنرال‌های دولت» نوشت: کسی نمی‌داند عصر شنبه در ذهن اکبر ترکان چه می‌گذشت که ناگهان روی آنتن یک برنامه زنده تلویزیونی اختلاف عمیقش با محمدرضا نعمت‌زاده را روی دایره ریخت. اختلاف این دو ژنرال کهنه‌کار دولت از روزهای آغازین دولت وجود داشت، اما هیچگاه در این سطح رسانه‌ای نشده بود.
ستاد انتخاباتی حسن روحانی در خرداد 92 سه پادشاه داشت. حسین فریدون، اکبر ترکان و محمدرضا نعمت‌زاده. انتظار می‌رفت بعد از تشکیل کابینه هم همین سه نفر دست بالا را داشته باشند و مسئولیت‌ها و وزارتخانه‌های کلیدی را در دست بگیرند. با اینکه نام اکبر ترکان برای تصدی‌گری چند وزارتخانه مطرح بود، او ترجیح داد به عنوان مشاور ویژه رئیس جمهور فعالیت کند. حتی گفته می‌شد او از سایر همکاران همسن و سالش خواسته به پست مشاوره بسنده کنند و وزارت را به جوان‌ترها بسپارند. توصیه‌ای که البته محمدرضا نعمت‌زاده به آن عمل نکرد و با حدود 70 سال سن سکاندار وزارت صنعت، معدن و تجارت شد که در حقیقت ترکیبی از سه وزارتخانه بزرگ اقتصادی است. شاید از همین جا بود که نطفه دو قطبی ترکان - نعمت‌زاده شکل گرفت.
اختلاف ترکان و نعمت‌زاده از زمانی جدی شد که ترکان به مناطق آزاد رفت و او معتقد بود در دوره قبلی بعضی به بهانه تأسیس واحدهای تولیدی، زمین‌خواری کرده بودند. اما با این حال وزارت صنعت بدون هماهنگی مناطق آزاد، تسهیلات را در اختیار همان افراد قرار داده است. نعمت‌زاده یکبار هم گفته بود بعضی خودروهای لوکس از مناطق آزاد تجاری خارج می‌شوند که این اظهارنظر هم چندان خوشایند اکبر ترکان نبود. نامه‌نگاری چهار وزیر به رئیس جمهور و اعتراضشان به ماجرای تعیین قیمت خوراک پتروشیمی‌ها (ضمن هشدار نسبت به وضعیت رکود اقتصادی) پرده دیگری از اختلافات ترکان و نعمت‌زاده بود. آن زمان ترکان این چهار وزیر را متهم کرد که برای وزارتخانه متبوعشان دنبال مفت‌خواری و ویژه‌خواری هستند.
هفت صبح می‌افزاید: اکبر ترکان با عباس آخوندی وزیر راه و شهرسازی هم به وضوح اختلاف دارد. او یکبار با انتقاد از دستور آخوندی مبنی بر ممنوعیت شرکت دوشغله‌ها در انتخابات نظام مهندسی گفته بود: «من فقط یک شغل دارم» در یک مقطع دیگر هم در واکنش به اظهارات آخوندی که طرح مسکن مهر را «مزخرف» توصیف کرده بود، گفت: «این حرف‌ها برای مردم مسکن نمی‌شود. باید پروژه مسکن مهر را به سرانجام برسانیم.» مجموع این اظهارنظرها و مواضع سفت و سخت نشان می‌دهد اکبر ترکان برای خود جایگاهی بالاتر از یک مشاور در دولت روحانی قائل است. او هیچ هراسی از سرشاخ‌ شدن با دیگر وزرا ندارد.
بعضی تحلیلگران سیاسی معتقدند حمایت گروه‌های مختلف از او در زمان انتخابات باعث شد همه آنها توقع حضور در آرایش نهایی کابینه داشته باشند. بنابراین فرصت تشکیل یک کابینه یکدست و هماهنگ از روحانی گرفته شد. جدا از اختلافاتی که تا حالا ترکان با دیگر همکارانش داشته، کار بعضی اعضای دیگر دولت هم به رویارویی مستقیم کشیده. قبل‌تر اخبار پراکنده‌ای از اختلافات شریعتمداری معاون اجرایی رئیس جمهوری و حجتی وزیر کشاورزی، طیب‌نیا وزیر اقتصاد با سیف، نوبخت و زنگنه، ربیعی وزیر کار با قاضی‌زاده هاشمی وزیر بهداشت و اخیراً هم معصومه ابتکار محیط‌زیست با حجتی وزیر کشاورزی منتشر شده است. به زعم منتقدان دولت این اختلافات در حدی بالا گرفته که دولت به صورت مجمع الجزایری اداره می‌شود.