وی در دیدار جمعی از علمای شیعه و سنی افغانستان گفته است: مراقب باشیم که اگر بذر کینه‌توزی بکاریم، بعد از ده‌ها سال داعش تولید می‌شود، زیرا چندین نسل در شکل‌گیری این گروه موثر هستند و همه فرق و مذاهب اسلامی به اندازه سهم خویش در شکل‌گیری این غده سرطانی نقش دارند.
سیدحسن خمینی یادآور شد: وقتی صدای اندیشمندان دینی بلند شده بوده که بذر کینه را در جهان اسلام پراکنده نکنید و به یکدیگر دشنام ندهید و ندا سر دادند که اعلام هفته وحدت نه یک تاکتیک، بلکه یک استراتژی است و تقریب مذاهب یک قاعده کلی است؛ چنین روزهایی را می‌دیدند.
او ادامه داد: روزی که آیت‌الله العظمی بروجردی اندیشمندانی را به دانشگاه الازهر مصر فرستاد برای جلوگیری از چنین روزهایی بود.
در این که تفرقه‌افکنی میان شیعه و سنی کار مذمومی است و طرفین نباید بی‌جهت اهانت و کینه‌توزی کنند شکی نیست. اما واقعیت این است که جریان‌هایی مانند القاعده و طالبان و سپس داعش و جبهه النصره اساسا ربطی به اختلاف شیعه و سنی ندارند، بلکه براساس طرح مشترک آمریکا و انگلیس و رژیم صهیونیستی و همکاری رژیم‌هایی مانند سعودی در راستای ستیزه‌جویی با اصل اسلام  و بدنام  کردن آن راه‌اندازی شده‌اند چنان که بهائیت و وهابیت نیز چنین هستند. سند این  ادعا آن است که امثال داعش نه به مردم سنی مذهب و نه حتی به مردمان مسیحی یا ایزدی مذهب و کردها و... هم رحم نمی‌کنند و صرفا مزدوران پرورش یافته‌ برای تجزیه کشورهای قدرتمندی مانند عراق و سوریه در خدمت استکبار و صهیونیسم بین‌الملل هستند.