وی که در اداره کل استان‌ها به همراه همسرش مشغول فعالیت بود دارای فرزند دختر سه ساله‌ای به نام «هلیا» است.
پیکر شادروان مهدی خوانساری صبح جمعه پانزدهم مرداد با حضور اصحاب رسانه و آحاد مختلف مردم از مقابل منزل پدری تشییع و در بهشت زهرا(س) به خاک سپرده شد.
سید نظام الدین موسوی، مدیرعامل خبرگزاری فارس در پیامی برای درگذشت خبرنگار این رسانه، نوشت: «درگذشت ناگهانی «مهدی خوانساری» دوست و همکار پرتلاشمان در خبرگزاری فارس در آستانه روز خبرنگار همه ما را در بهت و اندوه فرو برد.امروز در ماتم خبرنگار مومن و پرتلاشی نشستیم که به گواه همه همکاران، به صبوری، متانت، تعهد، مسئولیت پذیری و خوش خلقی متصف و مشهور بود. او روحیه‌ای مثال زدنی در پیگیری و انجام امور محوله داشت و به رغم وجود حساسیت‌ها و استرس‌های معمول در بخش خبری مربوط به وی، چهره دوست داشتنی اش با لبخندی سرشار از مهر و عطوفت، تابلوی جاودانه‌ای از اخلاق و ایمان و مجاهده بود.اینجانب که خود نیز حقیقتاً داغدار عروج این دوست مهربان هستم، مصیبت وارده را به پدر و مادر، خواهران و به ویژه همسر مکرمه اش همکار ارجمندمان سرکار خانم خوانساری و به «هلیا» دختر نازدانه‌اش که در روز دختر در ماتم پدر، رخت عزا به تن کرد، تسلیت عرض نموده و برای همه آنان صبرجمیل آرزومندم. از خداوند متعال مسئلت دارم در این ایام کرامت، «مهدی» عزیز ما را میهمان خوان کرم خود کند و روح متعالی او را با ائمه اطهار(س) محشور فرماید.
محمدمهدی دانی، رئیس انجمن صنفی خبرنگاران و روزنامه‌نگاران ایران در پیامی به سیدنظام‌الدین موسوی مدیرعامل خبرگزاری فارس، درگذشت مهدی خوانساری خبرنگار این خبرگزاری را تسلیت گفت.
همچنین مصطفی هدایی رئیس سازمان بسیج رسانه استان تهران در پیامی به‌مناسبت درگذشت خبرنگار بسیجی مهدی خوانساری نوشته است: «خبر ضایعه درگذشت مهدی خوانساری خبرنگار مؤمن، ولایت‌مدار و پرتلاش استان تهران که به اخلاق‌مداری، تعهد، مسئولیت‌پذیری و دلسوزی مشهور بود، در آستانه روز خبرنگار اصحاب رسانه این استان را در بهت و اندوه فرو برد.اینجانب که به‌واقع داغدار عروج ناگهانی این مجاهد عرصه رسانه هستم، مصیبت وارده را به خانواده محترم و دختر وی که در روز دختر داغدار پدر بزرگوارش شد، تسلیت گفته و از خداوند متعال برای خانواده خوانساری صبر و برای مرحوم مغفورغفران الهی را خواستارم.»