حاج‌حسین حسین‌زاده در روز سوم اردیبهشت ماه تحویل زندان قزل‌قلعه شد. در بازجویی سه روز، سعی نمود تا آیت‌الله شهیدسعیدی را از ارتباط با تشکیل هیئت حسینی بی‌اطلاع معرفی و ارتباط خود با ایشان را در حد یک نمازگزار ساده عنوان نمایند:
«ایشان حتما از تشکیل جلسه اطلاعی ندارد. فقط ما توسط خادم این مسجد موفق شدیم به حجره بالای مسجد رفته و جلسه‌ای تشکیل دادیم... ایام عید نوروز به منزل آقای سعیدی پیشنماز مسجد موسی‌بن‌جعفر رفته‌ام و گاهی هم پشت ایشان نماز خوانده‌ام و شبهای شنبه نیز گاهی به وعظ ایشان گوش داده‌ام لکن ایشان اطلاعی از تشکیل هیئت نداشتند زیرا قرار بود در مورد تشکیل هیئت به کسی صحبتی نشود.»
پس از گذشت 20 روز از دستگیری و بازجویی‌های صورت گرفته، پرونده او جهت صدور حکم به دادستانی ارتش فرستاده.  با این نظریه که:«عده‌ای از جوانان متعصب مذهبی و طرفدار خمینی، در تاریخ 45/11/30 در مسجد موسی‌بن جعفر جلسه‌ای تشکیل داده و پیشنهاد می‌نمایند که جلسات مذهبی دیگری با شرکت ده الی دوازده نفر از همفکران مورد اعتماد خود مرتبا تشکیل دهند...
نامبردگان قصد داشته‌اند با پوشش مذهبی، عده‌ای را دور خودجمع و با استفاده از راهنمایی‌های روحانیون مخالف، یک سازمان متشکل را ایجاد نمایند ... تحریک افکار عمومی و تخطئه اقدامات اصلاحی دولت و تشویق مردم به پیروی از ایده‌های روحانیون مخالف و فشار به دولت در خاتمه دادن به مدت تبعید خمینی اساس برنامه کار بوده،‌ ولی چون هیئت مزبور در تهیه مقدمات کار خود بوده‌اند لذا در اجرای برنامه‌های مورد نظرشان به جز انتشار و تودیع تراکت و مسافرت چند نفر به قم فعالیتی را شروع ننموده‌اند.»
در همین گزارش بود که توانایی‌های روحی و دانش دینی و سیاسی این جوان 15 ساله، مورد توجه کارشناسان ساواک قرار گرفت تا درباره او بنویسند: «اصولا فردی است مطلع و با استعداد»
دادرسی ارتش، 45 روز بعد از دستگیری ایشان، تشکیل جلسه داد و او را به «اقدام بر ضد امنیت داخلی مملکت، متهم نمود. پاسخ وی در این موقع، نشانگر همان هوش و استعدادی است که در گزارش بازجویی به آن اشاره گردید که مصداق مسلم «الفضل ما شهدت به الاعداء» بود:
«من اقدام بر ضد امنیت داخلی مملکت نکرده‌ام و اگر در جلسه هیئت حسینی شرکت می‌کردم، چون افراد هیئت همه گفته بودند و حتی خود من، فقط هدف خدمت به دین مقدس اسلام و مذهب جعفری و مملکت ایران است و چون آیت‌الله خمینی مدظله یک مرجع تقلید شیعه و من مقلد او بوده‌ام، بازگشت ایشان را می‌خواستیم.»
و درباره نگهداری عکس و رساله امام‌خمینی(ره) نیز گفت:
«عکسهایی که در منزل ما به دست آمده... چنانچه معلوم است، در زمانی که آزاد بود، خریده شده ... به عنوان یادگاری و عکسهای یک روحانی که از او تقلید می‌کنیم در منزل نگه داشتیم و چون ما مقلد ایشان بودیم رساله‌ها را تهیه کرده بودیم.»
پس از این بازپرسی، ‌ایشان به زندان قزل قلعه بازگشت داده نشد و تحویل زندان قصر گردید و یک هفته بعد نیز، قرار بازداشت وی، به علت سن کم، به «اخذ کفیل» تبدیل و حدود 35 روز بعد، پس از 66 روز، با کفالت آقای محمدحسن کاتوزیان که قماش فروش بازار بود، از زندان آزاد شد.
این آزادی، برای روح یک جوان پرشور، چون حاج حسن موحد، که خود را مهیای مبارزه‌ای نفس‌گیر کرده بود، بسیار ناگوار بود؛ از این رو با همان شور و احساس جوانی، هر آنچه در دل داشت بی‌محابا بر کاغذ برد و چهار روز بعد از آزادی در نامه‌ای به یکی از زندانیان، نوشت:
«آری، از زندان قصر بیرون آمدم، به زندان دیگری روانه شدم و آن هم زندان تهران بود.
زندانی که نامش آزادی است؛ ولی به راستی برای مردم غیور زندان است و باید کوشید از این زندان نجات یافت و اگرچه با خطر مرگ روبرو شد... شما در زندانید و راحتید؛ ولی من آزادم و ناراحتم. به خدا قسم از خدای خودم مرگ را مسئلت می‌نمایم. تا در این زندگی کثیف به سر نبرم. خفقان در همه جا حکمفرماست و نفس‌های انسانهای زنده، در سینه‌ها حبس می‌شود. غیرت، حیرت، انسانیت، شجاعت از میان اجتماع رخت بربسته و زندگی در چنین اجتماعی، جز ذلت برای من و امثال من نیست.»
کشف این نامه، موجب شد تا وی برای ساعت 8 صبح روز 1346/6/12 به دادگاه احضار و برای وی تقاضای «تشدید تامین» داده شود.
حاج‌حسن حسین‌زاده در تاریخ مقرر در دادگاه حضور نیافت و این مسئله موجب شد تا پدر بزرگوار او مورد مواخذه قرار گیرد و متعهد شود تا در «ساعت 8 صبح روز پنجشنبه 46/6/16 فرزند خود حسن حسین‌زاده موحد را به ریاست دادگاه شماره 3» معرفی نماید.
در این تاریخ،‌ دادگاه تشکیل شد و مفاد نامه او را، «اقدام بر ضد امنیت داخلی مملکت تشخیص [داد] و به اتفاق آراء قرار اخذ کفیل صادره درباره او را - به علت صغر سن - به قرار بازداشت موقت در دارالتأدیب، تشدید» و اعلام نمود.حسین‌زاده در ساعت 1‍2 همان روز، تحویل زندان قصر و دربند 4 زندانی گردید.
65 روز پس از بازداشت مجدد، حاج حسن موحد، برای «ساعت 8 صبح یکشنبه 46/8/21 جهت مطالعه پرونده و آمادگی دادرسی» به دادگاه فرا خوانده شد.
پس از برگزاری چند جلسه دادگاه، با حضور متهمین پرونده، در نهایت حسن حسین‌زاده به همراه 5 نفر دیگر از دوستانش، به 3 ماه حبس تأدیبی محکوم شدند و به علت اینکه مدت بازداشت قبلی آنان بیش از مدت محکومیت بود، دستور آزادی آنان پس از شش ماه بازداشت صادر شد.
مرحله دوم (16 سالگی)
حاج حسن حسین‌زاده که در یاری دین و قرآن سر از پا نمی‌شناخت شب و روز خود را با یاد امام خمینی(ره) و مبارزه در مسیر نهضت اسلامی گام برمی‌داشت و به همین د لیل همواره تحت کنترل ساواک بود. هنوز چند ماهی از آزادی او سپری نشده بود که در فروردین ماه 1347 (ش، در گزارشی که پیرامون فعالیت‌های او تنظیم گردید، نوشته شد:
«حسین‌زاده موحد اظهار داشت: از عکس‌های آیت‌الله خمینی به صورت کارت تبریک که یک طرف آن کارت، عکس خمینی و در طرف دیگر عکس نخلستانی چاپ شده و کلمات آن به عربی نوشته شده بود و نام امام الخمینی را روی آن چاپ کرده بودند، تعداد سه عدد برای من رسیده است که هر سه عدد آن را به دیگران داده‌ام و خودم از کارت تبریک مزبور هیچ ندارم.»
حسین‌زاده موحد، در آستانه 17 سالگی و در جریان برپایی مراسم چهلم مادر محسن خیاطان، که قرار بود در مسجد ارک برگزار شود، جمع‌آوری امضا از علما را بر عهده گرفت. او موفق شد امضای آقایان:‌«شیخ غلامحسین جعفری، حاج حسن سعید چهل ستونی، هاشمی رفسنجانی، گروسی، غیوری و سیدکاظم حائری» را در ذیل این اعلامیه که در روزنامه کیهان مورخه 47/2/12 چاپ شد، قرار دهد.
به علت اینکه ساواک از برپایی این مجلس در مسجد ارک ممانعت به عمل آورد، تصمیم گرفته شد تا این مجلس در مسجد ماشاءالله واقع در ابن‌بابویه شهرری برگزار شود. در این مجلس حاج حسن موحد قاری قرآن بود.
این تلاش‌ها، که بخشی از آن، تهیه تراکت و پخش آن در جریان مسابقه ایران و اسرائیل و نیز ملاقات با زندانیان آزاد شده بود، مجددا او را در تاریخ 1347/3/11 به دام ساواک گرفتار کرد. این دستگیری در حالی بود که او برای بزرگداشت 15خرداد 1342 ش نیز، تهیه و توزیع تراکتی را تدارک دیده بود.
«شعار بدین مضمون بود: سالگرد روز خون و کشتار بیرحمانه‌ای که به دست عمال بیگانه صورت گرفت، روز 15 خرداد است. روزی که حضرت ‌آیت‌الله‌العظمی خمینی دستگیر و زندانی شده و به دنبال آن جمعی از فرزندان وطن و اسلام کشته و جمعی به زندان افتادند. ما در این روز، به روان آن شهیدان درود می‌فرستیم و سوگند وفاداری تا اجرای قوانین قرآن یاد می‌کنیم.»
در شب دستگیری، زمانی که به نزدیکی‌های خانه رسید، احساس کرد که مامورین داخل خانه‌اند:
«وقتی من خانه آمدم و دیدم چراغ روشن است، به کوچه پشت منزل پیچیدم و این شعارها را پاره کرده و در آنجا ریختم.»
در این نوبت، در بازرسی از منزل مسکونی وی، که شبانه صورت گرفت و تهامی به عنوان نماینده ساواک حضور داشت موارد زیر به دست آمد:
«چهار جلد کتابچه یادداشت که در بین مطالب مندرج در آنها، پاره‌ای موضوعات انقلابی وجود دارد. یک برگ مشتمل بر اسامی کلیه فداییان اسلام اعم از معدومین و سایرین. متن اعلامیه‌ای درباره سالروز مدرسه فیضیه که به خط خود نوشته است.»
اتهام او در این نوبت «تهیه و توزیع تراکت» به همراه داود دستمالچی و چند تن دیگر در جریان برگزاری مسابقه فوتبال بین ایران و رژیم اشغالگر قدس در ورزشگاه امجدیه بود که در بازجویی این گونه به آن اعتراف نمود:
«بنده دو نوع تراکت به قطع کاغذ‌های کوچک مستطیل شکل با مهر لاستیکی تهیه و در ورزشگاه امجدیه و حسینیه نطنزی‌های مقیم مرکز واقع در خیابان شهباز توزیع نمودم. مفاد تراکت‌ها به ترتیب عبارت بودند از (سلام و تحیت فراوان ملت مسلمان ایران به پرچمدار عظیم‌الشأن مجاهد رهبر آزادمردان، کوتاه‌کننده دست استعمارگران حضرت آیت‌الله خمینی باد) و دومی (بریده و کوتاه باد دست تعدی و تجاوز عمال اسرائیل).»
وی در این مرحله، به شیوه نوبت قبل، با تهیه مهرهایی که متون مورد نظر روی آن حک شده بود، اقدام به تکثیر شعارهای مورد نظر نمود و با هماهنگی خاصی که بین دیگر اعضای گروه صورت داد، نسبت به پخش آن در روز برگزاری مسابقه اقدام کرد.
«ابراهیم نظری که سال گذشته هم با ما هم پرونده بود، آنجا بود. به  او مقدار زیادی از تراکت‌ها را دادم و گفتم پخش کن. من هم که مقدار زیادی برایم مانده بود، در دو نقطه پخش کردم. یکی در خیابان و دیگر در خود امجدیه. بعد از آن که 28 صفر نزدیک بود، مقدار زیادی که از آن یک کیلو کاغذ مانده بود، بریدیم و مهر زدیم و روز 28 سفر به حسینیه‌ای که در خیابان شهباز واقع است و جمعیت زیادی در آنجا جمع می‌شوند، رفتم. نخست خودم در دو نقطه تراکت‌ها را ریختم، وقتی در نقطه دوم ریختم، شخصی به نام عمادی که در مسجد موسی‌بن‌جعفر او را دیده بودم، مرا دید و بقیه تراکت‌ها را گرفت و در آنجا ریخت.»
متن تراکت‌ها را که خود او تهیه کرده بود، چنین است:
«سلام و تحیت فراوان ملت مسلمان ایران به پرچمدار عظیم‌الشأن مجاهد، رهبر آزادمردان، کوتاه‌کننده دست استعمارگران،‌ حضرت آیت‌الله‌العظمی خمینی باد و بریده و کوتاه باد دست تعدی و تجاوز عمال اسرائیل.»
در این روز، پس از اتمام مسابقه، تظاهراتی علیه رژیم اشغالگر قدس در خیابان برپا شد. حاج حسن که از قبل برای برپایی این تظاهرات تلاش نموده بود، می‌گوید: «گفتم که اینطور که می‌گویند خیلی شعار بر علیه اسرائیل داده می‌شود، شما هم شرکت کنید و شعار بر علیه اسرائيل بدهید.» او، خود نیز یکی از شعاردهندگان این تظاهرات بود: «البته من، با دانشجویان و مردم در شعار دادن همکاری داشتم.»
در جریان این بازجویی‌ها بود که معلوم شد، تراکت: «سالگرد فاجعه جانگداز فیضیه، شب جمعه 25 شوال در مسجد جامع، شبستان گرمخانه مجلس ختم برقرار است.» که مربوط به چند ماه قبل از پخش اعلامیه در جریان امجدیه بود نیز، توسط خود او، تهیه و توزیع شده ا ست.
راه، برای حاج حسن موحد روشن بود و نه تنها از پیمودن آن و به جان خریدن خطرات آن پروایی نداشت که در زمان رودررویی با بازجویان ساواک و بازپرسان بیدادگاه‌های رژیم شاهنشاهی نیز، به صراحت و روشنی از حقانیت این راه سخن می‌گفت:
«من، چنانچه می‌دانید. قبل از هر چیز یک مسلمانم و معتقد به اصول مذهب جعفری و اکنون که امام زمان(عج) غایب‌اند؛ مقلد حضرت آیت‌الله خمینی بوده‌ام و وقتی که ایشان در این صحبت‌ها دخالت کردند و تبعید شدند. من هم طبق انگیزه مذهبی که در خود احساس کردم، به این فعالیت‌ها پرداختم و به طور قطع، به هیچ عنوان دیگری این فعالیت‌ها را نمی‌کردم و فقط احساسات مذهبی ما را وادار به چنین کارها و فعالیت‌ها نموده است.»
و این در حالی بود که بدون هیچ واهمه‌ای، در تقویمی که در دست داشت، تاریخ انقلاب اسلامی، اعم از جریان فدائیان اسلام و روزهای پرحادثه نهضت امام خمینی(ره) را یادداشت و ضمن پاره نمودن عکس محمدرضا پهلوی که در ابتدای آن قرار داشت، عکس حضرت امام(ره) را نصب کرده بود:
«این تقویم مال من بوده و اینکه عکس اعلیحضرت همایونی را در صفحات اول آن نمی‌بیند، من پاره کردم و عکس آیت‌الله خمینی را من خودم... با چسب چسبانیده‌ام و نوشته‌های آن را، در بالا آیه قرآن و در زیر عکس، چند لقب و اسم آقای خمینی است، من نوشته‌ام و جمله‌ای که زیر عکس نوشته‌ام بدین قرار است: مرجع شیعیان جهان. رهبر آزادمردان، سماحه العلامه الخمینی دام عزه.»
او به میزانی به امام خمینی(ره) عشق می‌ورزید که حتی سخنرانانی چون عبدالرسول حجازی را به بردن نام ایشان در منابر خود تشویق و ترغیب می‌نمود:
«من محرک بعضی بودم؛ من جمله سید عبدالرسول حجازی،‌وقتی می‌خواست منبر برود، ‌به او می‌گفتم حتما نام آیت‌الله خمینی را در منبر ببرد.»
پس از بازجویی‌های مفصلی که در مدت 23 روز صورت گرفت، پرونده اتهامی به «بازپرسی ارتش شاهنشاهی» ارسال و پیرامون آن، چنین اظهارنظر گردید:
«مشاورالیه یکی از طرفداران سرسخت و جدی روحانیون مخالف، به‌ویژه خمینی بوده که در راه به ثمر رساندن آرمان‌های وی، از هیچ عملی رویگردان نیست.»