شهید محمد بخارایی فرزند علی‌اکبر در سال 1323 در جنوب شهر تهران به دنیا آمد؛  پس از پایان دبستان در دبیرستان فرخی باغ فردوس مولوی، تحصیل در دبیرستان را شروع كرد.
هنگامی که شهید محمد بخارایی وارد دبیرستان شد جبهه ملی دوم تازه شروع به كار كرده بود و با توجه به نفوذی كه در محافل دانش‌آموزی و دانشجویی داشت با توجه به اینکه شور بسیاری برای فعالیت‌های سیاسی داشت به عضویت جبهه ملی دبیرستان درآمد.
شهید بخارایی به علت عدم توفیق در تحصیل تصمیم به ترك تحصیل گرفت و بلافاصله جذب بازار كار شد و در دفتر آهن‌آلات حاجی بابا واقع در خیابان بوذرجمهری، روبه‌روی بازار آهنگران مشغول شد و شب‌ها نیز در آموزشگاه خزائلی رشته ادبی را ادامه داد. مرحوم حاجی بابا (صاحب كار محمد) كه خود متدین و مبارز بود تاثیر بسزایی در تغییر روش مبارزاتی محمد ایجاد كرد. در نتیجه با حضور در جلسات مذهبی، نظیر مكتب توحید كه جلسات آن معمولا در حول و حوش بازارچه نایب‌السلطنه منعقد می‌شد، با شهید حاج صادق امانی آشنا شد. نفس خداوندی آن شهید، آنچنان در روحیه جست‌و جو‌گر و ظلم‌ستیز او كه از قبل نیز جوان پاك و متدینی بود، تاثیر گذارد كه از محمد علاقه‌مند به دیدگاه‌های جبهه ملی، یك مسلمان انقلابی هماهنگ با مرجعیت ساخت.
شهید بخارایی که پس از پایان دورة مدرسه با شهید رضا صفار هرندی دوست صمیمی شد و در جلسات حجت‌الاسلام و‌المسلمین حاج شیخ علی‌اصغر هرندی با اسلام و افکار روشنفکرانه در نهضت امام آشنا گردید.
 با آغاز نهضت امام خمینی، شهید بخارایی و شهید هرندی با مؤتلفه اسلامی آشنا شدند و شهید عراقی آنها را برای جهاد مسلحانه شایسته یافت و آنان را با شهید امانی مرتبط ساخت. شهید امانی تحولی نو در روحیه آنها پدید آورد و شرکت در دوره‌های تمرین مسلحانه روابط آنها را مستحکم کرد. او در عملیات بدر برای اجرای کلمه الهی در به هلاکت رساندن حسنعلی منصور نقش ویژه‌ای داشت و پس از شلیک دو گلوله به طرف منصور، از صحنه بیرون آمد ولی با لغزیدن پای او روی یخ خیابان در جلوی مسجد سپهسالار سابق (مدرسه شهید مطهری فعلی) به زمین افتاد و دستگیر شد . شهيد بخارايي  در یکی از جلسات دادگاه قاضی از وی پرسید که چرا گلوله را به مغز او حسنعلي منصور نزديد؟ مي‌گويد: چون شكم او بزرگ بود و نشانه‌روي نمي‌خواست من هم مي‌خواستم كه او را از پا دربياورم. باز مي‌پرسند: چرا گلوله دوم را به حنجره او زديد؟ مي‌گويد: مي‌خواستم گلوله دوم را به مغز او بزنم اما قبل از اينكه گلوله را به مغز او بزنم يادم آمد كه اين حنجره او بوده كه به مرجع تقليد و رهبر اسلامي من اهانت كرد بايد اول حنجره او دريده بشود. گفتند: چرا گلوله سوم را نزدي؟ گفت:‌ متأسفانه پوكه گير كرده بود و گلوله سوم شليك نشد. شهید بخارایی در سحرگاه 26 خرداد 1344 همراه صادق امانی، رضا صفار هرندی و مرتضی نیک نژاد، سه شهید دیگر با نشاطی کامل و با فریاد الله‌اکبر شهادت را پذیرا شد.