در آبان‌ماه ۹۳، اجرای گام سوم طرح تحول نظام سلامت با افزایش 2/5 برابری دستمزد پزشکان متخصص آغاز شد. علی‌رغم این افزایش بی‌سابقه، پزشکان متخصص معتقد بودند که تعرفه‌ها همچنان باید افزایش یابد. در نتیجه در ابتدای سال ۹۴، تعرفه‌های پزشکی مجدداً حدود ۱۰ درصد افزایش یافت.
اندکی پس از آغاز گام اول طرح تحول نظام سلامت، مسئولین وزارت بهداشت و سازمان نظام پزشکی «واقعی نبودن تعرفه‌های پزشکی» را به عنوان عامل اصلی بسیاری از مشکلات نظام سلامت معرفی کردند. به بیان دیگر این مسئولین اعلام کردند که غلبه بر کیفیت پایین خدمات و غیبت پزشکان در بیمارستان‌های دولتی، کمبود پزشک در مناطق محروم، دریافت زیرمیزی از بیماران، سهم بالای پرداخت از جیب مردم و سایر مشکلات نظام سلامت به شرط «واقعی شدن تعرفه‌های پزشکی» امکان‌پذیر است. بر این اساس در آبان سال ۹۳ اجرای گام سوم طرح تحول نظام سلامت آغاز شد که محور اصلی آن افزایش 2/5 برابری دستمزد پزشکان متخصص بود. علی‌رغم این افزایش بی‌سابقه، پزشکان متخصص معتقد بودند که تعرفه‌ها همچنان غیر واقعی است و باید افزایش یابد. در نتیجه در ابتدای سال ۹۴ و تنها کمتر از ۶ ماه پس از آغاز گام سوم، تعرفه‌های پزشکی مجدداً حدود ۱۰ درصد افزایش یافت. البته پزشکان متخصص این افزایش را ناعادلانه دانستند و برخی رسماً در رسانه ملی اعلام کردند که در صورت عدم افزایش قیمت خدمات، مابه‌التفاوت آن را مستقیماً از بیمار دریافت خواهند کرد!
حال سؤال اینجاست که درآمد پزشکان متخصص چقدر است که نارضایتی آن‌ها را به همراه داشته است؟ در حال حاضر پاسخ دقیقی برای این پرسش وجود ندارد! چرا که انتشار میزان درآمد این قشر همواره جزو خطوط قرمز وزارت بهداشت و سازمان نظام پزشکی بوده و علی‌رغم ادعای آنان مبنی بر شفاف‌سازی درآمدها تاکنون آمار رسمی و مستندی از درآمد پزشکان متخصص در ایران منتشرنشده است.
 تنها آمار منتشر شده، تصویر جدولی است از درآمد پزشکان متخصص در یکی از بیمارستان‌های تأمین اجتماعی تهران در سال ۸۷ که سال گذشته در رسانه‌ها منتشر شد. براساس این آمار درآمد پزشکان متخصص این بیمارستان، با تعرفه‌ ۲ برابر بیمارستان‌های دولتی، در سال ۸۷ ماهانه بین ۶۰ تا ۲۰۰ میلیون تومان بوده است. البته این عدد در بخش خصوصی بین ۵ تا ۱۰ برابر بخش دولتی است.
علی‌رغم چنین درآمدهایی، پزشکان متخصص خود را با پزشکان اروپا و آمریکا مقایسه می‌کنند و حق خود را بیش از این می‌دانند؛ اما واقعیت این است که محاسبه درآمد بر اساس دلار و یورو روش مناسبی برای مقایسه درآمد پزشکان بین کشورها نیست، بلکه دریافتی هر پزشک باید براساس سرانه درآمدی همان کشور و یا بر اساس قدرت خرید در کشور محل فعالیت پزشک سنجیده شود.حداکثر درآمد پزشکان متخصص در کشورهای پیشرو در نظام سلامت بین ۲ تا ۵ و حداکثر نزدیک به ۸ برابر سرانه درآمدی همان کشور است. لذا با سرانه درآمدی سالانه ۵۵۰۰ دلار در سال برای ایرانیان، میانگین درآمد پزشکان متخصص از ۱۳‌میلیون تومان در ماه (۸ برابر سرانه) نباید تجاوز کند. این درحالی است که حتی حداقل کارانه یک پزشک متخصص تمام وقت در بیمارستان دولتی (و نه خصوصی) بیش از این است.
الف می نویسد: اکنون با گذشت بیش از یک سال از افزایش بی‌سابقه دستمزد پزشکان متخصص، بیمه‌های سلامت از پرداخت هزینه‌های هنگفت ناشی از افزایش تعرفه پزشکان عاجز شده‌اند و درعین حال مسائلی از قبیل کیفیت پایین خدمات، زیر میزی، کمبود پزشک در مناطق محروم و … که افزایش تعرفه به عنوان تنها راه حل درمان آنها مطرح می‌شد، هم‌چنان پابرجا است.