به گزارش پایگاه اطلاع رسانی رهبر معظم انقلاب متن پیام تسلیت حضرت آیت‌الله العظمی خامنه‌ای به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
درگذشت استاد اخلاق و سالک الی الله مرحوم حجت‌الاسلام والمسلمین آقای حاج شیخ محمد شجاعی رضوان الله علیه را به خانواده مکرّم و ارادتمندان و شاگردان و مستفیذان از بیانات ایشان تسلیت عرض می‌کنم. این عالم عارف و اخلاقی با افادات معنوی و اثرگذار خود که برخی از آن از رسانه ملی پخش می‌شد و با نفس گرم و شیرین خود که از دلی با معرفت بر می‌خاست، جوانان و جویندگان بسیاری را به جاده معارف حقیقی رهنمون بود و دارای حق بزرگی بر جامعه جوان کشور است. از خداوند متعال بهترین پاداش صالحان را برای این عالم ربانی مسألت می‌کنم.
سید علی خامنه‌ای