حمله به اصطلاح اشتباهی جنگنده‌های آمریکایی به بیمارستان پزشکان بدون مرز در قندوز افغانستان واکنش‌های مختلفی را به همراه داشته است. به دنبال این جنایت، اوباما به سرعت اعلام کرد پنتاگون را مأمور تحقیق در این مورد کرده‌ است. این اقدام آمریکایی‌ها با واکنش‌های مختلفی مواجه شد چرا که آمریکا خود مجرم و عامل حمله است و طبیعی است نمی‌تواند به عنوان قاضی و داور فعالیت کند. به گزارش تسنیم، «کریستوفر استوک» مدیر کل سازمان پزشکان بدون مرز با انتشار بیانیه‌ای اعلام کرد: «پزشکان بدون مرز خواستار تحقیقات شفاف هیئتی بین‌المللی هستند تا حمله هوایی نیروهای آمریکایی به بیمارستان پزشکان بدون مرز در ولایت قندوز افغانستان را بررسی کند.» وی ضمن «جنایت جنگی» خواندن این حمله تاکید کرد:»پزشکان بدون مرز به تحقیقات آمریکا پیرامون حمله هوایی نظامیان آمریکایی به بیمارستان این سازمان در ولایت قندوز اعتماد ندارند.»
این سازمان خاطرنشان کرد که در هنگام حمله هوایی آمریکا به جز کارمندان این سازمان و بیماران، کس دیگری در بیمارستان حضور نداشته و جنگی نیز در محوطه آن در کار نبوده است. سازمان پزشکان بدون مرز تصریح کرد:» مطابق قوانین بشردوستانه، هر مجروحی که در بیمارستان بستری شود، یک فرد غیرنظامی محسوب می‌شود.» سازمان فوق این را هم گفت که پس از حمله جنگنده‌های آمریکایی، بسیاری از پرسنل این سازمان مفقود شده‌اند!
پیش از اظهارات اوباما، «برایان تریبوس» سخنگوی نیروهای آمریکایی در افغانستان اعلام کرده بود: «هواپیماهای آمریکایی در شهر قندوز علیه افرادی که به تشخیص نیروهای آمریکایی تهدید محسوب می‌شدند، حمله هوایی انجام داده‌اند!» روز جمعه گذشته (10 مهر) جنگنده‌های آمریکایی با نام «حمله به طالبان»، بیمارستان پزشکان بدون مرز در استان «قندوز» افغانستان را بمباران و شمار زیادی از بیماران و پرسنل بیمارستان را قتل‌عام کردند. برخی گزارش‌ها شمار کشته‌ها را تا 200 نفر هم اعلام کردند. دبیرکل سازمان ملل متحد با انتشار بیانیه‌ای، حمله هوایی نظامیان آمریکایی به بیمارستان قندوز را به شدت محکوم کرده است. رئیس کمیته حقوق بشر سازمان ملل متحد نیز اعلام کرده: «حمله هوایی و بمباران بیمارستان قندوز فاجعه بار و غیرقابل توجیه است و می‌تواند مصداق جنایت جنگی باشد.» اما واکنش‌ها در این باره تاکنون از حد محکومیت‌های زبانی فراتر نرفته است.