کمیسیون ویژه برجام در حالی مأمور به بررسی توافق هسته‌ای شده است که مشخص نیست در صورت فقدان لایحه برجام که باید از جانب دولت یازدهم به مجلس ارسال می‌شد، کارویژه این کمیته چیست؟ در مورد الزام آور بودن مصوبات این کمیسیون برای دولت ابهام وجود دارد چرا که معلوم نیست اگر لایحه‌ای در کار نباشد، ضمانت اجرایی چگونه تعریف خواهد شد؟ اما نمایندگان اعتقاد دارند که طبق تصریح قانون اساسی، دولت ملزم به اجرای مصوبات مجلس است و در مورد برجام نیز باید طبق رأی مجلس عمل نماید.
ابراهیم کارخانه‌ای در گفت و گو با کیهان در این مورد گفت: «قانون «الزام دولت به حفظ دستاوردها و حقوق هسته ای»  که در تاریخ دوم تیر ماه سال جاری با 213 رأی مثبت تصویب شد، در صدر آن ماده واحده‌ای وجود دارد که در آن آمده است: نتیجه مذاکرات زمانی معتبر است که الزامات مجلس شورای اسلامی طبق این قانون که در ذیل می‌آید رعایت شود. این الزامات شامل 3 بند و دو تبصره است که بند اول آن در رابطه با لغو تمامی تحریم‌ها در توافق است و بعد از لغو یکجای آنها باید تعهدات ما اجرا شود. بند دوم راجع بازرسی‌ها و دسترسی‌های آژانس به اماکن نظامی، اسناد و دانشمندان است. بند سوم نیز منع هر نوع محدودیت در تحقیق و توسعه را شامل می‌شود.»
کارخانه‌ای با بیان اینکه در تبصره یک این قانون آمده که براساس اصول 77 و 125 قانون اساسی نتیجه مذاکرات باید به مجلس ارائه شود، ادامه داد: «اما عده‌ای در این رابطه می‌گویند که در قانون فقط به این اشاره شده که نتیجه مذاکرات به مجلس ارائه شود و نیامده که می‌تواند به تصویب هم برسد.»!
رئیس کمیته هسته‌ای مجلس با بیان اینکه مجلس طبق قانون می‌تواند نتیجه مذاکرات توسط دولت را ارائه شده فرض نماید، افزود: «هنگامی که آقای ظریف به عنوان رئیس تیم مذاکره‌کننده ایرانی نتیجه مذاکرات را به صورت رسمی و علنی در مجلس شورای اسلامی ارائه می‌دهد، ایشان نماینده رسمی دولت محسوب می‌شوند؛ نکته دوم این است که به استناد اصول فوق الذکر قانون اساسی باید نتیجه مذاکرات به مجلس ارائه شود که در آن قید شده هر نوع قرارداد، مقاوله نامه و پیمان نامه که بین دولت و طرف‌های خارجی منعقد شود و الزام آور باشد، باید به تصویب مجلس برسد. می‌دانیم که قانون اساسی مقدم بر تمام قوانین داخلی و بین‌المللی است، بنابراین همین نوع ارائه از سوی دولت به استناد همان اصول قانون اساسی الزام آور است و برجام باید به تصویب مجلس برسد.»
کارخانه‌ای ادامه داد: «جالب است که برخی می‌گویند برای دولت الزامی وجود ندارد و تعهدات برجام داوطلبانه است. خب اگر داوطلبانه هست پس چرا نمی‌توانیم آن را انجام ندهیم. این در حالی است که در مفاد برجام آمده که اگر ایران هر بندی از آن را نقض کند و اجرا نکند بلافاصله باید در برابر کمیسیون مشترک و شورای امنیت در این رابطه پاسخ گو باشد. توافقنامه‌های بسیار کم اهمیت که با کشورهای کوچک انجام شده در مجلس بررسی می‌شود اما توافقی در این سطح و با اهمیت زیاد که ما در آن تعهدات بسیاری پذیرفته ایم را نباید مجلس بررسی و تصویب نماید؟ عنوان توافق هسته‌ای هر چه می‌خواهد باشد، نباید با لغات بازی شود بلکه باید محتوای توافق مورد ارزیابی، مشورت و بررسی دقیق قرار گیرد چرا که بطور مسلم طبق برجام، الزاماتی برای کشور ایجاد شده است.»
این نماینده مجلس خاطر نشان کرد: «در ماده واحده قانون الزام دولت به حفظ دستاوردهای هسته‌ای به صورت شفاف آمده است که نتیجه مذاکرات زمانی معتبر است که الزامات مجلس در آن رعایت شده باشد که اگر رعایت نشده باشد نتیجه مذاکرات بی‌اعتبار است و طبق قانون مجلس باید برجام را بررسی نماید که آیا دولت این الزامات را رعایت کرده یا نه، به عبارتی مجلس جدا از اینکه بخواهد برجام را تصویب کند باید به آن بطور کلی ورود داشته باشد تا عملکرد دولت در مذاکرات بررسی و معلوم شود. قضیه بسیار روشن است اما عده‌ای این مسئله به این شفافی را نادیده می‌گیرند.»