پس از بیانات رهبر معظم انقلاب در جمع اساتید دانشگاه‌ها که به حاشیه‌سازی درباره ادعای «بورسیه‌های غیرقانونی» انتقاد کرده و آن را از غلط‌ترین کارها دانستند، پیگیری نمایندگان مجلس برای مختومه کردن این پرونده و بازگرداندن حق تضییع ‌شده از دانشجویان قوت گرفت.
نهایتاً در آخرین جلسه مشترک برگزار شده بین کمیسیون‌های اصل نود و آموزش و تحقیقات مجلس که با حضور مسئولین سابق و فعلی وزارت علوم با دعوت از دیوان محاسبات کشور برگزار شد، گزارشی تهیه شده و به سران قوا و جمعی از مسئولین ارسال ‌شد.
گفتنی است علیرغم دعوت قبلی محمد فرهادی (وزیر علوم) برای حضور در این نشست که در محل کمیسیون آموزش مجلس برگزار شد وی شرکت نکرده و کسی را هم به‌عنوان نماینده خود به این جلسه نفرستاد و این کار فرهادی با توجه به اهمیت موضوع به‌شدت مورد اعتراض و انتقاد اعضای حاضر قرار گرفت.
گزارش سایت نماینده حاکی از آن است که در این صورتجلسه بر تخلف و فرافکنی وزارت علوم در تعیین تکلیف موضوع بورسیه‌ها تصریح‌شده و اکثریت قریب به‌اتفاق اعضای جلسه خواستار معرفی مسئولین متخلف ذی‌ربط به قوه قضائیه شدند.
همچنین به دلیل اینکه دانشجویان بورسیه از سوی شورای مرکزی بورس وقت واجد شرایط تشخیص داده شده‌اند و از این طریق حقوق مکتسبه‌ای برای آنان ایجاد شده است، اعضای جلسه هرگونه ورود، ابطال یا تعلیق تحصیل و بورسیه سایر دانشجویانی که به تأیید شورای مرکزی بورس رسیده است را فاقد وجاهت قانونی دانستند.
این نامه مشترک  به  دفاترحجت‌الاسلام ‌والمسلمین محمدی گلپایگانی رئیس دفتر مقام معظم رهبری، حجت‌الاسلام ‌والمسلمین روحانی رئیس‌جمهور، لاریجانی رئیس مجلس شورای اسلامی، آیت‌ا..‌.آملی لاریجانی رئیس قوه قضائیه، مخبر دزفولی دبیر شورای عالی انقلاب فرهنگی، رحیمی رئیس‌کل دیوان محاسبات کشور، فرهادی وزیر علوم، تحقیقات و فناوری و قاضی‌زاده هاشمی وزیر بهداشت، درمان و آموزش پزشکی ارسال شد.
مشروح این نامه به شرح زیر است:
در راستای فرمایشات مقام معظم رهبری در خصوص رسیدگی به حقوق دانشجویان بورسیه و پیگیری حل مشکل دانشجویان، پس از جلسات متعدد جلسه مشترکی بین کمیسیون‌های آموزش و تحقیقات، اصل نود، با دعوت از دیوان محاسبات کشور و مسئولین سابق و فعلی وزارت علوم در جلسه روز دوشنبه مورخ ۹۴/۵/۲۶ در محل کمیسیون آموزش مجلس برگزار و علیرغم دعوت قبلی آقای دکتر فرهادی حضور نیافت و نماینده‌ای هم به جلسه اعزام نکرد. جمع‌بندی جلسه به شرح زیر اعلام می‌گردد:
۱. با عنایت به اهمیت موضوع و دعوت انجام شده، عدم حضور دکتر فرهادی وزیر محترم علوم به شدت مورد اعتراض و انتقاد اعضای حاضر در جلسه قرار گرفت.
۲. با توجه به اینکه دانشجویان بورسیه از سوی شورای مرکزی بورس وقت واجد شرایط تشخیص داده شده و مراتب به تأیید مسئولین وزارتخانه از جمله ذی حساب رسیده و حقوق مکتسبه‌ای برای آنان ایجاد شده است، و صرفاً در صورت احراز تخلف و تخطی از قوانین و مقررات حاکم در موضوع توسط شخص بورسیه، حسب مورد رسیدگی و اتخاذ تصمیم می‌گردد. لذا ورود و ابطال و تعلیق تحصیل و بورسیه سایر دانشجویان که به تأیید شورای مرکزی بورس رسیده است، فاقد وجاهت قانونی می‌باشد.
۳. کمیسیون اصل ۹۰ متعاقب شکایت تعداد زیادی از دانشجویان بورسیه و بررسی طرز کار مسئولین سابق و فعلی وزارت علوم، نتیجه رسیدگی خود را طی نامه شماره ۹۰/۳۹۰۰/۸۳۵۵۳ی مورخ ۹۴/۱/۳۰ به وزیر محترم علوم اعلام نمود و سپس جهت روشن شدن ابعاد و چگونگی اجرای آن، جلسه‌ای در تاریخ ۹۴/۳/۵ با حضور وزیر و معاونین مربوط و اعضای کمیسیون‌های آموزش و اصل نود تشکیل و نهایتاً وزیر با تأیید و تصریح بر قانونی بودن تصمیمات شورای مرکزی و وزیر وقت علوم بر تعیین تکلیف نحوه پرداخت‌ها از سوی دیوان محاسبات و نیز ضرورت جایابی برای دانشجویان و نیز طرح و تصویب وضعیت مربیان در هیئت‌های امنای دانشگاه‌ها، تأکید و جلسه جمع‌بندی شد. سپس به منظور اخذ نظر نهایی دیوان محاسبات، جلسه‌ای در تاریخ ۹۴/۳/۱۱ با حضور دادستان دیوان، معاون حقوقی و امور مجلس دیوان، معاون حقوقی و امور مجلس وزارت علوم با حضور بعضی از اعضای کمیسیون آموزش در محل کمیسیون اصل نود تشکیل و صورتجلسه طی نامه شماره ۹۰/۴۵۶۷/۸۳۵۵۳ی مورخ ۹۴/۳/۲۷ به وزیر محترم علوم اعلام گردید، لذا اجرای کلیه اقدامات و مصوبات کمیسیون اصل نود مورد تأکید قرار می‌گیرد و از وزیر محترم علوم می‌خواهد نسبت به اجرای آنها دستور فوری صادر نماید.
۴. پس از تذکر مقام معظم رهبری در خصوص نادرست بودن روش طرح وضعیت بورسیه‌ها و جنجال‌آفرینی پیرامون آن، انتظار این بود که وزارت علوم به سرعت نسبت به تعیین تکلیف نهایی اقدام نماید که متأسفانه نه تنها اقدام عملی مورد انتظار صورت نگرفته بلکه همچنان موانعی ایجاد می‌شود.
۵. دبیرخانه شورای عالی انقلاب فرهنگی جهت تسریع در رسیدگی به وضعیت بورسیه‌ها، کمیته‌ای را مأمور پیگیری و حل مسئله نمود. متأسفانه جلسات این کمیته تنها ۳ نوبت تشکیل ولیکن چون جمع‌بندی آن مورد نظر مسئولین وزارت علوم نبود، عملاً جلسات و پیگیری‌ها متوقف شده است.
۶. دادستان محترم دیوان همان‌طور که در صورتجلسه مورخ ۹۴/۳/۱۱ کمیسیون اصل ۹۰ آمده، اعلام نمودند:
الف- احراز شرایط علمی و تخصصی دانشجویان جهت اعطاء بورس صرفاً بر عهده وزارت علوم بعنوان متولی امر آموزش و ارتقاء سطح علمی کشور بوده و مصوبات شورای مرکزی بورس براساس اختیارات قانونی انجام پذیرفته است.
ب- در مورد بورسیه‌های شاغل، چنانچه دانشجویی در زمان صدور حکم بورسیه و یا طی دوره مذکور شاغل بوده و از مزایای بورسیه استفاده نموده و همزمان تصدی پست سازمانی را در بخش دولتی و نهادهای عمومی غیردولتی داشته می‌بایست بلافاصله نسبت به استرداد وجوه دریافتی اقدام و در غیراینصورت سهمیه بورس ابطال و در صورت لغو و ابطال بورسیه، پرداختی‌ها مسترد خواهد شد.
ج- افرادی که در مراحل اولیه پذیرش و اعطای سهمیه بورس، اطلاعات خلاف واقعی را ارائه نموده‌اند می‌بایست پس از بررسی موردی و احراز صحت ادعای وزارت علوم، بورسیه آنان توسط وزارت علوم لغو و وجوه اختصاص داده شده به نحو مقتضی به خزانه کشور عودت گردد.
د- هزینه بورسیه و ادامه تحصیل ایثارگران و خانواده معظم شهدا و جانبازان همانند سایر افراد توسط وزارت علوم پرداخت خواهد شد.
۷. معاون محترم حقوقی و امور مجلس و دادیار محترم دیوان محاسبات کماکان (در جلسه مورخ ۹۴/۵/۲۶) بر نظر فوق‌الذکر تأکید داشته و تأخیر در تعیین تکلیف بورسیه‌ها را به بهانه مخالفت دیوان محاسبات نادرست اعلام نمودند.
۸. نمایندگان حاضر در جلسه خواستار تهیه گزارشی دقیق و کامل بصورت مشترک از سوی کمیسیون آموزش و تحقیقات، اصل ۹۰ و دیوان محاسبات به مسئولین نظام شدند.
۹. تخلف و فرافکنی وزارت علوم در تعیین تکلیف موضوع بورسیه‌ها برای نمایندگان حاضر در جلسه محرز بوده و براساس تبصره ماده ۵ قانون نحوه اجرای اصل نودم (۹۰) قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران از کمیسیون اصل ۹۰ خواستار انعکاس و معرفی مسئولین متخلف ذیربط به قوه قضائیه شدند.
۱۰. از آنجا که تطبیق وضعیت هر یک از دانشجویان بورسیه با نگرش به اصل صحت مصوبات شورای مرکزی و وزیر وقت علوم صرفاً ناظر بر ۳۶ نفری است که حسب اعلام وزارت علوم، اطلاعات نادرست ارائه نموده‌اند با تأکید بر ضرورت فراهم نمودن امکان ادامه تحصیل و پرداخت حقوق به کلیه‌ دانشجویان بورسیه، بر طرح و تصویب وضعیت مربیان در هیئت‌های امنای دانشگاه‌ها تا قبل از شروع سال تحصیلی آینده تأکید می‌نماید.