21 اوت 1969 برابر با 30 مرداد 1348 روزی بود که صهیونیست‌های جنایتکار با رهبری فردی به نام «دنیس مایکل روهان» مسجد‌الاقصی را به آتش کشیدند. در پی این حملات ستون‌های آتش تا ارتفاع صدها متر به هوا رفت و در بخش جنوب شرقی نزدیک به 200 متر مربع از سقف مسجد کاملا منهدم شد.مسجد‌الاقصی از نظر درجه اهمیت پس از مسجد‌الحرام و مسجد‌النبی قرار می‌گیرد. از آنجا که مسجد‌الاقصی قبله اول مسلمانان بوده نزد آنان از جایگاه والایی برخوردار است و واقعه معراج پیامبر گرامی اسلام(ص) و نماز گزاردن دیگر پیامبران به امامت ایشان در مسجد‌الاقصی  موجب شده که محبوبیت این مکان مقدس نزد مسلمانان دو چندان شود. ساعت هفت صبح پنجشنبه 30 مرداد 1348 برای شهر قدس وساکنان عرب و مسلمانان ساعت شومی بود چرا که جنایتکاران اسرائیلی به آستان مسجد‌الاقصی تجاوز کرده و آن را به آتش کشیدند. در این ‌آتش‌سوزی مساحتی نزدیک به 1500 متر مربع از مسجد در آتش سوخت و فلسطینیان از قدس و تمامی شهرها و روستاهای کرانه باختری برای نجات مسجد‌الاقصی شتافتند، اما وقتی به مسجد رسیدند که متوجه شدند سربازان اشغالگر درهای مسجد را بسته و آتش تمام مسجد را دربر گرفته است.این جنایت که به حدود یک‌سوم از مسجد آسیب رساند، عکس‌العمل‌های بسیاری را در جهان اسلام به دنبال داشت که یکی از پیامدهای آن تاسیس سازمان کنفرانس اسلامی بود.فلسطینیان هر ساله با برگزاری مراسم و ادای نماز جماعت در این مسجد جنایت رژیم صهیونیستی را محکوم می‌کنند.