در ابتدای نامه تشکل‌های دانشجویی آمده‌است: پس از قرائت بیانیه مشترک و انتشار متن برجام شاهد موضع گیری‌هایی متفاوت در رسانه‌ها و نخبگان بودیم. به نظر می‌رسد تحلیل‌ها و موضع‌گیری‌های عجولانه قبل و بعد از انتشار متن، جهت‌گیری‌های سیاست‌زده توسط بنگاه‌های خبری – تحلیلی و ایجاد فضای جشن‌های خیابانی، باعث غلبه فضای احساسی بر مواجهه خردمندانه در فضای عمومی جامعه شد.
در ادامه تاکید شد: بعد از انتشار متن برجام، برخی از چهره‌های سیاسی با نیات متفاوت سعی کردند با ارائه تحلیل بی‌اساس خود مبنی بر مطلع بودن و موافقت ضمنی رهبری با متن جمع‌بندی مذاکرات، راه بررسی دقیق متن و سنجش عیار توافق را ببندند. با توجه به «مشخص بودن خطوط قرمز نظام»، «یکسان بودن مواضع رهبری در جلسات خصوصی و عمومی»، «عدم ورود ایشان به جزئیات روند مذاکرات» و «مطالبه رهبری مبنی بر ملاحظه دقیق متن و قرار گرفتن در مسیر قانونی پیش‌بینی شده» تحلیل ذکر شده بی‌اساس است.
بنابر فرمایش رهبر انقلاب که فرمودند «انتظار ما این است که دست‌اندرکاران، با دقّت مصالح را -مصالح کشور را، مصالح ملّی را- در نظر بگیرند و آنچه را تحویل ملّت خواهند داد، بتوانند با گردن افراشته، در مقابل خدای متعال هم ارائه بدهند»، جنبش دانشجویی از اعضای محترم شورایعالی امنیت ملی انتظار دارد فارغ از هر سمت لشگری و کشوری، به عنوان حافظان منافع ملت ایران، در این برهه از نبرد تاریخی حق و باطل، وظیفه خود را به نحو احسن اجرا نمایند و بدانند عملکرد ایشان در حافظه تاریخی ملت ایران ثبت خواهد شد.
در ادامه با اشاره به انجام بررسی‌های دقیق متن منتشرشده برجام و تطبیق آن با خطوط قرمز صریح نظام، تصریح شد: جنبش دانشجویی فراموش نکرده‌است که اصلی‌ترین هدف برای ورود به این سطح از مذاکرات، «برچیده شدن تمام تحریم‌ها» به صورت یک‌جا در عین حفظ حقوق هسته‌ای کشور بود.
 دولت با وعده لغو کامل همه تحریم‌ها وارد مذاکره با غرب شد؛ این درحالی است که با رجوع به متن توافق شده در می‌یابیم که اکثر تحریم‌ها هم‌چنان پابرجا خواهد ماند و تحریم‌های معدودی که مرتبط با هسته‌ای هستند، به جز در مورد قطعنامه‌های شورای امنیت، همه تعلیق یا متوقف خواهند شد! نکته تاسف‌بارتر اینکه تعلیق یا توقف همین تحریم‌ها هم منوط به اقدام ایران و راستی آزمایی و بازرسی‌های گسترده آژانس شده ‌است! به عنوان مثال براساس بند 21 برجام بخشی از تحریم‌های مرتبط با هسته‌ای آمریکا پس از اجرای اقدامات ایران و راستی‌آزمایی آژانس، تعلیق (cease) می‌شود. و از این نمونه‌ها در متن فراوان یافت می‌شود.
در مورد تحریم‌های مربوط به قطعنامه‌های شورای ‌امنیت طبق بند 6 و 7 پاراگراف‌های اجرایی متن قطعنامه، هر زمان که مدیر کل به این نتیجه‌ کلان رسید که تمام مواد هسته‌ای در ایران تحت فعالیت‌های صلح‌آمیز است، شورای ‌امنیت تصمیم می‌گیرد که تمهیدات هفت قطعنامه‌ پیشین را لغو کند. حال سوال این‌جاست که مدیر کل آژانس با چه مکانیزمی قرار است به این نتیجه‌ کلان برسد که تمام مواد هسته‌ای در ایران تحت فعالیت‌های صلح‌آمیز است؟! آیا جز این است که باید تک‌تک خانه‌ها و وجب‌به‌وجب سرزمین کشور را جستجو کنند تا اطمینان حاصل کنند؟ زمانی که تحریم‌ها تنها طی یک ساختار بسیار پیچیده و چند لایه «ممکن است» تعلیق، متوقف یا لغو ‌شوند، پس دست‌آورد عینی این مذاکرات چه بوده ‌است؟!
سه خط قرمز در حوزه‌ امنیت ملی و منطقه‌ایِ نظام، عدم نفوذ دشمن در امنیت کشور به بهانه‌ نظارت، حفظ و توسعه‌ توان دفاعی و بازدارندگی کشور و حمایت از مقاومت اسلامی است که در متن برجام بارها مورد خدشه واقع شده‌اند. بطور مثال در بند 14 برجام با پرداختن به گزارش مورخ 8 نوامبر 2011 آژانس مسئله PMD با دسترسی کامل به سایت، تجهیزات، اشخاص و اسناد موافقت شده‌است. آیا این بدان معنا نیست که به واسطه افشای این اطلاعات محرمانه باید منتظر به خطر افتادن امنیت دانشمندان و نخبگان هسته‌ای باشیم؟
برگ برنده قدرت دفاع و بازدارندگی ما در منطقه، در اختیار داشتن سامانه موشکی قدرتمند علی‌الخصوص موشک‌های بالستیک می‌باشد. آیا این امتیاز با توجه به بند 3 ضمیمه B قطعنامه مبتنی بر عدم فعالیت ایران در ارتباط با موشک‌های بالستیک در طول هشت سال از ایران سلب نشده است؟ آیا به این ترتیب، با توجه به ناامنی ناشی از حضور مستکبرانه آمریکا و اسرائیل در منطقه، قدرت ایران برای مقابله با تهدیدات خارجی تقلیل پیدا نخواهدکرد؟ با توجه به اظهارات اخیر مسئولین مبنی بر نپذیرفتن بندهای تسلیحاتی قطعنامه، اساساً آیا این امکان وجود دارد که جمهوری اسلامی قطعنامه‌ای را که بطور ضمنی در متن برجام پذیرفته و درباره متن آن مذاکره شده ‌است، نپذیرد و بندهایی از آن را اجرا نکند؟! و بر فرض امکان عدم اجرای بندهای فوق‌الذکر توسط ایران، سرنوشت لغو تحریم‌هایی که در مکانیزم‌های این قطعنامه پیش‌بینی شده ‌بود، چه می‌شود؟
همچنین حمایت ما از مقاومت اسلامی در منطقه، به واسطه‌ تمهیدات مربوط به بند 5 ضمیمه B قطعنامه مبنی بر لزوم تصویب مورد به مورد هرگونه تأمین، فروش و یا انتقال مستقیم یا غیرمستقیم تسلیحات متعارف جنگی و ارائه آموزش فنی یا خدمات مالی، توسط شورای ‌امنیت بسیار محدود و عملاً ناممکن شده ‌است. مگر نه این است که حمایت‌های نظامی ایران از عراق، لبنان و سوریه موجب تنگ شدن عرصه جولان برای تروریست‌هایی مانند داعش و اسرائیل شد؟ گذشته از همه‌ این مسائل سوال جنبش دانشجویی از مسئولان این است که چرا باید در جریان مذاکرات هسته‌ای خطوط قرمز امنیتی کشور مورد معامله قرار گرفته و به مذاکره گذاشته شود؟!
از مهم‌ترین خطوط قرمز نظام در بحث مذاکرات موارد مربوط به حفظ دستاوردهای صنعت هسته‌ای است. اما این نگرانی وجود دارد که در متن جمع‌بندی مذاکرات، بعضی از خطوط قرمز هسته‌ای که ضامن چرخیدن چرخ‌های هسته‌ای کشور هستند، مورد خدشه واقع شده‌ است. شباهت‌های زیادی که بین متن برجام و فکت‌شیت کاخ‌سفید پس از لوزان وجود دارد، این نگرانی را تا حد زیادی افزایش داده ‌است. فراموش نکرده‌ایم که رهبر انقلاب همان زمان فرمودند به هیچ وجه این فکت‌شیت ملاک عمل نخواهد بود. آیا در مواردی همچون عدم محدودیت‌های بلندمدت 10 ساله و 12 ساله، شباهت‌های نگران کننده‌ای بین فکت‌شیت آمریکا و متن برجام دیده نمی‌شود؟ نظر به اینکه هرگونه محدودیت در تحقیق و توسعه در شرایط حساس کنونی به معنای عبور از خطوط قرمز و ضربه‌زدن به رشد علمی کشور است، مفاد بند 19 برجام مبنی بر تعهد ایران به محدودیت الی‌الابد برای عدم بازفرآوری یا تحقیق و توسعه بازفرآوری و مفاد بند 5 متن برجام مبنی بر محدودیت 15 ساله تحقیق و توسعه در غنی‌سازی فردو، چطور قابل توضیح است؟