جمعی از دانشجویان بورسیه طی نامه‌ای به رئیس سازمان امور دانشجویان وزارت علوم نوشتند: حضرتعالی که نگران توانایی علمی دانشجویان بورسیه هستید لطفا رزومه فرزندتان را که با رانت شما قرار است هیئت علمی یکی از دانشگاه‌ها شود، منتشر کنید تا در کنار حداقل یکی از دانشجویان لغو بورس شده، مقایسه شود. از این گذشته لطفا درباره فرآیندی که خودتان در دوره دکترا اعزام به خارج پذیرفته شده اید و رزومه خود تا زمان اخذ پذیرش دکترا، به صورت رسانه‌ای توضیحاتی ارائه فرمایید تا افکار عمومی جامعه دانشگاهی آن را با حد متوسط پذیرفته شدگان فعلی کل دانشجویان دکترا (بورسیه و غیربورسیه) مقایسه کنند.
این دانشجویان در ابتدای نامه خود به صدیقی آوردند: می‌دانید با انتشار نام دانشجویان بورسیه و تهمت زدن‌های بی‌اساس، رانتی، آقازاده، بی‌سواد، لغو بورس و ... بنیان چند خانواده نوپا تشکیل شده را ویران کردید؟
آبرویمان را فقط و فقط از خدا می‌خواهیم و این زمستان نیز می‌گذرد و رو سیاهی اش به ظالمان خواهد ماند.
این دانشجویان در ادامه نامه خود آوردند: شکایت از شما را در این دنیا نمی‌توانیم نزد قاضی ببریم تا تظلم خواهی کرده باشیم، چون برخلاف قانون اساسی و منطق انسانی درهای قوه قضائیه بر روی ما دانشجویان بسته است! ولی امید داریم در محکمه الهی در جایگاه متهم و شاکی قرار بگیریم تا در مقابل رفتارهای خود پاسخگو باشیم.
دانشجویان بورسیه خطاب به صدیقی ادامه دادند: به اتهامات شما علاوه بر نقش در فتنه ۸۸ و ظلم به دانشجویان بی‌گناه باید سرکشی در برابر اوامر ولایت فقیه را نیز اضافه کرد. نمی‌دانیم زمانی که حضرت آقا از ظلم و بی‌اخلاقی‌ها فرمودند شما کجا بودید؟ اما اگر ذره‌ای ایمان به ولایت داشتید باید از خجالت سرخ می‌شدید و استعفا می‌دادید اما دریغ که کوچکترین واکنشی از جانب شما که مسبب این بی‌عدالتی هستید، مشاهده نشد.
در ادامه این نامه آمده است: نمی‌دانیم دقیقا در ازای ایفای نقش اساسی در این ظلم برنامه‌ریزی شده از طرف فتنه گران و با پادویی رسانه‌های وابسته داخلی و خارجی وجدان خود را به چه فروختید اما حداقل ارزیابی نمایید که ارزان نفروخته باشید.
این دانشجویان در پایان نامه خود به صدیقی توصیه کردند که از حق الناس بترسد که بسیار دامن گیر است و از عاقبت ظالمان درس عبرت بگیرد.
شایان ذکر است پس از انتشار ليست 749 نفر از بورسیه‌های وزارت علوم، در شبکه‌های اجتماعی، اعتراضات بسيار زيادي نسبت به چگونگي درز کردن اين اطلاعات طبقه بندي شده به خارج از وزارت علوم و سازمان امور دانشجويان بالا گرفت. به گفته علی غزالی، فرد منتشر‌کننده لیست اسامی مذکور، مجتبی صدیقی معاون وزیر علوم و رئیس سازمان امور دانشجویان، اسناد محرمانه وزارت علوم را با اصرار بر انتشار در اختیار وی قرار داده بود! وی پس از تهدید معاون دانشجویی وزارت علوم در دوره فرجی دانا مبنی بر پیگیری موضوع افشای اسناد توسط این وزارتخانه گفت: «جناب آقای صدیقی! شما خوب به خاطر دارید در زمانی که آقای توفیقی سرپرست وزارت علوم بودند و هنوز آقای فرجی دانا برای وزارت معرفی نشده بودند در آن اتاق گوشه‌ای طبقه 13 شهرک غرب چه کسی این اسامی را به بنده داد و در این مدت چه کسی برای انتشارش مدام تماس می‌گرفت و پیغام می‌داد!»