آنگونه که از نام  صندوق نوآوری و شکوفایی برمی‌آید نهادی است که وظیفه‌اش حمایت از کسب و کارهای نوپا و نوآور در کشور است. تأسیس آن به دولت احمدی‌نژاد باز می‌گردد تا حامی شرکت‌های دانش بنیانی باشد که قانون آنها نیز مربوط به دولت قبل‌تر آن بود. اما زمانی صندوق نوآوری و شکوفایی اهمیت دوچندان یافت که در دولت جدید قرار شد سرمایه اولیه سه هزار میلیارد تومانی‌اش ظرف سه سال محقق گردد و پس از آن نیز هر سال معادل نیم درصد بودجه عمومی کشور به آن تزریق گردد. با همه این تفاسیر، بد نیست نگاهی به عملکرد واقعی این نهاد مهم بیندازیم.
بحث حمایت از کسب و کارهای نوپا و فناور یا آنچه که امروزه به اختصار اقتصاد دانش بنیان خوانده می‌شود، سابقه‌ای چندان طولانی در ادبیات مسئولین اجرایی کشور ما ندارد. علی رغم اینکه رهبر معظم انقلاب اسلامی از سالها پیش بر اهمیت این موضوع و ضرورت فاصله گرفتن از اقتصاد نفتی و حمایت از کسب و کارهای فناور تأکید داشتند، اما این موضوع هم مانند بسیاری از مسائل دیگر با فاصله بسیار تبدیل به دغدغه مسئولین دولت ها گردید و شاید اگر تأکیدات و پافشاری چندین باره معظم له در این مسئله نبود، اقتصاد دانش بنیان هم سرنوشت بهتری از تهاجم فرهنگی، جنبش نرم افزاری، مبارزه با فساد و ... پیدا نمی‌کرد. قضیه آنقدر مهم بود که مسئولیت مستقیم پیگیری این مطلب در سطح معاونت رئیس جمهور تعریف شد و عملا پروژه اقتصاد دانش بنیان از وزارت علوم به معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری انتقال پیدا کرد.
پس از انتخابات ریاست جمهوری 1392 برخی گمانه‌زنی‌ها حکایت از انحلال معاونت علمی در وزارت علوم داشت که باز با تأکید رهبر معظم انقلاب این انحراف ناکام ماند. در ادامه و زمانی که بحث ارتقاء جایگاه صندوق نوآوری و شکوفایی کشور داغ شده بود، حداقل انتظار این بود که مدیریت این مجموعه بر عهده چهره‌ای نام آشنا و کارکشته در حوزه اقتصاد دانش بنیان گذاشته شود اما با انتصاب چهره‌ای نسبتا گمنام در میان دانشگاهیان، این حداقل انتظار نیز برآورده نشد و فردی با حکم مستقیم ریاست محترم جمهور به ریاست صندوق رسید که مرتبط‌ترین پست او پیش از این، مدیریت طرح و برنامه‌ریزی شهرک علمی و تحقیقاتی اصفهان بود که ظاهرا به دلیل ناکارآمدی کنار گذارده شد.
طرفه آنکه در سال 93 با روایت‌های مختلف مبلغی کمتر از صد میلیارد تومان به شرکت‌های دانش بنیان به عنوان وام تخصیص داده شد، این موضوع در حالی است که به دلیل تقاضای پرحجم شرکت‌های دانش بنیان، صندوق به دلیل ناتوانی در برآورده ساختن مطالبات مجبور شد کارگزارانی جهت ارزیابی شرکت‌ها و تخصیص اعتبار به آنها برگزیند.
از طرف دیگر طبق مصوبه صندوق، وام قرض‌الحسنه (4٪) تا سقف سیصد میلیون تومان و تنها در شرایطی به شرکت‌ها تخصیص می‌یابد که نمونه اولیه تولید شده باشد. در این میان، مشخص نیست که علی‌رغم تقبل ریسک تبدیل ایده به نمونه اولیه موفق از سوی شرکت‌ها و کارآفرینان، نقش صندوق در تأمین هزینه‌های سنگین این مرحله مهم چیست. بد نیست مسئولان صندوق نوآوری و شکوفایی تعداد و مبلغ وام‌های قرض‌الحسنه بیش از صد میلیون تومانی در سال 93 را منتشر سازند تا میزان ریسک‌پذیری و دغدغه‌مندی صندوق معین گردد. اعطاء وام‌های کم مقدار برای نمونه‌سازی کارهای فناور و سنگین، بیشتر به سخره گرفتن جوانان و کارآفرینان مشغول در شرکت‌های دانش بنیان است که دست بر قضا بیشتر وام‌های قرض‌الحسنه پرداخت شده همین گونه است.وام‌های در قالب سرمایه در گردش (14٪) هم علی‌الظاهر سقف خاصی ندارد و در حال حاضر در حال رشد است و به طور آماری چیزی در حدود 25٪ مبلغ درخواستی به عنوان مصوبه در اختیار شرکت‌ها قرار می‌گیرد.
اقدام دیگر صندوق، فعال ساختن معاونت سرمایه‌گذاری است که در طول یک‌سال و نیم گذشته حتی یک مورد سرمایه‌گذاری و مشارکت را در کارنامه خود به ثبت نرسانده است و ادامه این بازی موش و گربه، بی‌اعتمادی مضاعف کارآفرینان و شرکت‌های دانش بنیان به صندوق نوآوری و معاونت علمی را به دنبال دارد. همه این مطالب در حالی است که عملا هیچ نظارت مستقل و بیرونی بر عملکرد این معاونت و سرمایه‌گذاری‌های احتمالی صندوق در طرح ها وجود ندارد و شائبه سوء استفاده از منابع ارزان صندوق برای نورچشمی‌ها و خودی‌ها، به شدت حیثیت و اعتبار صندوق نوآوری و معاونت علمی را تهدید می‌کند. لازم به ذکر است بر خلاف تمام ادعاها، به نظر می‌رسد ملاک و فیلترهای سرمایه‌گذاری کاملا غیرکارشناسی و به صورت فردی صورت می‌پذیرد. در چنین وضعیتی بسیار محتمل است که طرح‌های بد از فیلترها عبور کرده و طرح‌های خوب از گردونه بررسی‌ها حذف گردند. در عمل هیچ روال مشخصی برای پیگیری وضعیت طرح‌ها در معاونت سرمایه‌گذاری وجود ندارد که بتوان شاخص‌ها و ملاک‌های تأیید یا رد طرح‌ها را استخراج و تبیین نمود. این معاونت عملا به گعد‌ه‌ای تبدیل شده است که ترکیب کمیته سرمایه‌گذاری برای شرکت‌های دانش‌بنیان مشخص نیست.
آنچه که از بررسی عملکرد دو ساله صندوق بر‌می‌آید، اقداماتی منفعلانه، بی‌برنامه و واکنشی صندوق در روند شتابان رشد علم و فناوری در کشور است. این عملکرد چیزی نیست که مطلوب رهبر معظم انقلاب در تحقق اقتصاد دانش بنیان باشد. این رفتار نارضایتی شدید بسیاری از شرکت‌های دانش بنیان از صندوق را ایجاد کرده و هزینه عملکرد نامناسب صندوق هم در وهله اول به پای معاون علمی و فناوری رئیس‌جمهور نوشته شده است؛ در حالی که معاون علمی رئیس جمهور تنها یک رأی (هرچند رأی قوی و اثرگذار) در این صندوق دارد.
عملکرد صندوق را در بهترین حالت می‌توان ضعیف ارزیابی کرد. ضروری است نهادهای نظارتی مانند مجلس شورای اسلامی و قوه محترم قضاییه ضمن ورود به بحث عملکرد صندوق نوآوری و شکوفایی کشور، نسبت به شکایات واصله از سوی شرکت‌های دانش بنیان رسیدگی و در صورت مشاهده هرگونه تخلف احتمالی با قاطعیت با متخلفین برخورد نمایند.