شهيد پس از ورود به نجف اشرف، بدون کوچک‌ترين درنگي به فراگيري مقدمات پرداخت و روابط تنگاتنگي با علماي دلسوز و بيدار و مبارز از جمله صاحب کتاب جهاني و کم نظير الغدير، آيت‌الله علامه اميني(ره) برقرار کرد. وي پس از چهار سال اقامت در نجف به دستور آيت‏اللَّه سيد ابوالحسن اصفهاني جهت مبارزه با کجروي‏هاي کسروي به ايران آمد و با تشکيل «جمعيت فدائيان اسلام» به مبارزه با بدخواهان و بدانديشان پرداخت.
مقابله شهید نواب صفوی با کجروی‌های احمد کسروی
«احمد کسروي» از جمله افرادي بود که خط معارض و مهاجم عليه اسلام تشيع را دنبال مي‌کرد. او نه تنها در کتاب «شيعي گري» به روحانيت، مقدسات اسلامي، پيشوايان مذهب تشيع و امامان بحق و معصوم(ع) حمله مي‌کرد، بلکه در کتاب‌هاي صوفي‌گري، بهايي‌گري، مادي‌گري و حتي تاريخ مشروطيت، مقدسات ديني و روحانيت را مورد حمله قرار داد. نواب با کتاب‌هاي کسروي در نجف آشنا شد و موجي از احساسات مذهبي و ديني وجودش را فرا گرفت. کتاب‌ها را نزد علما برد و از آنها نظر خواست. همه حکم به مهدور الدم بودن نويسنده کتاب‌ها دادند. سيد در اواخر 1323 وارد تهران شد و بدون درنگ به خانه کسروي رفت و او را از گفتن و نوشتن سخنان توهين آميز به اسلام و ائمه شيعه(ع) و روحانيت برحذر داشت و وقتي مطمئن گرديد که وي اصلاح پذير نيست، آماده اجراي حکم الهي شد.
شهيد نواب در هشتم ارديبهشت 1324 در سر چهارراه حشمت الدوله به کسروي حمله کرد ولي توسط پليس دستگير و زنداني شد. بعد از آزادي از زندان، به فکر تشکيل سازمان «فدائيان اسلام» می‌افتد تا به وسيله آن با عناصر فاسد در جامعه به مبارزه برخيزد و با انتشار اعلاميه‌ای موجوديت فدائيان اسلام را اعلان می‌دارد. او در برپايی اين سازمان می‌گويد: «در خواب ديدم که جدم سيدالشهداء(ع) بازوبندی را به بازويم بست که روی او نوشته بود فدائيان اسلام.»
اعدام انقلابی وابستگان استعماري مانند احمد کسروي، عبدالحسين هژير، علي رزم‏آرا و حسين علاء از جمله فعاليت‏هاي سياسي اين جمعيت است. نواب صفوي به تدريج با جاذبه خود، جواناني چون شهيد سيد حسين امامي را جذب نمود و امامي در 20 اسفند 1324 بر کسروي يورش برد و او را زير ضربات اسلحه سرد و گرم قرار داد و چون فرشته قهر جانش را گرفت. فدائيان اسلام و مجريان حکم الهي دستگير شدند و خبر اعدام انقلابي کسروي در همه جا منتشر شد و مردم مسلمان را غرق در شادي و سرور نمود.
شهيد نواب صفوي همچنين با حکومت دکتر مصدق به خاطر عدم عمل به احکام اسلامي به مخالفت برخاست و به همين جهت در ايام نخست وزيري مصدّق، دستگير و به زندان افتاد و تا سقوط حکومت مصدق در زندان بود.
نامه شهيد نواب صفوي به دکتر مصدق
شهيد قبل از کودتاي 28 مرداد 1332 در نامه‌اي به دکتر مصدق او را از سقوط دولت با خبر و او را به اجراي احکام الهي برای نجات از این خطر دعوت کرد:
هو العزيز
آقاي دکتر محمد مصدق نخست وزير پس از سلام، شما و مملکت در سخت‌ترين سراشيب سقوط قرار گرفته‌ايد. چنانچه احساس کرده و معتقد شده باشيد که نجاتبخش شما مملکت، اجراي برنامه مقدس پيغمبر اکرم(ص) مي‌باشد و پس از تمام جريانات گذشته آماده اجراي احکام مقدس اسلام باشيد، قول مي‌دهم که شما و مملکت را به ياري خداي توانا و به برکت اجراي احکام و تعاليم عاليه اسلام از هر بدبختي و سقوط و فسادي حفظ نموده، به منتهاي عزت و سعادت معنوي و اقتصادي برسانم.» 8 شوال المکرم 1372ق.
شهادت
25 دی ماه 1334 بيدادگاه دژخيم به سيد مجتبی و سه يار فداکارش يعنی سيد محمد واحدي، مظفر ذوالقدر و خليل طهماسبی به جرم ترور حسنعلی منصور حکم اعدام می‌دهد. آنان در 27 دی همان ماه مطابق با سالگرد شهادت صديقه کبری حضرت فاطمه زهرا(س)  به خيل شهدا می‌پيوندند. وی به هنگام شهادت در لحظه‌های آخر حيات دنيوی با لحنی دلنواز آياتی از قرآن کريم را تلاوت نموده، بانگ اذان سر می‌دهد و نزديکی‌های طلوع فجر به آسمانيان می‌پيوندد. شهدا در مسگر آباد دفن می‌شوند و وقتی خبر می‌رسد که قرار است آنجا پارک شود شبانه آنها را به قم و در وادی السلام دفن می‌کنند.
رهبر معظم انقلاب درباره شهيد مي‌فرمايند: بايد گفت که اولين جرقه‌هاي انگيزش انقلابي اسلامي به وسيله نواب در من به وجود آمد و هيچ شکي ندارم که اولين آتش را در دل ما نواب روشن کرد.
منابع: پایگاه‌های الکترونیکی
مرکز اسناد انقلاب اسلامی و شخصیت نگار