سید محمد بطحایی، درباره علت کناره‌گیری‌اش از دولت روحانی می‌گوید: ضمن احترام فراوانی که برای آقای روحانی به عنوان رئیس‌جمهور که از من دعوت کرد و این افتخار را به من داد که به عنوان وزیر آموزش‌وپرورش خدمت کنم، قائل هستم، ما مسئله‌ای تحت عنوان رتبه‌بندی معلمان را داشتیم و این موضوع به نظر من پاشنه آشیل دولت دوازدهم و وزارت آموزش‌وپرورش بود.
وی با بیان اینکه تقریباً در تمام جلساتی که با همکارانم برگزار می‌کردم اولین سؤال‌شان بحث رتبه‌بندی معلمان بود، افزود: بنابراین من باید برای این سؤال پاسخی پیدا می‌کردم و مشکل را حل می‌کردم. تقریبا نزدیک ۶ ماه موضوع رتبه‌بندی معلمان در هیئت دولت مطرح و به کمیسیون ارجاع می‌شد. من به کمیسیون می‌رفتم و در آنجا توضیح می‌دادم اما نمی‌توانستند راه‌حلی برای مشکل پیدا کنند و دوباره می‌گفتند دولت باید تصمیم بگیرد و من حدود ۶ ماه به عنوان وزیر آموزش‌وپرورش میان صحن دولت و کمیسیون در حال رفت‌وآمد بودم.
بطحایی در گفت‌و‌گو با ایرنا ادامه داد: در نهایت به آقای روحانی گفتم به عنوان کسی که رشته‌ام مدیریت مالی است مدلی را برای اجرای رتبه‌بندی دارم که هم معلم‌ها را راضی کرده و هم ارتقای شایستگی ایجاد می‌کند ضمن اینکه نگرانی شما را که بار مالی خزانه است خیلی زیاد نمی‌کند زیرا مهم‌ترین اشکال‌شان این بود که می‌گفتند رتبه‌بندی بار مالی زیادی برای خزانه دارد. آقای روحانی از من سؤال کرد که چگونه؟ و من به وی گفتم به من ۲۰ دقیقه وقت بدهید تا خدمت‌تان برسم، من مدلم را توضیح می‌دهم و شما را قانع می‌کنم که با مدلی که من می‌گویم، می‌توانیم رتبه‌بندی را اجرا کنیم و بار مالی چندانی هم به خزانه اضافه نشود. آقای روحانی حتی به من نگاه کرد و گفت مگر چنین چیزی ممکن است! من مجدداً به او گفتم شما به من ۲۰ دقیقه وقت بدهید تا مدلم را توضیح بدهم. منتها از آنجایی که دو سه روز بیشتر برای ثبت‌نام مجلس وقت نداشتیم اصرار من این بود که می‌خواستم از این فرصت و بهانه استفاده کنم که بار سیاسی به دولت و حاکمیت وارد نشود.
بطحایی خاطرنشان کرد: اگر من استعفا می‌دادم مجبور بودم این حرف‌ها را آن موقع بیان کنم در حالی که نباید بیان می‌کردم زیرا موجی ایجاد می‌شد که به‌هیچ عنوان به صَلاح کشور نبود اما اکنون بعد از گذشت ۴-۵ سال گفتن این حرف اشکالی ندارد در هر حال آقای روحانی حرف مرا قبول کرد و گفت وقتی را تنظیم می‌کند تا ظرف یکی دو روز آینده مرا ببیند. ۲۰ دقیقه از جلسه هیئت دولت گذشته بود، من به یکی از دوستان مسئول این کار که از پشت‌سر من رد می‌شد گفتم رئیس‌جمهور گفته است که ظرف امروز و فردا، یک ربع، ۲۰ دقیقه به من وقت می‌دهد که من حضوراً خدمت وی برسم و موضوعی را توضیح بدهم. آن فرد گفت که، بله رئیس‌جمهور نکته شما را به من گفته منتها شما را به شخص دیگری احاله کرده و گفته که با آن شخص این مسئله را ببندید.
وزیر اسبق آموزش‌وپرورش گفت: حقیقتاً به عنوان یک معلم با این رفتار خیلی به من برخورد. من می‌خواستم مسئله بزرگ کشور و نه فقط مسئله آموزش‌وپرورش را حل کنم و به توانایی‌های خودم برای طراحی آن مدل اطمینان داشتم. وی عنوان کرد: من بعد از این اتفاق در همان جلسه هیئت دولت که در روز یکشنبه‌ای هم بود نشستم و استعفایم را نوشتم که شاید نباید این کار را انجام می‌دادم زیرا یک انسان سیاستمدار پخته نباید چنین کاری را انجام بدهد. اما با این رفتار واقعا به من برخورده بود زیرا گفته بودم به عنوان نماینده معلم‌ها، می‌خواهم مسئله‌ای را حل کنم.
بطحایی ادامه داد: استعفای من به سرعت به جریان افتاد و حتی یک مرتبه هم از دفتر آقای روحانی تماس نگرفتند که بگویند آیا شوخی می‌کنم یا جدی استعفا داده‌ام! در حالی که برای سایر وزرا گاهی این اتفاقات می‌افتاد و استعفا به این سادگی به جریان نمی‌افتاد و من این توفیق و افتخار را از دست دادم که خدمت به معلمان را ادامه بدهم. من این توضیحات را نمی‌توانستم در آن زمان بیان کنم و انصافاً هدفم هم این بود که نمی‌خواستم برای دولت مستقر و حاکمیت هزینه درست کنم.