علی یونسی در مصاحبه با فارس با اعلام این که قانون اختیارات هر نهاد و ارگانی را مشخص کرده است گفت: قوه مجریه، 90 درصد کشور است؛ مجلس که فقط مصوب می‌کند و کار دیگری انجام نمی‌دهد.
وی در پاسخ به سوالی در زمینه «دعوت کردن منتقدین به جهنم از سوی رئیس جمهور» گفت: من شخصاً خودم اعتقاد دارم رئیس‌جمهور نباید عصبانی شود. من قبلاً این نکته را دوبار علنی گفته‌ام.
کار دولت ایده‌پردازی نیست
یونسی در بخش دیگری از این مصاحبه با بیان این که کار دولت ایده‌پردازی نیست گفت: بالاخره دولت، دولت اجرایی است. دولت باید برنامه اجرایی خود را با الهام از آرمان‌‌ها و اهداف و رهنمودهای رهبری تدوین کند و از شعار‌زدگی و ایده‌پردازی پرهیز کند.
وی در رابطه با مذاکرات هسته‌ای نیز گفت: من هم خیلی به مذاکرات هسته‌ای خوش‌بین نیستم، ولی طرفین مایلند که به جایی برسد و  آمریکایی‌‌ها بیشتر از سایر کشور‌ها تمایل دارند. برخی کشور‌ها که به ظاهر دوستند، مثل روسیه و چین اصلاً مایل نیستند مذاکرات به نتیجه برسد.
یونسی ادامه داد: گفت‌وگو با آمریکا تابویی بود که شکسته شده است. امروز ایران با آمریکا مذاکره رودررو دارد اما تا رابطه دو جانبه فاصله زیادی وجود دارد.
وی افزود : رهبر معظم انقلاب به دولت اجازه مذاکره داده‌اند اما دولت نباید به فردی که با آن مذاکره می‌کند خوشبین باشد. ما با صدام هم که دشمن ما بود و با او جنگیدیم نشستیم و مذاکره می‌کردیم وقتی می‌خواستیم قرارداد امضا کنیم باید بدانیم که این قرارداد دو برادر نیست بلکه دو دشمن هستند.
تهاجم فرهنگی را قبول دارم
یونسی در بخش دیگری از سخنان خود با اشاره به مقوله تهاجم فرهنگی گفت: ممکن است با این ادبیات که من می‌گویم خیلی‌‌ها نپسندند اما بزرگترین فاجعه‌ای که در فضای فرهنگی ما رخ داده و آن را بسیار دردآور می‌دانم استحاله اخلاقی است. اخلاق معاشرتی، سیاسی و اجتماعی ما خیلی تنزل پیدا کرده است، و این یک فاجعه است.
وی ادامه داد: من کاملاً تهاجم فرهنگی، استحاله فرهنگی و شبیخون فرهنگی را قبول دارم، منتها راهکارهایی که برای مقابله با آن استفاده می‌شود بعضاً قبول ندارم و به نفع فرهنگ بیگانه می‌دانم.
یونسی درباره وظایف وزارت اطلاعات در این حوزه نیز گفت: وظیفه وزارت اطلاعات مشخصاً دخالت در امور فرهنگی نیست، مگر آنجایی که بخواهد از ناحیه فرهنگ، نفوذی صورت گیرد و آسیبی به امنیت ملی وارد شود.
انتصاب فرماندار زن نگاه ابزاری دولت به مقوله زنان
دستیار ویژه رئیس جمهور با بیان این که انتصاب زن به عنوان فرماندار در استان سیستان و بلوچستان نگاه ابزاری دولت به مقوله زنان بود در عین حال گفت: عدم حضور وزیر زن در کابینه انتقادی که به رئیس‌جمهور وارد است، معاون زن در کابینه وجود دارد و دو سه نفر هستند ولی رئیس‌جمهور وعده دادند و هنوزعمل نکرده‌اند، همان‌طور که در اقلیت‌‌ها نیز وعده دادند و هنوز عملی نشده است.
یونسی درباره استعلام‌ها از وزارت اطلاعات نیز گفت: استعلام از وزارت اطلاعات صحیح است، اما ممکن است پاسخ بدهند، ممکن است پاسخ ندهند، اما اینکه اجبار کنند که چه کاری انجام دهید غلط است.
18 تیر رخداد نامیمونی بود
وی در بخش دیگری از این مصاحبه گفت: 18 تیر رخداد نامیمونی بود که از دانشگاه‌‌ها آغاز و کم‌کم به خیابان‌‌ها کشیده شد و کسانی معرکه‌گیر شدند که خیلی ربطی به دانشگاه نداشتند و مدت‌‌ها طول کشید تا بالاخره بدون تلفات جانی غایله ختم شد.
دستیار ویژه رئیس جمهور درباره استعلام از وزارت اطلاعات نیز گفت: استعلام صحیح است، اما ممکن است پاسخ بدهند، ممکن است پاسخ ندهند، اما اینکه اجبار کنند که چه کاری انجام دهید غلط است.
وی همچنین درباره حفاظت از دانشمندان هسته‌ای گفت: اما در مورد دانشمندان هسته‌ای باید بگویم بزرگترین خطا و اشتباه حفاظتی که صورت گرفت این بود که در دولت احمدی‌نژاد این دانشمندان را به مردم معرفی کردند، در حالی که تا آن موقع کسی این افراد را نمی‌شناخت.