آیت الله جنتی در برنامه تلویزیونی «شناسنامه» در پاسخ به سوالی در زمینه درخواست برخی افراد برای آزادی سران فتنه گفت:  این‌گونه افراد نه درک سیاسی دارند و نه درک انقلابی دارند و نه مطیع امام و رهبری هستند،  این‌گونه افراد این مسئله را که عوام الناس کوچه بازار ما دریافتند درک نکردند و آن این که حرکت آنها با حمایت و پشتیبانی جدی آمریکا و اسرائیل بوده است.
وی ادامه داد: اسرائیلی‌ها یکی از حرف‌هایی که گفتند این بود که این افراد از سرمایه‌های بزرگ ما هستند،  این عین مطالبی است که اسرائیلی‌ها گفتند و اسناد این مسائل موجود است؛ بعد هم حرکتی که شد به عنوان تقلب مطرح کردند که دروغ محض هم بود باید برای همین ادعا مجازات می‌شدند یعنی اگر باقی مسائل را در نظر نگیریم اما این دو نفر باید برای ادعای تقلب در انتخابات که دروغ محض بود مجازات می‌شدند.آیت‌الله جنتی افزود: دادگاه باید اینها را احضار کند و بگوید دلیل تقلبی که می‌گویید چیست دلیل ادعای تقلب در انتخابات را از این دو نفر جویا می‌شد ؛ شما دارید نظام، شورای نگهبان، وزارت کشور و هیئت اجرایی را متهم می‌کنید ادعای تقلبتان چه بوده است.
دبیر شورای نگهبان گفت: دو چیز مشخص شد؛ یکی این که فتنه‌گران از بیرون کشور حمایت می‌شدند و دلایل فراوانی مبنی بر این امر وجود دارد ؛ دیگر این که در خیابان‌ها خود را نشان دادند؛ در خیابان‌ها مسجد به آتش کشیدند، عکس امام  را پاره کردند، اینها گفتند نه غزه نه لبنان جانم فدای ایران، در خصوص ولایت‌فقیه اعلام نظر منفی کردند، و ضد ولایت فقیه بودنشان را اعلام کردند. آدم کشتند آتش‌سوزی کردند و یک نقطه سفید ندارند و همه کارنامه‌شان سیاه است.
در هر جای دیگری بود سران فتنه را اعدام می‌کردند
آیت الله جنتی در بخش دیگری از سخنان خود گفت: مسئله براندازی نظام بود به اسم تقلب، بعضی اینها که نام نمی‌خواهم ببرم و افرادی بودند که زندان بودند و بعد آزاد شدند و الان هم آزاد هستند و در تشکیلات ریاست جمهوری قبلی هم بودند خودشان گفتند این تقلب رمز حرکت ضد انقلابی ما بود.
وی ادامه داد: بر سر این عوامل منت گذاشته شده است؛ اگر بنا به محاکمه اینها بود هیچ قاضی عادل و آگاهی جز حکم اعدام برای آنها صادر نمی‌کرد، در هیچ کشوری با افرادی که در مقابل نظام می‌ایستند( نه در مقابل رئیس جمهور یا وزیر یا قاضی بلکه در مقابل نظام ایستادند) این‌گونه رفتار نمی‌شود ؛ بنابراین منت سرشان گذاشتند و به هر دلیل که هر اسمی رویش بگذارند از جمله به دلیل لطف و مهربانی اسلامی تخفیف قائل شدند. والا هر جای دیگر اینها را درجا اعدام می‌کردند.
چرا باید اینها آزاد باشند؟
دبیر شورای نگهبان در بخش دیگری از سخنان خود گفت: زمانی که ما در دادگاه انقلاب فعالیت می‌کردیم، بعضی را شک می‌کردیم که باید اعدام کنیم یا نه امام (ره) می‌فرمودند در خصوص کسی که جرم او مسلم است نباید معطلش کرد؛ زمانی که موسولینی را به دادگاه آوردند قاضی پرسید اسمت چیست جواب که داد دستور اعدام او را صادر کردند چرا که جرم وی مسلم بود ؛ تنها نیاز به شناسایی بود که فرد را اشتباهی نیاورده باشند. نظر امام این‌گونه بود.
آیت الله جنتی گفت: این‌گونه باید همان موقع اعدام می‌شدند اما نشدند. من تعجب می‌کنم از اینها که این حرف‌ها را می‌زنند. چرا اینها سوال نمی‌کنند [چرا] دو نفر دیگر از سران فتنه باید آزاد باشند؟ یکی از آنها که همین طور دارد راه می‌رود  و زیرآبی می‌رود و راه دو نفر دیگر را ادامه می‌دهد. باید اعتراض شود که چرا این افراد دستگیر نشدند نه این که چرا آن دو نفر در حصر هستند. این اعتراض به جا است و حق هم هست و جوابی ندارد.
دبیر شورای نگبهان اظهار داشت: یکی دیگر از سران فتنه هم به من گفتند 20 هزار صفحه پرونده دارد و جرم او هم واضح واضح است و مدتی فراری بود و بعد هم برگشت. چرا این تا حالا مانده است. اعتراض به این مسائل بجا و درست است؛ خدا می‌داند رسیدگی به این پرونده تا چه زمانی قرار است ادامه یابد.
استفاده از تجربیات 88 در انتخابات 92
آیت الله جنتی همچنین درباره انتخابات 92 نیز گفت: ما از این تجربه سال 88 که بسیار سخت و بد بود استفاده کردیم.آن تجربه برای ما تابلو بود که باید حواسمان را جمع کنیم و خیلی دقت کردیم این اتفاقات تکرار نشود.
وی درباره انتخابات مجلس خبرگان نیز گفت: الان راجع به خبرگان افرادی با ابزار سوء سیاسی قصد قبضه کردن خبرگان را دارند؛ من از این افراد حسن نیتی سراغ ندارم؛ البته تعداد این افراد زیاد نیست ولیکن بیکار ننشستند؛ این امر به شورای نگهبان مربوط نمی‌شود و بیشتر از فضای سیاسی و اجتماعی است.
آیت الله جنتی درباره تائید صلاحیت برخی افراد فاقد صلاحیت در مجلس ششم نیز گفت: برخی مواقع خودمان اشتباهاتی کردیم و بعد از پی بردن به اشتباه اعلام کردیم. در مجلس ششم افرادی را که صلاحیت نداشتند تائید کردیم.
وی ادامه داد: از ما ایراد می‌گرفتند که سخت‌گیری می‌کنید و باید شرح صدر داشته باشید و اجازه دهید افراد دیگر وارد عرصه شوند. تکرار این ایرادات سبب شد باور کنیم باید قدری توسعه دهیم. خیلی از افراد طرفدار همین‌‌ها که تأیید شدند و کسانی که در جریان دیگری فکر می‌کردند و فکر آنها همانند ما نبود و معتقد بودند باید در خصوص مسائل انقلابی با شرح صدر برخورد شود و در نهایت انقلابی فکر نشود. مثلا در بررسی صلاحیت‌‌ها می‌گفتند چرا عده‌ای را رد می‌کنید چرا دوستان آنها را رد کرده‌اید. ما گفتیم تجربه کنیم بسیاری را تائید کردیم و بعد‌ها به اشتباه خود پی بردیم و بار‌ها از اشتباه خود استغفار کردم و این مسئله را در تریبون‌‌ها اعلام کردیم.
ماجرای تذکر آیت‌الله جنتی به برخی شخصیت‌ها
آیت الله جنتی در بخش دیگری از سخنان خود به تذکرات خصوصی خود به برخی شخصیت‌ها اشاره کرد و گفت: گاهی به کسانی که احتمال اثر در خصوص آنها وجود دارد، خصوصی تذکر می‌دهم. به طور مثال وزیر علوم، آقای فرجی‌دانا را احضار کردم و به ایشان گفتم این افرادی را که شما به ریاست دانشگاه می‌گذارید برخی منحرف و اهل فتنه هستند و سابقه فتنه دارند و گفتم چرا این افراد را می‌گذارید حتی نام دو مورد هم بردم که سندهایشان هم موجود است که در فتنه نقش داشتند.
وی افزود: اما اگر بدانم تذکرات خصوصی اثر‌گذار نیست خصوصی نمی‌گویم اما خیلی وقت‌‌ها با مسائل مربوط به مصلحت کشور سروکار داریم که تذکر می‌دهیم و یا در رابطه با دستگاه قضایی کشور  بیشتر زیرا بسیاری از مردم از سیستم دستگاه قضایی شکایت دارند که مثلا پرونده‌ای دارند ولی رسیدگی نشده است من بسیاری از شکایات و نامه‌های مردم را به آیت‌الله لاریجانی  برای آقای اژه‌ای و مسئولین مربوطه و دوستان در دستگاه قضایی می‌رسانم.
آیت الله جنتی درباره تذکر به فرزند خود [وزیرارشاد] نیز گفت: چندین بار به طور خصوصی در خانه به وی تذکر دادم؛ به صورت کلی بگویم وزارت ارشاد باید ریشه‌ای اصلاح شود؛ فضای وزارت ارشاد باید تغییر کند. در برخی دیگر از وزارت خانه‌ها نیز این چنین است؛ با اصلاح موردی مشکل حل نخواهد شد. من لازم دیدم به عنوان امام جمعه تذکری بدهم. برای تاثیر بیشتر تصمیم گرفتم خصوصی مطرح شود. نظر من این بود که تذکرات خصوصی بیشتر اثر می‌گذارد.
وی گفت: اختلاف سلیقه بین ما وجود دارد همان طور که او نیز در مصاحبه‌ای این مسئله را عنوان کرد ؛ اختلاف سلیقه ما کم نیست ؛ مثلا از نظر اسلامی من تشخیصی دارم ایشان آن را قبول ندارد. گاهی اوقات نیز در خصوص مسائل مباحثه می‌کنیم و قانع هم نمی‌شود.