مرتضی فرخی در گفت‌وگو با ایسنا، درباره قطع همکاری با اعضای هیئت ‌علمی و اساتید از سوی برخی از دانشگاه‌ها اظهار داشت: آماری در ارتباط با اخراج اساتید دانشگاه‌ها پس از اغتشاشات اخیر وجود ندارد. اگر مواردی از اخراج اساتید مطرح می‌شود، دلیل آن ناتوانی علمی و عدم دریافت‌ پایه‌ها در زمان مقرر است. بر مبنای آیین‌نامه استخدامی اعضای هیئت ‌علمی، اگر استادی با رکود مواجه شود دانشگاه موظف است که فرصت مقتضی به وی بدهد و سپس در صورت تداوم رکود علمی استاد با وی قطع همکاری کند.

فرخی در پاسخ به این پرسش که «آیا هیچ‌یک از اساتید دانشگاه‌ها به‌دلیل مسائل سیاسی اخراج نشده‌اند؟» گفت: تاکنون رای قطعی مبنی بر اخراج اساتید به‌دلیل اغتشاشات اخیر گزارش نشده است و اگر موردی درخصوص قطع همکاری با اساتید وجود دارد مربوط به مسائل علمی می‌شود. من باز هم تاکید می‌کنم، هیچ استادی به‌دلیل مسائل سیاسی اخراج نشده است. اگر موردی وجود دارد، به‌طور حتم مربوط به بندهای آیین‌نامه استخدامی اعضای هیئت‌ علمی و مشکلاتی از این دست می‌شود.

وی افزود: عذر برخی از اساتید حق‌التدریس که ظرفیتی برای آنها در دانشگاه وجود نداشته، خواسته شده است. به دلیل اینکه واحد موظفی برای اعضای هیئت ‌علمی یک دانشگاه  وجود داشته باشد، اساتید حق‌التدریس اخراج شده‌اند. برخی از رسانه‌ها بازتاب غیردقیقی از این موضوع داشته‌اند اما اطلاعاتی که در دسترس معاونت حقوقی وزارت علوم است از قطع همکاری به‌دلیل مسائل علمی حکایت می‌کند.