محمدجواد مظفر در مصاحبه با روزنامه اعتماد گفته است: شعار دولت روحانی، اعتدال است طبیعی است دولتی که شعار اعتدال را مطرح می‌کند باید در عمل و روش به گونه‌ای رفتار کند که این شعار تحقق یابد همه کارهای عالم خوب و بدش درهم تنیده شده است، هرچند شعار اعتدال، شعار مثبت و جذابی است. ولی اشکالش هم با خودش همراه است دولت با چنین شعاری تا حد زیادی دست و بال خود را می‌بندد و مجبور می‌شود دست به انتخاب‌هایی بزند که برخی آنها به هیچ‌وجه قرار نیست محقق کننده خواست‌ها و اهداف دولت باشند.
وی با تخطئه وزارت کشور درباره این سؤال که کدام انتخاب و انتصاب دست و بال دولت را بسته است، گفت: روشن است مهم‌ترین جایی که نیروهای استان‌ها را سامان می‌دهد در بسیاری از جاها هم‌جنس و هم‌تراز با دولت تدبیر و امید نیست و نتیجه آن این شده که انتصاب‌ها کمتر سنخیتی با اهداف دولت دارند، یا برخی از انتخاب‌های رده اول در برخی وزارتخانه‌ها یا تحمیل برخی معاونان به برخی وزارتخانه‌ها صرفا نشان دهنده نوعی تسلیم شدن در برابر شعار «اعتدال» بوده است، اینها به تدریج رئيس دولت را تنها می‌کند.
وی همچنین انتخابات سال 92 را به خاطر رد صلاحیت هاشمی و عدم امکان حضور هاشمی «نسبتا آزاد» و نه «آزاد» توصیف کرد.
نامبرده دو روز پس از فتنه‌انگیزی افراطیون در عاشورای 88 دستگیر شد. او از گردانندگان گروهک انجمن دفاع از آزادی مطبوعات با محوریت کسانی چون سحرخیز، شمس‌الواعظین، فائزه هاشمی و... است.
ترغیب دولت به افراطی‌گری از سوی تندروها در حالی است که این طیف پیش از این اصلاح‌طلبان و کسانی چون موسوی و کروبی را به ورشکستگی کشاندند تا آنجا که خاتمی در جمع‌های خصوصی همین طیف را اسباب از رده خارج شدن اصلاح‌طلبان و بایکوت شدن از سوی حاکمیت عنوان کرد.