حسین مرعشی در مصاحبه با روزنامه ایران اظهار داشت: ایراد اصلی کار در این است که شخصی که سیاست‌ها را تدوین می‌کند، اجراکننده آنها نیست. سیاست‌ها توسط آقای نیلی تدوین می‌شود و اجرای‌ آنها را آقای نوبخت، آقای طیب‌نیا یا آقای سیف پیگیری می‌کنند. این افراد با یکدیگر هماهنگ هستند. ولی اگر قرار است آقای نیلی سیاست‌ها را تدوین کند، معاونت برنامه‌ریزی باید پاسخگوی صدها پیمانکاری که ماه‌ها است از دولت طلبکار هستند، باشد.
وی افزود: اگر بر عهده من بود، بدون شک شخص تدوین‌کننده سیاست‌ها را مسئول اجرای آنها قرار می‌دادم تا در عمل پاسخگوی بازار و سایر مجریان اقتصادی باشد.
وی همچنین گفته است: بدون شک جبهه حامی آقای روحانی که شامل جناح‌های اصلاح‌طلب و میانه‌رو می‌شدند، با تجربه طولانی و تعهدی که دارند، این توصیه را به آقای روحانی نخواهند کرد که وزارت کشاورزی و راه و فلان مرکز پژوهشی را به نیروهای سیاسی که به شما رای دادند محول کنید؛ چرا که در این بخش‌ها باید نیروهای فنی حضور داشته باشند. ولی با وجود گذشت یک سال از عمر دولت و برخلاف وعده آقای روحانی مبنی بر این که «افرادی را که بدون بلیط سوار شده باشند پیاده خواهیم کرد»، شاهد هستیم که بسیاری از این افراد هنوز پیاده نشده‌‌اند و این نقصی بزرگ است.
مرعشی این را هم گفته که «به عنوان کسی که به این رئیس‌جمهوری رای داده‌ام، می‌گویم اگر شما قادر نبودید قوا را با یکدیگر هماهنگ کنید، اشتباه کردید که این مسئولیت را پذیرفتید اگر هم نمی‌توانید این مسئله را با ملت مطرح کنید، من حتی در زمان آقای خاتمی نیز که عده‌ای بهانه می‌آوردند «نمی‌گذارند دولت کار کند» می‌گفتم که نتوانستن و نگذاشتن دو روی سکه ناکارآمدی است.
انتقاد مرعشی از نحوه تصمیم‌سازی اقتصادی دولت در حالی است که برخی از اعضا یا افراد نزدیک به کارگزاران سکاندار اصلی تصمیم‌سازی اقتصاد دولت هستند که جهانگیری، نعمت‌زاده، نیلی، ترکان، و نوبخت از آن جمله‌‌اند. سیاست‌های تعدیل اقتصادی کارگزاران در دولت سازندگی -سال 74- باعث تورم 49 درصدی به عنوان رکود تورم در کشور شد.