حسین مرعشی در مصاحبه با «اندیشه پویا» به ماجرای حمایت رئیس دولت سازندگی (هاشمی) از خاتمی در سال 76 با وجود منع قانونی اشاره کرد و می‌گوید: آقای خاتمی هنگام اعلام کاندیداتوری در انتخابات ریاست‌جمهوری، به دیدار آقای هاشمی رفت و در یک جلسه دو ساعته برنامه‌های خود را با ایشان در میان گذاشت. ما در کارگزاران منتظر نتیجه این جلسه بودیم و بعد از آن با آقای هاشمی دیدار کردیم. آقای هاشمی در این دیدار گفت که آقای خاتمی برنامه خیلی خوبی برای اداره کشور دارد و می‌خواهد توسعه اقتصادی را که در دولت من آغاز شده ادامه دهد و در کنار آن توسعه فرهنگی و سیاسی را نیز آغاز کند. آقای هاشمی گفت که این برنامه مناسبی برای کشور است و شما می‌توانید به آقای خاتمی کمک کنید. با این نظر، کارگزاران از آقای خاتمی حمایت کرد.
وی سپس به انتخابات مجلس ششم در سال 78 و شرکت‌ هاشمی در این انتخابات می‌پردازد و می‌گوید: به شخصه با حضور آقای هاشمی در انتخابات مجلس ششم مخالف بودم و در دیداری با ایشان این موضوع را مطرح کردم. گفتم که شاید دوستان به شما نگویند اما من برای ورود شما به عرصه انتخابات با توجه به وضعیت کشور و موضعی که دوستان اصلاح‌طلب به شما دارند، توجیهی نمی‌بینم.
وی با اشاره به همکاری کارگزاران و گروهک‌های ملی-مذهبی می‌گوید: یک‌بار به پیشنهاد آقای کرباسچی به یک جلسه انتخاباتی در حسینیه ارشاد به میزبانی دوستان ملی-مذهبی رفتم. سالن حسینیه ارشاد پر از جمعیت بود. مرحوم سحابی، اکبر گنجی و عباس عبدی که همگی منتقد آقای هاشمی بودند در جلسه حضور داشتند. پس از صحبت‌های مقدماتی یکی از حاضران از من سوال کرد که چرا کارگزاران از آقای هاشمی حمایت کرده است؟ در جواب گفتم، به اعتقاد من آقای هاشمی اصلاح‌طلب‌ترین روحانی حال حاضر کشور است. به محض ادای این جمله جمعیت شروع به هو کشیدن کرد و صحبت من قطع شد. ادامه دادم که جمله ابتدایی من تعریضی به آقای خاتمی نبود. زیرا آقای خاتمی با توجه به کردار و منشی که دارد، آخوند تلقی نمی‌شود(!)  ایشان یک فرد روشنفکر و سیاسی اگرچه  ملبس به لباس روحانیت است. اما آقای هاشمی از سوی روحانیت قم، علمای بلاد و مدرسین حوزه، آخوند تلقی می‌شود. در میان این تیپ از روحانیت، آقای هاشمی از همه اصلاح‌طلب‌تر است.
مرعشی می‌گوید: در حوزه مسائل فرهنگی و اجتماعی هم اشاره کردم که اگر آقای هاشمی از اصلاح‌طلبان جلوتر نباشد عقب‌تر هم نیست؛ این را هم اضافه کردم که در حوزه مسائل سیاست داخلی اما آقای هاشمی  به اندازه اصلاح‌طلبان دموکرات نیست. ایشان معتقد به برقراری یک نوع دموکراسی هدایت شده است. این جا سوئیس نیست و نمی‌توان آن دموکراسی کامل را پیاده کرد.
عضو مرکزیت کارگزاران با اشاره به موضع تند اصلاح‌طلبان علیه هاشمی در آن سال گفت: تخریب‌ها  علیه آقای هاشمی ادامه پیدا کرد. خاطرم هست که در همین روزها به روزنامه عصر آزادگان رفتم و با آقای جلایی‌پور و شمس‌الواعظین دیدار کردم و گفتم چرا شما خرتان را به خرمن آقای هاشمی بسته‌اید؟
مرعشی گفت: انتخابات برگزار شد و آقای هاشمی در انتهای لیست رأی‌آوردگان تهران قرار گرفت. با آقای هاشمی دیدار کردم و نظرم را گفتم که با توجه به این وضعیت، حضور ایشان در مجلس به صلاح نیست؛ چرا که رفقای اصلاح‌طلب به ریاست آقای هاشمی بر مجلس رأی نمی‌دادند. گفتم که بهتر است استعفا دهید. آقای هاشمی با من هم‌نظر بود.
مرعشی درباره انتخابات ریاست‌جمهوری سال 84 و نامزدی هاشمی نیز گفت: بارها به آقای هاشمی گفتیم که اگر کاندیداهای دیگر وارد صحنه شوند بعید است به نفع شما کنار بروند. اما متأسفانه آقای هاشمی این تحلیل را نداشت و تصور می‌کرد برخی گزینه‌ها مانند آقای قالیباف یا آقای لاریجانی در صورت ورود ایشان به  احترام  از صحنه کنار خواهند رفت. آقای ناطق نوری به شدت طرفدار ورود آقای هاشمی به عرصه بود اما آقای لاریجانی که به آقای ناطق نزدیک بود کنار نرفت. آقای خاتمی موافق حضور آقای هاشمی بود اما آقای معین که به آقای خاتمی نزدیک بود از انتخابات کنار نکشید.
وی در پایان گفت: شب سوم تیر 84 فضای عجیبی در منزل آقای هاشمی برقرار بود. آقامهدی، فاطی‌خانم و همسر آقای هاشمی ایشان را دوره کرده و اصرار می‌کردند که همان شب از ادامه کار انصراف بدهد... در روز انتخابات و در ساعات اولیه باز هم نتیجه به نفع آقای هاشمی بود اما شباهنگام ورق برگشت. در ستاد انتخاباتی آقای هاشمی بودم که ساعت ده و نیم شب آقای هاشمی تماس گرفتند و گفتند که از دفتر رهبری به دو کاندیدا تذکر داده شده که هواداران‌شان اقدام به تجمع و برگزاری جشن نکنند. آقای هاشمی گفتند که شما هم بچه‌ها را کنترل کنید که جشنی برپا نکنند. گفتم حاج‌آقا براساس نتایجی که ما داریم جشن را ستاد رقیب باید برگزار کند. آنها انتخابات را برده‌اند و کار تمام است. آقای هاشمی بی‌تفاوت گفتند «خیلی‌خوب، من می‌خوابم. شب مرا بیدار نکنید.»