متن پیام رهبر انقلاب به این شرح است:
بسم الله الرّحمن الرّحیم
درگذشت روحانی مبارز و غیور مرحوم حجت  ‌الاسلام آقای حاج شیخ محسن دعاگو رحمت‌الله علیه را به خاندان محترم ایشان، همسر و فرزندان و دیگر بازماندگان و علاقه‌مندان تسلیت می‌گویم. تلاشهای ارجمند در دوران مبارزات نهضت اسلامی در مشهد و خدمات گسترده در مسئولیت‌های گوناگون پس از انقلاب، بخشی از زندگی‌نامه‌ این روحانی پر تحرک است که به فضل الهی، مشمول رحمت و قبول حضرت حق خواهد بود ان‌شاء الله.
سیّد علی خامنه‌ای
 ۳۰ شهریور ۱۳۹۳
گفتنی است؛ در پی درگذشت حجت‌الاسلام دعاگو، سران سه قوه، رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام و برخی مقامات کشور پیام‌های تسلیت جداگانه‌ای صادر کردند.