ویژه‌برنامه ماجرای بهشتی در ۵ قسمت ۵۰ دقیقه‌ای برای پخش از شبکه سوم سیما تهیه شده است. هر قسمت شامل سرمقاله، گفت‌وگو با مهمان و صحبت‌های منتخبی از شهید بهشتی است که به تناسب هر قسمت از میان ساعت‌ها آرشیو گفت‌وگوهای منتشر نشده ایشان انتخاب شده است. شهید بهشتی و مسئله‌سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی، شهید بهشتی و مسئله ولایت‌فقیه، شهید بهشتی و مسئله بنی‌صدر، شهید بهشتی و مسئله تشکیلات و شهید بهشتی و مسئله اقتصاد اسلامی موضوعاتی است که در ماجرای بهشتی با حضور مهمان‌هایی مورد بررسی قرار خواهد گرفت. محمدمهدی اسلامی، پژوهشگر تاریخ و روزنامه‌نگار و مؤلف کتاب‌‌اندیشه ماندگار و نیز کتاب پرونده مسکوت، جواد منصوری، نخستین فرمانده سپاه پاسداران با حکم شهید بهشتی و از اعضای شورای مرکزی حزب جمهوری اسلامی از جمله افرادی هستند که در این ویژه برنامه با آنها گفت‌وگو شده است.
عطاءالله بیگدلی محقق و پژوهشگر علوم‌انسانی و استاد دانشگاه در رشته حقوق اجرای این برنامه را بر عهده‌دارد. او پیش از این به‌عنوان مجری در برنامه‌های دیگری چون «مصیر» حضور داشته است. «ماجرای بهشتی» به تهیه‌کنندگی مرتضی روحانی و سردبیری محبوبه رحمتی محصول مشترک مؤسسه فرهنگی هنری سرچشمه نور انقلاب اسلامی و شبکه سوم سیما است.