در حالیکه مدیرکل حوزه وزارتی وزارت علوم از اتمام تغییرات در سطح روسای دانشگاه‌‌ها خبر داده بود، سریال تغییرات روسای دانشگاه‌‌ها به سرپرستی نجفی همچنان ادامه دارد.
وی در مدت کوتاه مسئولیتش، 6 عزل و نصب را در ریاست دانشگاه‌های کشور رقم زده است. اولین تغییر وی در روز 9 شهریورماه و با معرفی محمد میرزایی بادیزی به سمت سرپرستی دانشگاه تحصیلات تکمیلی و فناوری پیشرفته کرمان و  دومین انتصاب وی علی تیزرو به ریاست مرکز آموزش عالی لامرد بود. محمدعلی دهقان به عنوان سرپرست دانشگاه ولی عصر (عج) رفسنجان سومین انتصاب نجفی در بخش ریاست دانشگاه‌‌ها بود. در عین حال تغییر و تحول در رأس دانشگاه صنعتی شریف و جایگزینی فتوحی به‌جای روستا آزاد به‌عنوان چهارمین انتصاب سرپرست وزارت علوم محسوب می‌شود.
نجفی دیروز نیز همزمان دو تغییر را در مسند ریاست دانشگاه‌‌ها ایجاد کرد و با صدور احکام جدا‌گانه‌ای برای خلیل جمشیدی به سمت سرپرستی دانشگاه زنجان و  محمود نیلی  به سمت سرپرستی دانشگاه صنعتی همدان، پنجمین و ششمین تغییرات خود را در این حوزه ایجاد کرد.
با وجود اینکه فرجی دانا در دفاعیات خود در روز استیضاح  تعداد تغییرات در سطح ریاست دانشگاه‌‌ها را در دوران مسئولیت خود  36 عدد اعلام کرد انتظار می‌رود علی‌رغم ادعای مدیرکل دفتر وزارتی وزارت علوم، انتصابات در دانشگاه‌‌ها ادامه داشته باشد و باید انتظار انتصابات جدید و تغییرات دیگری در سطح ریاست دانشگاه‌های کشور را  از سوی نجفی داشته باشیم.