وی که در جمع اعضای شورای مرکزی انجمن اسلامی دانشگاه تهران سخن می‌گفت، پیرامون موضوع استیضاح وزیر علوم گفت: بنده اعتراف می‌کنم از جمله جاهایی که توفیق خوب داشته که تامین بکند وعده‌هایی که جناب آقای روحانی داده‌اند و ملت به آن رای داده است رویکردی که این دولت داشته در آموزش عالی و محیط‌های دانشگاهی است. این قابل تشویق است و نه تحت فشار قرار گرفتن.
خاتمی با سیاسی خواندن استیضاح تاکید کرد: این روزها یکی از مسائل مطرح سیاسی اتفاقا همین مسئله است مسئله استیضاح وزیر علوم و تحقیقات و فن‌آوری جناب آقای دکتر فرجی‌دانا.
آقای فرجی‌دانا کیست؟ یک دانشمند، یک فرزند ایران که در سطح بالایی دانش را کسب کرده و آمده به ایران برای خدمت. آقای فرجی‌دانا هم می‌توانست مثل خیلی از کسان دیگر در خارج بماند و امکانات فراوانی داشته باشد هم رشته‌اش، هم تحصیلاتش، هم جایگاه علمی‌اش. آمده به ایران چون دل بسته به اینجاست و نه تنها به عنوان یک استاد عالم، به عنوان یک مدیر هم موفق بوده است و اتفاقا توفیق افرادی نظیر فرجی‌دانا این است که همان محیط را می‌خواهند فراهم کنند که میرزاخانی‌ها از آن بیرون بیایند یا میرزاخانی‌ها بتوانند به اینجا بیایند و در خدمت توسعه علم و دانش و کشور قرار بگیرند.
رئیس دولت اصلاحات با حمایت از بدعت وزارت علوم در رای‌گیری از اعضای هیئت علمی به منظور انتخاب رئیس دانشگاه، ادامه می‌دهد:
دانشگاه برتر از این است که کسی از بیرون برایش تصمیم بگیرد. اینکه ما برویم از خود دانشگاهی نظرخواهی کنیم که چه کار می‌خواهی بکنی این یک کار بزرگی است و حرکت به سوی استقلال دانشگاه است و دغدغه فضای علمی دانشگاه را داشتن یعنی اینکه تعیین‌کننده مسائل و جلوگیری‌ها و اجازه‌دادن‌ها، ملاحظات سیاسی خاص نباشد بلکه همواره دغدغه این باشد که دانشگاه به لحاظ علمی رشد کند و فضای رشد علم باشد. نکته حمایت این عنصر دخیل در فتنه 88 از بدعت نامیمون نظرخواهی صوری از دانشگاهیان در حالی ابراز می‌گردد که این اقدام نوظهور با انتقاد صریح شورای عالی انقلاب فرهنگی و حتی شخص رئیس‌جمهور همراه بوده است.
خاتمی در پایان با وارد آوردن اتهام به نمایندگان استیضاح‌کننده و استناد به طومارهای صوری حمایت دانشگاهیان از وزیر علوم، اظهار می‌دارد: امروز ببینید چه کسانی تایید می‌کنند سیاست‌های موجود در وزارت علوم و فعالیت‌هایش را و چه کسانی تقبیح می‌کنند. عمده دانشگاهیان، نمی‌خواهم بگویم فقط دانشگاهیان با گرایش‌های خاص سیاسی اصلاح‌طلبی یا غیر اصلاح‌طلبی یا کس دیگر، نخبگان دانشگاهی استادانی که اصلا هیچگونه وابستگی هم به جریانات ندارند و مجموعه دانشجویان راضی‌اند. منظورم از مجموعه اکثریت قریب به اتفاق است. ممکن است دانشجویان یا استادانی باشند که وابسته به جریانات خاصی باشند حال آقای فرجی‌دانا را نمی‌پسندند آنها راضی نباشند ولی آنها در اقلیت محض‌اند. شما به محض اینکه اعلام می‌کنید چه کسانی حمایت می‌کنند در ظرف چند ساعت چند هزار نفر از استاد و دانشجو تاییدیه خود را اعلام می‌کنند اگر ما واقعا رضایت مردم و رضایت بخش‌هایمان مورد توجه است این رضایت مردم است و ما باید مطابق رضایت مردم و بالاتر از آن مصالح کشور و مصالح علم تصمیم بگیریم. امیدوارم تصمیم درستی گرفته شود.
لازم به ذکر است رضا فرجی‌دانا پیش از این به عنوان گزینه پیشنهادی محمد خاتمی برای تصدی وزیر علوم در دولت هشتم مطرح شده بود و طبیعی است که در بحبوحه استیضاحش مورد تفقد رئیس بنیاد باران قرار گیرد.