علاءالدین بروجردی در گفت‌وگو با ایسنا  در مورد فتنه 88  گفت :ما در جمهوری اسلامی تفکیک قوا داریم و قوه  قضائیه در تصمیم‌گیری‌های خود مستقل است اما به هر حال هر بازی یک قاعده‌ای دارد. اصل بر این است که ملت و نظام جمهوری اسلامی در فتنه ضربه حیثیتی و ملی متحمل شد و این اتفاق در شرایطی که موفقیت عظیمی حاصل شده بود کام ملت را تلخ کرد. در چنین شرایطی حداقل کسانی که عامل این اتفاق بوده‌اند باید بپذیرند که اشتباه کرده‌اند و از پیشگاه ملت عذرخواهی کنند.
 بروجردی افزود : این انتظاری منطقی است اما وقتی آنها این کار را انجام نمی‌دهند و بر کج راهه خود مصر هستند نباید به گونه دیگری توقع داشته باشند و بخواهند محدودیت‌هایی که حداقل‌ها در سیستم قضایی است تغییر کند، زیرا رعایت بسیاری از مصالح شد که نهایتا منجر به حصر شد لذا نمی‌شود اینها بدون عذرخواهی بیرون بیایند و بگویند که ما بر حق بودیم. ما از ابتدای بحران به عنوان کمیسیون امنیت ملی مجلس درگیر این موضوع بودیم و از نزدیک با همه افراد صحبت کردیم. همچنین به آنها اعلام کردیم که انتظار این است که به گونه دیگری عمل شود زیرا این روش نه قانون‌مند است و نه به نفع امنیت و مصالح ملی ماست، اما آن موقع به این موضوع توجه نشد و وضعیت ادامه پیدا کرد تا منجر به این شرایط شد. امروز هم حداقل انتظار این است که آنها از پیشگاه ملت به خاطر ضربه حیثیتی که به شئونات جمهوری اسلامی و ملت زده‌ شده عذرخواهی کنند ولی این اتفاق نیفتاد.
رئیس کمیسیون امنیت ملی و سیاست خارجی مجلس ادامه داد :اصل بر این است که در مورد این‌چنین مسائل مهمی شورای عالی امنیت ملی به جمع‌بندی می‌رسد و تصمیم‌گیری می‌کند. من فکر می‌کنم این انتظار بالایی نیست که از ضربه‌ای که به ملت زده شده عذرخواهی صورت گیرد و فکر می‌کنم اگر قرار است آن راه ادامه داشته باشد وضعیت تغییر زیادی نکند البته تا جایی که مطلع هستم آنها در این دوران ارتباطاتی داشته‌اند و بعضا خارج از محدوده تعیین شده برای برخی ضرورت‌ها و نیازهایشان حضور پیدا کرده‌اند. در واقع این حداقل محدودیت‌هاست نه حداکثر و اینطور نبوده که آنها به هیچ وجه نتوانند ترددی داشته باشند اما نهایتا این تصمیمی است که خود این افراد باید اتخاذ کنند.
بروجردی گفت : ما با آقایان موسوی، کروبی،‌هاشمی، خاتمی، محسن رضایی و همچنین زندانیان دیدارها و گفت‌وگوهایی داشتیم و با آنها اتمام حجت کردیم مخصوصا با آقای موسوی و به ایشان گفتیم تصمیمی که گرفتید خطاست و این تصور درست نیست که رای شما دستکاری شده است.
 وی افزود : آقای تاج‌زاده که مسئولیت بالایی در مجموعه ستاد آقای موسوی داشت صریحا گفته بود تا ساعت 12 شب که رای تهران را می‌شمردیم وضعیت به نفع ما بود اما از ساعت 12 شب تا 4 صبح کلا وضعیت تغییر کرد و هر چه صندوق از شهرستان‌ها می‌آمد ما پایین‌تر می‌رفتیم تا اینکه کلا ورق برگشت به گونه‌ای که چهار صبح به ستاد قیطریه رفتم و گفتم بازی را واگذار کردیم و ما برنده نیستیم. آنها هم گفتند اگر اینطور باشد عکس‌العمل نشان می‌دهیم. این اظهارات مربوط به تاج‌زاده‌ای است که مواضعش تند است و در عین حال به دلیل اینکه سال‌ها معاون سیاسی وزیر کشور بوده انتخابات را می‌شناسد و نظرش می‌تواند نظر کارشناسی باشد. من این موضوع را در زندان از او سوال کردم و او همان چیزی که من از بیرون شنیده بودم را تایید کرد.