از خجسته‌ترین پیامدهای انقلاب اسلامی، وحدت حوزه و دانشگاه است. طرح مسئله وحدت حوزه و دانشگاه را می‌توان از آثار انقلاب فرهنگی دانست که با بهره‌گیری از رهنمودهای امام خمینی رحمت‌الله در سال 59 آغاز گردید. انقلاب فرهنگی همچنان که حضرت امام رحمت‌الله در پیام نوروزی سال 59 اعلام فرمود، گسترش پژوهش‌های علمی‌و معارف بلند و عمیق اسلام را به‌عنوان هدف اصلی دنبال می‌نمود. این آرمان بلند، دانشگاه و حوزه را برای تلاش مشترک به سوی هم کشاند و در فضای سیاسی آن زمان، باب مشارکت و وحدت حوزه و دانشگاه را بازکرد.
بیست و هفتم آذرماه، یادآور عروج سرخِ مجاهدی خستگی‌ناپذیر و عالمی‌ربانی، آیت‌الله مفتح، است که از پیشروان اندیشه وحدت حوزه و دانشگاه بود. این شهید والامقام در راه تحقق این اندیشه و آرمان بلند که از اندیشه بلند امام راحل رحمت‌الله برخاسته بود، تلاش‌های بی‌وقفه‌ای انجام داد. به پاس فعالیت‌های چشم‌گیر شهید مفتح در راه تحقق وحدت حوزه و دانشگاه لزوم ارتباط، همکاری و هم فکری این دو قشر اندیشمند، روز 27 آذر ـ که سالروز شهادت دکتر مفتح نیز می‌باشد ـ روز وحدت حوزه و دانشگاه نام گذاری شده است.
شهید مفتح اندیشمندی بزرگ و عالمی‌ متعهد بود. وی از محضر آیات عظامی ‌همچون محمد حجت کوه کمری، بروجردی، محمد محقق(داماد)، علامه طباطبایی و امام‌خمینی بهره برد و خود مدرّسی بزرگ در حوزه گردید. آیت‌الله مفتح در حالی که در شهر قم به‌عنوان استادی بزرگ مطرح بود، پا به عرصه دانشگاه گذاشت. او همان‌گونه که در حوزه به درجه اجتهاد رسیده بود، در دانشگاه نیز موفق به اخذ درجه دکتری شد. دکتر مفتح پس از گذراندن دوره دانشگاه، علاوه ‌بر تدریس در حوزه به تدریس در دبیرستان‌های شهر مقدس قم پرداخت.
حوزه‌های علمیه در جامعه دینی و نظام ما دارای جایگاهی بس مهم و والا هستند. نقش حوزه‌ها در حرکت اسلامی و‌ تربیت جامعه بسیار حساس و سرنوشت‌ساز است.
با نگاهی به تاریخ پرفراز و نشیب کشورمان در می‌یابیم که عالمان دینی همواره سرپرستی و هدایت جامعه را بر عهده داشته و در حوادث و به‌ویژه مبارزات مردم علیه طاغوت و حکومت‌های جائر زمان خویش، پیشاپیش مردم به قیام برخاسته‌اند. با پیروزی انقلاب و تشکیل حکومت اسلامی، و پدید آمدن افق‌های تازه، مسئولیت سنگین‌تری بر عهده حوزویان قرار گرفته است.
دانشگاه همواره جایگاه آموزش و کاوش در حوزه اندیشه‌های علمی ‌بوده است و رسالت بلند آنان سوق دادن جامعه به سوی مقاصد بلند فرهنگی و اجتماعی است. دانشگاهیان به‌عنوان روشن فکرانی که از افق بالاتری به جامعه می‌نگرند، می‌توانند در پیشبرد جامعه به سوی رشد و تعالی نقش بسیار مهمی‌ ایفا نمایند.
در نظام گذشته تلاش‌های بسیاری برای منزوی کردن روحانیت و از سوی دیگر غربی کردن کشور و نهادهای فرهنگی و آموزشی، به‌ویژه دانشگاه‌ها، صورت پذیرفت. با پیروزی انقلاب و در سایه رهبری امام خمینی دو قشر روحانی و دانشجو برای پیروزی انقلاب اسلامی پیشگام شدند. روحانی و دانشجو با درک موقعیت حساس و مهم خود همواره نقش خود را در انقلاب حفظ کردند و پیشاپیش سایر اقشار برای ایفای مسئولیت‌های خویش وارد عمل شده‌اند. به دلیل اهمیت نقش این دو قشر در هدایت جامعه است که وحدت میان آنها همواره مد‌نظر امام راحل رحمت‌الله و مقام معظم رهبری(مدظله‌العالی) بوده و هست.
امام‌خمینی، درباره ضرورت وحدت حوزه و دانشگاه در بیاناتی فرموده اند: «امروز یکی از ضروری‌ترین تشکل‌ها بسیج دانشجو و طلبه است. طلاب علوم دینیودانشجویان دانشگاه‌ها باید با تمام توان خود در مراکزشان از انقلاب و اسلام دفاع کنند. فرزندان بسیجی‌ام در این دو مرکز، پاسدار اصول تغییر ناپذیر نه شرقی نه غربی باشند، امروز دانشگاه و حوزه از هر محلی بیشتر به اتحاد و یگانگی احتیاج دارند.»
وحدت حوزه و دانشگاه راهبرد اساسی امام خمینی برای تحقق اسلام ناب محمدی است و بدون این وحدت، انقلاب اسلامی کم فروغ است. هم چنین وحدت و همکاری این دو پایگاه فرهنگی جامعه، برای حفظ فرهنگی اصیل، در مقابل هجوم ارزش‌های غربی، ضروری می‌باشد. وحدت و همکاری میان این دو نهاد، نه یک وحدت فیزیکی و شکلی، بلکه تقارب و یکی شدن در مبانی معرفت شناختی، ارزش‌های فرهنگی و دغدغه‌ها و حساسیت‌های سیاسی ـ اجتماعی است؛ و همین حالت است که هر یک از این دو قشر را در جایگاه واقعی خود قرار داده است.اگرچه در راه وحدت حوزه و دانشگاه تلاش‌های بسیاری صورت گرفته، اما کارشکنی‌های متعددی نیز در راه مقابله با این هدف شکل گرفته است. بدون شک هستند کسانی که می‌خواهند بار دیگر بین این دو مرکزِ ارزشمند و میان این دو قشر مهم و تأثیرگذار جدایی افکنند. کسانی که دشمنان نظام اسلامی را می‌شناسند نباید اجازه دهند تا غبار کدورت، فضای آکنده از مهر و جوّ  سالم علمی ‌کشور را تیره و بیمار سازد. روز وحدت حوزه و دانشگاه فرصت خوبی است برای طرح مجدّد و عالمانه این موضوع و آسیب‌شناسی و آفت‌زدایی از این شجره طیبه و تحکیم یکی از بزرگ‌ترین آرمان‌های انقلاب اسلامی.
بنیانگذار انقلاب اسلامی ـ که همیشه با نگاهی ژرف به مسائل می‌نگریست ـ جدایی حوزه و دانشگاه را توطئه استکبار می‌دانست. ایشان در سخنانی فرموده‌اند: «حالا که می‌بینند یک تحولی پیدا شده است، دانشگاهی متمایل شده است به روحانی، روحانی متمایل شده است به دانشگاهی و می‌خواهند باهم کشور خودشان را به پیش ببرند، حالا شیــاطین بیشتر در فکــر هستند که روحانی را از یک طرف بکوبند ودانشگاهی را از یک طرف و فساد کنند بین این دو تا. چشم‌هایتان را باید خیلی بازکنید. در این زمان چشم و گوش‌ها باید خیلی باز باشد که یک وقت می‌بینید از داخل خود دانشگاه و از داخل خود فیضیه شما را به فساد می‌کشانند، شما را به تفرقه می‌کشانند. اینهایی که نمی‌خواهند این کشور یک کشور صحیح و سالم باشد و ارباب‌های آنها که از اول هم نمی‌خواستند، نمی‌توانند ببینند که شما باهم مجتمع شدید و می‌خواهید با هم کار کنید. آنها در صدد این هستند که نگذارند شماها باهم باشید.»
شاید نخستین مانع در راه وحدت حوزه و دانشگاه عدم وضوح و تبیین دقیق مفهوم آن نزد طرفین باشد. به‌نظر می‌رسد که این موضوع به‌صورت جدی بررسی نشده و در عوض، برخی نتایج علمی‌و احتمالی این وحدت در زمینه‌های مختلف مورد تأکید بوده است. نبودِ همدلی و خوش بینی  متقابل نیز می‌تواند مانع دیگری در راه وحدت حوزه و دانشگاه به شمار آید. موضِع‌گیری‌ها و سخنان غیردوستانه برخی از طرفین به تدریج همدلی و خوش‌بینی متقابل را کم‌رنگ ساخته و می‌سازد.
یکی دیگر از موانع وحدت، عدم شناخت دقیق از خصوصیات و توانایی‌های خود و طرف مقابل است. هر کدام از این موارد خود نیازمند بررسی جداگانه و دقیق است تا موانع وحدت و همدلی این دو قشر فرهیخته از میان رفته و پیوندهای دوستی و اتحاد، مستحکم‌تر
گردد.
برای همکاری حوزه و دانشگاه زمینه‌های گسترده‌ای وجود دارد. یکی از ملموس‌ترین و عینی‌ترین زمینه‌های تقارب و همکاری این دو نهاد اتخاذ شیوه‌های مشترک آموزشی ـ پژوهشی است.
تبادل اطلاعات، تشکیل شبکه‌های مشترک پژوهشی ـ اطلاع‌رسانی، مبادله استاد و مدرّس و نیز ایجاد ارتباط سیاسی ـ فرهنگی می‌تواند سهم بسزایی در همکاری و وحدت حوزه و دانشگاه داشته باشد.
مقام معظم رهبری نیز راهکارهای وحدت حوزه و دانشگاه را این چنین تبیین کرده‌اند: «در نظام اسلامی، علم و دین پا به پا باید حرکت کند. وحدت حوزه و دانشگاه یعنی این. وحدت حوزه و دانشگاه معنایش این نیست که حتما بایستی تخصص‌های حوزه‌ای در دانشگاه و تخصص‌های دانشگاهی در حوزه دنبال بشود نه، لزومی ‌ندارد.
اگر حوزه و دانشگاه به هم وصل و خوش‌بین باشند و به هم کمک بکنند و با یکدیگر همکاری نمایند، دو شعبه از یک موسسه علم و دین هستند. این مؤسسه دو شعبه دارد. یک شعبه، حوزه‌های علمیه و شعبه دیگر، دانشگاه‌ها هستند. طلاب و دانشجویان قدر یکدیگر را بدانند، با یکدیگر آشنا و مرتبط باشند، احساس بیگانگی نکنند. احساس خویشاوندی و برادری را حفظ کنند و روحانیون در دانشگاه‌ها عملاًًً کوشش کنند که نمونه‌های کامل عالم دین و طلبه علوم دینی را به طلاب و دانشجویان و دانشگاهیان ارائه بدهند و نشان دهند که هر دو، نسبت به یکدیگر، با حساسیت مثبت و با علاقه همکاری می‌کنند. این همکاری و وحدت حوزه و دانشگاه است.»