روزنامه اعتماد با انتشار این تحلیل و در تیتری با عنوان «اعتراض وزیر اقتصاد به دخالت‌ها» نوشت: ماجرای تازه از جایی آغاز می‌شود که محمد نهاوندیان(که پست معاون اقتصادی رئیس‌جمهور را در اختیار دارد) در نامه‌ای به رئیس کل گمرک از او می‌خواهد که «فرآیند ترخیص کالا و اظهار آن توسط بخش تجاری کشور» فقط از طریق «سامانه جامع تجارت» انجام گیرد... به این معنی که «وزارت صمت اطلاعات گمرک را در سامانه جامع تجارت از بازرگانان دریافت کند» و «دسترسی گمرک را نیز به این سامانه باز کند...» تاریخ این نامه، چهاردهم مهرماه سال جاری و البته خطاب به رئیس‌کل دستگاهی است که مسئول مستقیم آن وزارت امور اقتصادی و دارایی است. به‌نظر می‌رسد این موضوع به وزیر اقتصاد کمی‌تا قسمتی «برخورده» و فرهاد دژپسند در نامه‌ای که اندک رنگ و بوی «تند» نیز دارد ۵ روز بعد به نهاوندیان پاسخ می‌دهد. پاسخ او نیز عمدتاً حاوی نکاتی مشتمل بر یادآوری قوانین بالادستی درباره نقش گمرک در صادرات و واردات است و اینکه «وظایف و اختیارات گمرک در قانون امور گمرکی مشخص شده است...» بنابراین دژپسند در نامه خود به نهاوندیان به صراحت اعلام می‌کند که «واگذار کردن اظهار و ‌ترخیص کالا به سامانه دیگری غیر از سامانه پنجره واحد گمرک علاوه ‌بر مغایرت قانونی موجب تداخل وظایف گمرک با دیگر سازمان‌ها می‌شود...» مشخص نیست چرا و چگونه آقای نهاوندیان به‌عنوان معاون اقتصادی رئیس‌جمهور بدون توجه به «سلسله مراتب اداری» به معاون وزیر اقتصاد نامه‌ای ارسال کرده و از او درخواستی کرده است. این موضوع نیز موجب رنجش وزیر اقتصاد شده و او با لحنی تند خطاب به نهاوندیان نوشته است: «برای رعایت سلسله مراتب اداری، جمع‌بندی و تصمیمات ستاد هماهنگی اقتصادی دولت به‌عنوان وزیر ارسال شود و... از مکاتبه مستقیم با واحدهای تابعه و وابسته پرهیز گردد.» موضوعی که در رسانه‌ها با عنوان «دلخوری وزیر امور اقتصادی و دارایی از معاون اقتصادی رئیس‌جمهور» مطرح شده اما برخی کارشناسان معتقدند این موضوع بیش از هر چیز نشان‌دهنده عمق چنددستگی، نبود هماهنگی و موازی‌کاری در مجموعه بالاترین نهادهای تصمیم‌گیری دولتی است که نتیجه آن را نیز می‌توان در نبود «وحدت رویه» و «انباشت کالاها در بنادر» و «دستورالعمل‌های تکراری و بی‌خاصیت» برای تجارت خارجی مشاهده کرد. در این میان برخی معتقدند؛ مطرح شدن اختلاف‌نظرهای تیم اقتصادی دولت در فضای رسانه‌ای درست نیست. در شرایطی که مردم تحت فشارهای اقتصادی متعددی قرار دارند، نگرانی از کشمکش‌های درونی تیم اقتصادی کابینه روحانی، بار مضاعفی بر مشکلات آنهاست.