آیت‌الله سیداحمد خاتمی عضو مجلس خبرگان رهبری در برنامه شناسنامه در مورد سران فتنه گفت: آنچه آنها انجام دادند ظلم به یک شخص نبود بلکه ظلم به یک نظام بود و فرصت طلایی 40 میلیونی را که می‌توانستیم با سرمایه آن بسیاری از مشکلات کشور را حل کنیم، توسط این دو سوزانده شد.
وی با یادآوری 22 کشته در این فتنه و تعداد زیادی جانباز گفت: چه کسانی مسئول این خون‌ها هستند آنها که بیانیه‌های آتشین می‌دادند و مردم را به خیابان می‌آوردند؛ اینها بغی و محاربه است اما آنها مشمول رأفت نظام قرار گرفتند و نظام اسلامی فقط آمد و رفت و ارتباطات اینها را محدود کرده است اما امکانات و خانه در اختیارشان است. البته حصر، حصر است و بهشت نیست اما نظام با رأفت با اینان برخورد کرد.
آیت‌الله خاتمی با توصیه به کسانی که برای رفع حصر تلاش می‌کنند گفت نصف تلاشتان را بگذارید برای اینکه سران فتنه بگویند بیراهه رفتیم و ضربه به کشور زدیم که قطعا وضعیت عوض می‌شود.
عضو مجلس خبرگان رهبری با توصیه به سران فتنه برای گوش دادن شعارهای مردم در 9 دی گفت: ببینید مردم چه حکمی صادر کرده‌اند و بدانید نظام رأفت به خرج داد که شما را حتی به زندان نبرد.
وی فتنه 88 را فاقد تأثیر مستقیم در انتخاب رئیس جدید مجلس خبرگان دانست و گفت: ما به عنوان هیئت رئیسه خبرگان تلاش کردیم که آقای هاشمی را از محدوده فتنه دور نگه داریم خود من التماس‌ها به ایشان کردم و تذکرات فراوانی به ایشان داده شد که علیه فتنه‌گران موضع‌ بگیرند و این مقدار تاثیر در نامزد نشدن ایشان (برای ریاست مجلس خبرگان) داشت