محمد مهدی مفتح در گفت‌وگو با خبرگزاری مهر درباره معافیت مالیات ارزش افزوده مناطق آزاد و ویژه‌ اقتصادی، اظهار کرد: منطق ایجاد مناطق آزاد بیشتر ناظر بر آن بود که در آنجا بتوان کالاهایی را تولید و صادر کرد. به عبارتی قرار بود قوانین آسان‌تری نسبت به سرزمین اصلی در آنجا وجود داشته باشد.
وی ادامه داد: شاید برای تولید کالاهایی که وارد سرزمین اصلی نمی‌شوند بلکه از مرزها خارج و به کشورهای دیگر صادر می‌شوند معافیت مالیات بر ارزش افزوده، منطق داشته باشد که البته در این خصوص‌ هم نکات و نقدهایی وجود دارد، اما اگر کالایی وارد سرزمین اصلی شود، تولید‌کننده باید عوارض، گمرکی و مالیات بر ارزش افزوده آن را پرداخت کند.
عضو کمیسیون اقتصادی مجلس ضمن مخالفت با معافیت مناطق آزاد از پرداخت مالیات بر ارزش افزوده، گفت: متاسفانه درحال حاضر شاهد آن هستیم که مناطق آزاد محلی برای واردات شده‌اند و از پرداخت مالیات بر ارزش افزوده هم معاف هستند. این موضوع نابودی تولید داخل را به دنبال دارد.
مفتح تصریح کرد: امیدواریم در لایحه مالیات بر ارزش افزوده، معافیت‌های مالیاتی مناطق آزاد مورد بازنگری و بررسی دقیق کارشناسی قرار گیرد.
گفتنی است مالیات ارزش افزوده نوعی مالیات بر مصرف چند مرحله‌‏ای است که در مراحل مختلف زنجیره واردات، تولید، توزیع بر اساس درصدی از ارزش کالاهای فروخته شده یا خدمات ارائه شده در هر مرحله اخذ می‌گردد، اما مالیات پرداختی در هر مرحله از زنجیره واردات-تولید- توزیع به مرحله بعدی زنجیره انتقال می‌یابد تا در نهایت توسط مصرف‌کننده نهایی پرداخت گردد.
در همین رابطه،‌اندیشکده سیاست‌گذاری اقتصاد تهران با انتشار یک پیشنهاد سیاستی، نوشت: مالیات ارزش افزوده در سال 1387 به صورت آزمایشی در مجلس شورای اسلامی تصویب و به اجرا درآمد و لایحه دائمی مالیات مذکور چندین ماه است در مجلس دردست بررسی است. از مهم‌ترین موضوعاتی که شایسته است نمایندگان مجلس در بررسی لایحه مالیات بر ارزش افزوده مد نظر قرار دهند، معافیت مناطق آزاد تجاری- صنعتی است. دلیل اهمیت این موضوع کسری بودجه‌ای است که دولت به خاطر تحریم‌های ظالمانه دچار آن شده است. لذا با توجه به بررسی‌های کارشناسی و همچنین تجارب به دست آمده از 11 سال معافیت مناطق مذکور، معافیت مناطق آزاد تجاری-صنعتی آسیب‌هایی همچون افزایش تبعیض بین مصرف‌کنندگان، افزایش وابستگی اقتصاد، تشکیل بستر فسادزا و توسعه شرکت‌های صوری به نفت را به همراه خواهد داشت.
این مرکز پژوهشی در ادامه پیشنهاد داده است: معافیت این مناطق از شمول مالیات بر ارزش افزوده ابداً توصیه نمی‌شود و پیشنهاد می‌شود معافیت مناطق مذکور که در بند «پ» ماده 1، بند «الف» ماده 10 و جز «3» ماده 56 لایحه مالیات بر ارزش افزوده تشریح شده است، حذف و این مناطق مشمول مالیات بر ارزش افزوده شوند. اهمیت مشمول شدن مناطق آزاد در مالیات بر ارزش افزوده و آثار آن در شفافیت اقتصادی به حدی است که پیشنهاد می‌شود 50 درصد از منابع حاصل از اجرای مالیات بر ارزش افزوده در این مناطق، به خود مناطق آزاد اختصاص پیدا کند تا صرف توسعه زیرساخت‌ها و فعالیت‌های مولد شود.