پس از رفتار‌های زشت و برخی اقدامات خطرناکی که علیه رهبر شیعیان نیجریه در بیمارستان هند شد، ایشان اعلام کرد، بازگشت به نیجریه را به درمان ذلت بار ترجیح می‌دهد. ایشان که تربیت یافته مکتب شیعه اهل بیت علیهم السلام است، با اینکه جانش صد در صد به دلیل مسمومیت خونی در خطر است، حاضر به پذیرفتن شرایط ذلت بار در بیمارستان نشد و به ابوجا بازگشت. اما بنا بر اعلام جنبش اسلامی نیجریه، ایشان را از همان فرودگاه و از مسیری دیگر به مکانی نامعلوم منتقل کرده‌اند و هیچ کس خبری از او ندارد.
حالا هم جنبش اسلامی نیجریه می‌گوید شیخ ابراهیم زکزاکی و همسرش پس از بازگشت از هند، توسط نیروهای امنیتی به مکانی نامعلوم منتقل شده‌اند.