سيد مرتضي بختياري دادستان سابق تهران مي  گويد:
«يکي از مسائل ما در قوه قضاييه همين بحث توبه‌هاي تاکتيکي بود که تشخيصش بسيار سخت  و در عين حال پيچيده بود. بعضي از اينها که عضو بودند اما اطلاعات شان را به دست نياورده بوديم بعدها با کمک شهيد لاجوردي مي‌فهميديم عضو اصلي هستند...چقدر از همين‌هايي که توبه تاکتيکي کردند و عفو خوردند، وقتي آمدند بيرون عوض شدند و چقدر هم داشتيم که رفتند در جبهه شهيد شدند يعني هر دو صورت را داشتيم.»
حجت الاسلام مبشري، قاضي دادگاه هاي دهه شصت و همکار شهيد لاجوردي در مورد سابقه رفتار آقاي منتظري در مورد آزادي زندانيان مي گويد:
 «يک دفعه هم ملاقات گرفتيم و دسته جمعي با بازرس‌ها و آقاي لاجوردي رفتيم آن جا. بچه ها واقعاً کارهاي شاقي کرده موسي خياباني و‌اشرف ربيعي و دار و دسته‌شان را از بين برده بودند که در جايگاه خودش مثل فتح خرمشهر بود و از اين جهت واقعاً شايسته تحسين بودند.  
بچه‌ها آمدند قضيه را شرح بدهند که آقاي منتظري گفت: جمع کنيد! جمع کنيد! اينها را من مي‌دانم. بچه‌ها انگار که يخ زدند. اصلاً برايش اهميت نداشت که اينها چه کار بزرگي را انجام داده اند…مگر بدون حمايت امام (ره) مي‌شد اين طور قاطعانه با منافقين برخورد کرد؟ يک مورد من رفتم پيش آقاي منتظري و گفتم آقا! اينها توي زندان هم که مي‌آيند تشکيلات به هم مي‌زنند و دارند همه جا را به آشوب مي‌کشند. جواب داد: مسئله‌اي نيست. زمان شاه هم بوده است!
 آخر اگر زمان شاه هم بوده است، شاه تسلط داشت و همه دنيا با او بودند. اينها در دوره شاه چيزي نداشتند. پنج تا کلت داشتند که چهارتايش شليک نمي‌کرد؛ اما حالا در روز روشن با خمپاره و آر.پي.جي و توپ 106 دارند ساختمان‌ها را مي‌زنند. شما الآن را با زمان شاه مقايسه مي‌کنيد؟ اينها دارند نظام را مي‌خورند.
ايشان محکم مي‌زد به گردنش و مي‌گفت: نکشيد، به گردن من! آن وقت مي‌رفتيم خدمت امام (ره) و يک روحيه‌اي به ما مي‌دادند عجيب. ايشان مي‌فرمودند: شما در حقيقت قاضي نيستيد. قاضي خداست و خدا هم حکم اينها را صادر کرده، شما تعيينِ مصداق مي‌کنيد. و مي‌فرمودند: بترسيد از اين که در مقابل اينها کوتاه بياييد. ما از امام (ره) روحيه مي‌‌گرفتيم.»
بر اساس کتاب خاطرت آقاي منتظري به نقل از آيت الله محمدي گيلاني، حداقل 6 هزار نفر از محکومين به اعدام توسط هيأت عفو و يا دادگاه عالي قضايي که در قم تحت نظر آقاي منتظري تأسيس شده بود، مورد عفو قرار مي  گيرند که برخي از آنها از اعضاي منافقين بودند. سيد حسين موسوي تبريزي دادستان کل وقت در اين باره مي گويد:
«امام پس از نامه هايي که آقاي منتظري براي ايشان نوشت، اجازه تشکيل يک هيأت به ايشان داد تا وضعيت زندان ها و زندانيان را در سراسر کشور بررسي کنند و پس از آن حداقل 2 يا 3 بار ليستي از زندانيان که توسط اين شورا تهيه شده و مورد تأييد آيت الله منتظري قرار گرفته بود، توسط امام خميني(ره) مورد عفو قرار گرفتند.»
به عنوان نمونه مي توان از آزادي «نوشين نفيسي» با اصرار آقاي منتظري ياد کرد. وي از اعضاي مرکزي سازمان مجاهدين بود که با نام تشکيلاتي «ثريا» به همراه همسرش با نام مستعار حسين و نيز بهمن محمودي با نام مستعار سياوش، اعضاي رهبري جناح انقلابي پيکار را تشکيل مي دادند. «سازمان پيکار در راه آزادي طبقه کارگر»، پس از تغيير ايدئولوژي سازمان در آذر 57 تشکيل شد و در آشوب هاي کردستان و خوزستان نقش جدي داشتند. نوشين نفيسي در دادگاه انقلاب به اعدام محکوم شد اما با دخالت هاي آقاي منتظري در اقدامي نادر از مجازات نجات يافت و در نهايت آزاد شد! دادستان وقت کشور(آقاي يوسف صانعي) در تاريخ 25/9/63 در نامه اي به آيت الله موسوي اردبيلي، رئيس ديوان عالي کشور و رئيس شوراي قضايي، چنين مي نويسد:
«با توجه به سياست کلي فقيه عاليقدر حضرت آيت الله العظمي منتظري در رابطه با افراد وابسته به گروهک ها و زندانيان و با توجه به عنايت خاص ايشان به جناب آقاي دکتر نفيسي(پدر نوشين نفيسي)... درجه تخفيف براي محکومه نوشين نفيسي صبيه آقاي نفيسي درخواست مي شود: 1- مجازات اعدام او به پانزده سال زندان...»
در همين زمينه مي‌توان به نامه پر از درد حجت الإسلام عباسعلي اختري امام جمعه سمنان،‌اشاره نمود که آزادي دو مفسد في الأرض آن هم با تأييد آقاي منتظري را اين‌گونه روايت مي کند:
«...مسئولان قضايي بي درد کشور، حکم عفو دو مفسد في الارض(طبق تعبير حاکم شرع پرونده) را تنفيذ و اظهار شده که به تاييد قائم‌مقام معظم رهبري و هيات عفو رسانده‌اند. در صورتي که جرم هاي متعدد و مکرر آنها دل هر مسلماني را به درد مي آورد تا چه رسد به کسي که به رهنمود اين مسئولان و براي اين نظام يک يا چند جگر گوشه را قرباني کرده است...»
رويه نادرست و انتقاد برانگيزِ آقاي منتظري، توسط امام (ره) نيز مورد اعتراض واقع شد:
 «آن چه مسلّم است و مايه تأسّف، حسن ظن جنابعالي به اعمال و افعال و گفته ها و‏‎ ‎‏نوشته هاست که به مجرد وصول به شما، ترتيب اثر مي دهيد و در مجامع عمومي صحبت‏‎ ‎‏مي کنيد و به قوة قضائيه و غيره سفارش مي دهيد. و من از شما، که دوست صميمي سابق و‏‎ ‎‏حال من هستيد و مورد علاقة ملت، تقاضا مي کنم که با‌اشخاص صالح آشنا به امور کشور‏‎ ‎‏مشورت نماييد، پس از آن ترتيب اثر بدهيد، تا خداي نخواسته لطمه به حيثيت شما، که‏ برگشت به حيثيت جمهوري است، نخورد. آزادي بي رويّة چند صد نفر منافق، به دستور‏‎ ‎‏هيأتي که با رقت قلب و حسن ظنشان واقع شد، آمار انفجارها و ترورها و دزدي ها را بالا‏‎ ‎‏برده است؛ «ترحم بر پلنگ تيز دندان ـ ستمکاري بود بر گوسفندان».»
منافقين در عراق
نکته مهم آن است که اين اقدامات در حالي صورت مي  گرفت که مجاهدين خلق(منافقين)با استقرار در عراق1، به هم فکري و همکاري نظامي با صدام پرداخته،برخي نيروهاي نفوذي را در صفوف رزمندگان ايراني رخنه دادند و موجب شکست برخي عمليات‌ها و شهادت بسياري از رزمندگان ايراني شدند و يا در «ارتش آزادي بخش ملّي» به خيانت پرداختند.2

1- ارتباط سازمان با عراق از سال 50 آغاز مي گردد و برخي افراد سازمان در بغداد آموزش هاي نظامي مي  بينند. بعد از انقلاب نيز در جريان حوادث سال 60، راديو مجاهد در عراق مستقر مي  شود و رابط بين اعضا مي  باشد. پس از دستگيري بسياري از اعضاي سازمان در سال هاي 60 و 61، اعضاي باقي مانده از طريق کردستان، وارد عراق مي  شدند. رجوي نيز در خرداد65 به بهانه تحت فشار قرار گرفتن از سوي دولت فرانسه، وارد عراق مي  شود و اردوگاه‌اشرف در شمال بغداد به همراه سلاح، به آنها واگذار مي  شود. منافقين در کنار ارتش عراق در جنگ عليه ايران، بيش از 100 عمليات نظامي عليه مواضع نيروهاي ايراني شکل دادند. براساس آمار حفاظت اطلاعات ستاد مشترک سپاه تا تاريخ
 30/ 3/ 67 سازمان جمعاً 84 مورد عمليات ايذايي يا تک هاي هماهنگ شده عليه واحدهاي جمهوري اسلامي انجام داده که در اين ميان توانسته صدها نفر از رزمندگان را شهيد و مجروح نمايد و خسارات زيادي به جمهوري اسلامي وارد نمايد.(«بررسي شکست سازمان مجاهدين خلق در عمليات فروغ جاويدان»، پايان نامه کارشناسي ارشد، محمد رضا شباني، استاد راهنما: دکتر حسين حسيني، دانشگاه جامع امام حسين (ع)، تهران، 1379، ص57.)
2- محمد حسين سبحاني از مسئولان اسبق اطلاعاتي و امنيتي سازمان در اين زمينه مي گويد:«...استخبارات عراق، از طريق مهدي ابريشم چي، پرسش هاي اطلاعاتي مورد نياز ارتش عراق را در مورد شناسايي محل پل ها، تأسيسات آب و برق، کارخانه ها و مراکز اقتصادي و نظامي ايران به مسعود رجوي مي  داد و سپس رهبري سازمان نيازهاي اطلاعاتي استخبارات عراق را به ستاد اطلاعات ارجاع مي  داد. ستاد اطلاعات نيز بعد از کار اطلاعاتي بر روي سؤالات، اقدام به تهيه پاسخ هاي آن مي کرد... شبکه شنود، يکي از منابع جاسوسي و کسب اطلاعات براي رژيم صدام حسين بود و شبکه هاي بي سيمي و مخابراتي ايران را در جبهه هاي جنگ، مانيتور و شنود مي  کرد. اعضاي سازمان در اين بخش، پيام هاي رمز فرماندهان ارتش و سپاه را به دليل آشنايي به زبان فارسي و فرهنگ ايراني با رمز گشايي کشف مي کردند.»(روزهاي تاريک بغداد، محمد حسين سبحاني،کانون آوا، آلمان، 83، ص304 و 306.)