متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
رحلت فقیه ربانی آیت‌الله آقای حاج سیدمحمد شاهرودی را که از فقهای برجسته‌ حوزه‌ علمیه نجف و در سال‌های پس از انقلاب ساکن قم بودند، به حوزه‌های قم و نجف و به عموم ارادتمندان و شاگردان آن مرحوم و به‌خصوص به آقازادگان و بازماندگان ایشان و وابستگان به بیت شریفِ والد ایشان مرحوم آیت‌الله‌العظمی شاهرودی از مراجع دوره‌ قبل در نجف، تسلیت عرض می‌کنم و علو درجات و رحمت و مغفرت الهی را برای آن مرحوم مسألت می‌نمایم.
سیّدعلی خامنه‌ای
۱۸ تیر ۹۸   
گفتنی است در پی رحلت فقیه ربانی مرحوم آیت‌الله سیدمحمد حسینی شاهرودی، مراسم بزرگداشتی از سوی حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی شب گذشته (۱۸ تیرماه ۱۳۹۸) بعد از نماز مغرب و عشاء در مسجد اعظم قم برگزار شد.