مرگ ناگهانی محمد مرسی باعث گمانه‌زنی‌ها در مورد احتمال قتل وی شده است. در این راستا، شبکه الجزیره یک فایل صوتی از مرسی که مربوط به جلسه محاکمه وی در پرونده «یورش به زندان‌ها» در سال ۲۰۱۷ است، منتشر کرد که مرسی در آن تصریح می‌کند از طرف مقامات فعلی مصر تهدید شده است. او همچنین تأکید می‌کند «اسراری دارم که به دلیل حفظ امنیت کشور، تا زمان مرگم آن را افشا نخواهم کرد». گروه اخوان‌المسلمین مصر نیز در نخستین واکنش خود به فوت محمد مرسی، دولت مصر را مسئول این حادثه دانست و آن را «قتل عمد» خواند. حزب منحل شده «آزادی و عدالت» وابسته به گروه اخوان‌المسلمین در مصر نیزگزارش داد که مرسی در آخرین جلسه دادگاه گفت با «نوعی مرگ عمدی از طرف مسئولان کودتا» مواجه است و وضعیت جسمانی‌اش نیز «وخیم» شده است طوری که هفته گذشته چندین بار از هوش رفته بی‌آنکه مورد مداوا قرار گیرد. رجب طیب اردوغان رئیس‌جمهور ترکیه هم ضمن تسلیت در پی درگذشت محمد مرسی او را شهید توصیف کرد!
همزمان، دیده‌بان حقوق بشر نیز در بیانیه‌ای از شورای حقوق بشر سازمان ملل خواست درباره طیف وسیعی از موارد نقض حقوق بشر در مصر از جمله مرگ مرسی تحقیقات انجام دهد. به نوشته خبرگزاری «آناتولی»، «سارا لیا ویتسون» مدیر بخش خاورمیانه و شمال آفریقا» در دیده‌بان حقوق بشر گفت: «درگذشت مرسی رئیس‌جمهور سابق بعد از سال‌ها سوءرفتار دولت، حبس‌های طولانی مدت در زندان انفرادی، مراقبت‌‎های پزشکی ناکافی و محروم کردن او از دیدار اعضای خانواده و دسترسی به وکیل حادث شد...دولت مصر به مدت ۶ سال حقوق ابتدایی مرسی به عنوان یک زندانی از قبیل مراقبت‌های پزشکی و دیدار اعضای خانواده را به او نداد در حالی که در گزارش‌ها آمده بود وضعیت جسمی او رو به وخامت گذاشته بود».لیتسون در این باره گفت: «جدا از عقاید و مواضع سیاسی مرسی، رفتار دولت مصر با او وحشتناک بود و مسببان این رفتار باید مورد تحقیق و محاکمه قرار گیرند.» دولت مصر اتهامات مطرح شده از سوی دیده‌بان حقوق بشر درباره عدم رسیدگی به وضعیت جسمانی محمد مرسی را رد کرد. در همین حال، تظاهراتی در مقابل سفارت مصر در پایتخت موریتانی بر پا شد و معترضان اجرای تحقیقات بین‌المللی شفاف درباره مرگ رئیس‌جمهور سابق مصر را خواستار شدند.