امام چه قبل و چه بعد از انقلاب اسلامی برای دانشگاه اهمیت ویژه‌ای قائل بودند و اعتقاد داشتند و تاکیدشان بر این بود که ترقی مملکت به دانشگاه است.
در اندیشه امام، دانشگاه نقشی اساسی در ایجاد فکر سیاسی ـ اجتماعی برای دانشجو داراست، از این‌رو فرمودند: «نقش دانشگاه‌ها در هر کشوری ساختن انسان است. ممکن است از دانشگاه انسان خارج بشود که یک کشور را نجات بدهد و ممکن است که یک انسان درست بشود که کشور را به هلاکت بکشاند».
با مرور اندیشه‌های حضرت امام می‌توان گفت که امام به دانشجویان به عنوان یک قشر بسیار مهم نظر داشتند و معتقد بودند که اگر دانشجویان بتوانند در دانشگاه علم و ایمان را با یکدیگر همراه سازند می‌توانند به عنوان یک قشر تحصیل‌کرده محور «روشنگری» اجتماعی را بدست گیرند.
نظام آموزشی کشور همواره مورد توجه امام خمینی بوده است و به دانشگاهیان بویژه دانشجویان جهت مقابله با توطئه‌ها و دسیسه‌های داخلی و خارجی هشدار داده است، تاکیدات فراوانی بر حاکمیت و نفوذ فرهنگ اسلامی در دانشگاه‌ها دارد و نسبت به تربیت انسان الهی، خود باوری و خوداتکایی علمی و فرهنگی جهت تحقق استقلال موکداٌ توصیه‌های جدی نموده‌اند.
اگر دانشگاه اصلاح بشود، کشور شما استقلال خود ‏را بیمه می‌کند. از دانشگاه، چه دانشگاه علوم قدیمه، چه دانشگاه علوم جدیده از دانشگاه‏ سعادت یک ملت، و در مقابل سعادت شقاوت یک ملت‏ سرچشمه می‌گیرد. باید از حوزه‌‏هاى علمیه، یک عالمى به تمام معنا متعهد بیرون بیاید، و مرکز ساخت انسان باشد؛ و دانشگاه هم مرکز ساخت انسان باید باشد.
امام خمینی(ره) طی پیامی به مناسبت بازگشایی مدارس و دانشگاه‌ها خطاب به اساتید، دانشجویان ودانش‌آموزان می‌فرمایند: «بزرگ‌ترین فاجعه برای ملت ما این وابستگی فکری است که گمان می‌کنند همه چیز از غرب است و ما در همه ابعاد فقیر هستیم و باید از خارج وارد کنیم. شما استادان و فرهنگیان و دانشجویان دانشگاه‌ها و دانش‌سراها و نویسندگان و روشنفکران و دانشمندان معظم باید کوشش کنید و مغز‌ها را از این وابستگی فکری شستشو دهید و با این خدمت بزرگ و ارزنده ، ملت وکشور خود را نجات دهید».
امام درباره به سعادت رسیدن مملکت می‌فرمایند: «دانشجوها ذخایر این ملت هستند، مقدرات مملکت ما در آینده به دست دانشجویان امروز است... شئونات مختلفه کشور در دست دانشجویان است که آتیه کشور را آنها باید اداره بکنند... سعادت یک مملکت کلیدش به دست معلم است و به دست دانشجو... بنابراین هر مملکتی در عالم، هر کشوری در عالم موجودیتش بسته است به دست دانشجو و معلم.»
ایشان در ادامه گفتند: «ما می‌خواهیم که اگر چنانچه ملت ایران در مقابل غرب ایستاد جوان‌های دانشگاهی ما هم همه در مقابلش بایستند. ما می‌خواهیم که اگر ملت ما در مقابل کمونیست ایستاد، تمام دانشگاهی‌های ما هم در مقابل کمونیست بایستند نه اینکه وقتی این جوان‌هائی که به واسطه ساده‌لوحی خودشان، تربیت‌های باطل بعضی از معلمین را قبول کردند و حالا که ما می‌خواهیم یک دانشگاه مستقل درست کنیم و تغییر بنیادی بدهیم که مستقل بشود، وابسته به غرب نباشد، وابسته به کمونیسم نباشد، وابسته به مارکسیسم نباشد.»
معنی اسلامی شدن دانشگاه این است که استقلال پیدا کند و خودش را از غرب جدا کند و خودش را از وابستگی به شرق جدا کند و یک مملکت مستقل، یک دانشگاه مستقل، یک فرهنگ مستقل داشته باشیم. عزیزان من! ما از حصر اقتصادی نمی‌ترسیم، ما از دخالت نظامی نمی‌ترسیم آن چیزی که ما را می‌ترساند وابستگی فرهنگی است. ما از دانشگاه استعماری می‌ترسیم، ما از دانشگاهی می‌ترسیم که جوان‌های ما را آنطور تربیت کنند که خدمت غرب بکنند، ما از دانشگاهی می‌ترسیم که آنطور جوان‌های ما را تربیت کنند که خدمت به کمونیسم کنند.
اتفاقی نیست که مراکز تربیت و تعلیم کشورها و از آن جمله کشور ایران از دبستان تا دانشگاه مورد تاخت و تاز استعمارگران خصوصا غربی‌ها و اخیرا آمریکا و شوروی قرار گرفت و زبان‌ها و قلم‌های غرب‌زدگان و شرق‌زدگان آگاهانه یا ناآگاه و اساتید غرب‌زده و شرق‌زده دانشگاه‌ها در طول مدت تأسیس دانشگاه‌ها و خصوصا دهه‌های اخیر این خدمت بزرگ را برای غرب و شرق انجام دادند، هر چند در بین ارباب قلم و زبان و اساتید،‌ اشخاص متعهد و متوجهی بودند و هستند که بر خلاف آن مسیر بودند و می‌باشند لکن مع‌الاسف در اقلیت چشمگیر بودند.