اعضای شورای طرح هم‌اندیشی اساتید دانشگاه‌ها شامل رئیس دانشگاه، مسئول دفتر نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری در دانشگاه، معاون فرهنگی دانشگاه، یکی از معاونین آموزشی و پژوهشی به انتخاب رئیس دانشگاه، مسئول بسیج دانشگاه، دبیر شورای هم‌اندیشی و سه تن از اعضای هیئت‌علمی به پیشنهاد دبیر و تأیید اکثریت اعضای شورا هستند که به مدت دو سال انتخاب می‌شوند؛ ریاست این شورا برعهده مسئول دفتر نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری در دانشگاه‌ است.
دبیر شورای هم‌اندیشی از میان اعضای هیئت‌علمی واجد شرایط به پیشنهاد مسئول نهاد توسط شورای هم‌اندیشی دانشگاه انتخاب و به دبیرخانه مرکزی معرفی می‌شود؛ حکم دبیر پس از تائید دبیرخانه مرکزی توسط رئیس شورا صادر می‌شود؛ در راستای بهره‌گیری هرچه بیشتر از ظرفیت امور آثار آن در رشته‌ها و گرایش‌های تخصصی موجود لازم دبیر شورای هم‌اندیشی از میان اساتید غیر گروه معارف انتخاب می‌شود.
دبیر شورای هم‌اندیشی در دانشگاه‌ها وظیفه دارد جلسات شورای هم‌اندیشی دانشگاه را به‌منظور بررسی و تصویب طرح‌ها و موضوعات پیشنهادی برگزار کند  و طرح‌ها و برنامه‌های متنوع فرهنگی ویژه اساتید به شورای هم‌اندیشی ارائه کند. همچنین این فرد موظف است بخشنامه‌ها و مصوبات و دستورالعمل‌های دبیرخانه مرکزی و گزارش‌های فصلنامه فعالیت‌ها را پیگیری کند. به نقل از آنا؛ بررسی و تصویب طرح‌ها و برنامه‌های پیشنهادی دفتر هم‌اندیشی در دانشگاه‌ها، تصویب اولویت‌های موضوعی نشست‌های هم‌اندیشی جهت برگزاری در دانشگاه‌ها، طراحی و برنامه‌ریزی جهت استفاده از ظرفیت علمی کارشناسی استادان جهت تصمیم‌سازی برای سطوح مختلف در مدیریت کشور از جمله وظایف شورای هم‌اندیشی اساتید دانشگاه است؛ همچنین سیاست‌گذاری برنامه‌ریزی و حمایت از ایفای نقش تربیتی استادان و طراحی و برنامه‌ریزی فعالیت‌های فرهنگی و معرفتی ویژه استادان از دیگر وظایف این شورا است.
جلسات شورای هم‌اندیشی دانشگاه حداقل هر دو ماه یک‌بار و جلسات فوق‌العاده با تقاضای دبیر یا حداقل دو نفر از اعضا و هماهنگی با رئیس شورا برگزار می‌شود.