خبر دستگيري امام، موجي تازه و شديدتر به وجود آورد و دستگاه پهلوي نيز با انجام جناياتي ديگر آن را پاسخ داد.سيد عبدالمهدي آل طعمه در مصاحبه‌اي با مركز اسناد انقلاب اسلامي دربارۀ وقايع 15 خرداد و نقش مسجد ارگ  مي‌گويد:
«زماني كه جرقۀ انقلاب زده شد جمعيت زيادي از ميدان (ارگ ) به سركردگي طيب حاج رضایی وحاج اسماعیل رضايي كه از سركرده‌هاي ميدان بودند، شروع شد. جمعيت زيادي در بازار به سوي مسجد آمدند. دولت كه هجوم مردم را ديد قشون را وارد كرد. زد و خورد عجيبي رخ داد و تعداد زيادي مجروح شدند...»
آقاي عطايي نيز دربارۀ حوادث 15 خرداد مي‌گويد: حوادثي كه در 15 خرداد 1342 شروع شد از مسجد ارگ  آغاز گرديده بود و كساني كه در اين حوادث كشته شدند، ختم آنان در اين مسجد برگزار گرديد. »
حسن خوانساري كه از
شركت كنندگان در اين مراسم بوده است با اشاره به روز مزبور مي‌گويد: «در اين روز سربازان در جلوي مسجد ارگ  ايستاده بودند و تظاهركنندگان را مي‌زدند. »
در سندي به تاريخ 15/8/42 ساواك گزارش مي‌دهد كه: « به طوري‌كه در بازار شايع است بازاریان تصميم دارند روز چهارشنبه 15/8/42 براي طيب حاج رضایی و حاج اسماعيل رضايي در مسجد ارگ  مجلس ختمي برگزار نمايند.» البته سند ديگري در مورد برگزار شدن يا جلوگيري از برگزاري مراسم در اسناد مسجد ارگ  ملاحظه نمي‌گردد.
اگرچه رژيم در اين روز عده‌اي از افراد بي‌گناه را قتل عام كرد و تعدادي را دستگير نمود و جو پليسي شديدي در كشور حاكم كرد و مساجد سياسي تهران را تحت كنترل قرار داد، اما با پافشاري علماي سراسر كشور و مهاجرت عده‌اي از آنان به تهران از جمله آيت‌الله ميلاني، و سيل نامه‌ها و تلگراف‌هاي اعتراض‌آميز نسبت به دستگيري امام، شاه ناچار شد حبس امام را به حصر در يكي از منازل تبديل نمايد. به همين سبب در 12 مرداد 1342 امام و آيت‌الله قمي به منزلي تحت‌نظر انتقال يافتند. همين پافشاري‌ها موجب شد كه امام در فروردين 1343 آزاد شود و به قم مراجعت نمايد. اين آزادي ديري نپاييد و با افشاگري حضرت امام در چهارم آبان همان سال و دستگيري و تبعيد ايشان در 13 آبان به تركيه، انقلاب اسلامي مرحله جديدي را آغاز كرد. مرحله‌اي كه در آن رهبريت نهضت دور از وطن و با وسايل موجود، طلاب و روحانيون و عموم مردم را به آگاهي، مبارزه و صبر و استقامت فرا مي‌خواند و آنها را به پيروزي نزديك عليه دشمنان نويد مي‌داد.
از تبعيد امام خميني(ره) تا شهادت حاج آقا مصطفي مسجد ارگ  شاهد فعاليت‌هاي متنوع ديني، فرهنگي، اجتماعي و سياسي بود. ما در عنوان زير به نحو اختصار و به صورت فهرستي به آن مي‌پردازيم.
از تبعيد امام خميني(ره) تا شهادت حاج آقا مصطفي خميني (43/8/13
تا 1356/8/1)
در طول اين سيزده سال افراد زير در موضوعات ذكر شده در مسجد ارگ سخنراني نمودند.
محمد تقي فلسفي: 1ـ تفاوت اسلام و علماي اسلام با مسيحيت و كشيشان. 2ـ اهميت رجال يك كشور براي حفظ مملكت. 3ـ انتقاد از غرب‌زدگي و لزوم عمل به احكام اسلامي. 4- سيره حكومت علي (ع). 5- موانع ظهور امام زمان (عج). 6- آتش زدن مسجد الاقصي.
 7ـ نقد تقليد كوركورانه از غرب. 8- نياز جامعه انساني به روحانيت.
 9ـ تحليل جنگ‌ها و جنگ ويتنام.
10ـ قانو‌ن‌پذيري. 11ـ فساد در غرب. 12ـ شرح زندگي و سيره هود پيامبر(ع). 13ـ انتقاد از شيوع مراكز فساد. 14ـ شرح زندگي و سيره نوح پيامبر (ع).
 15ـ شرح زندگي و سيره لوط پيامبر (ع).
16ـ انتقاد از آموزش ناصحيح جوانان.
 17ـ شرح زندگي و سيره شعيب پيامبر (ع). 18ـ افتخارآفريني علماء براي كشور در تاريخ.
 19ـ انتقاد از جو خفقان در كشور. 20ـ حمله به جشن‌هاي 2500ساله شاهنشاهي. 21ـ حمله به تبليغ و ترويج باستان‌گرايي توسط حكومت. 22ـ نماز باران آيت‌الله سيد محمد تقي خوانساري. 23ـ شريك ظالم بودن و عقاب آن. 24ـ جنگ جمل و شهادت دروغ.
 25ـ نشانه‌هاي بندگان خوب خداوند. 26ـ انتقاد از تبليغ بهائيان در دانشگاه‌ها.
شيخ حسين نوري همداني:
 1ـ عدم جدايي دين از سياست.
 2ـ انتقاد به راديو و تلويزيون.
سيد عبدالرضا حجازي:
 1ـ انتقاد از وابستگي اقتصادي كشور.
 2ـ انتقاد از فرهنگ غير ديني در كشور.
 3ـ حمله به مجله‌ها و روزنامه‌ها كه در گسترش فساد فعالند.
 4ـ نقش بانكها در عدم پيشرفت اقتصاد. 5- دروغ‌گويي قدرت‌هاي بزرگ در مورد صلح. 6- مقايسه حكومت علي (ع) با حكومت‌هاي رايج.
 7ـ رياست بهائيان بر راديو و تلويزيون و اقتصاد. 8- استقلال روحانيت از بودجه كشور. 9ـ كنگره عظيم حج براي رفع مشكلات مسلمانان و انتقاد از وضعيت آموزش و پرورش. 10ـ رشوه‌خواري در كشور. 11ـ قضاوت در اسلام و ايران.
12ـ فعاليت تبشيري مسيحيان در ايران. 13ـ ترغيب جوانان به حفظ اسلام. 14ـ غارت نفت كشور. 15ـ اهميت ماه رمضان. 16ـ لزوم قانون‌گذاري توسط مجتهدين جامع‌الشرايط.
 17ـ فعاليت يهوديان در ايران براي تسلط بر اقتصاد. 18ـ علل انحراف جوانان. 19ـ آزادي و اهميت آن.
 20ـ ورود مواد مخدر براي نابودي نسل جوان. 21ـ احتياج جهان به اسلام و علماي اسلام. 22ـ تساوي حقوق زن و مرد و دروغ‌گويي مسئولين در اين مورد براي ايجاد فحشاء و فساد.
 ۲۳- تفسير قرآن. ۲۴- حمله به بهائيت. ۲۵- شراب‌خواري و وضعيت آن در ايران و اثرات منفي آن. ۲۶- زندان و شكنجه در ايران. ۲۷- انتقاد از لايحه حمايت خانواده. ۲۸- انتقاد از جو سانسور.
 ۲۹- استعمار. ۳۰- صفات تاريخي يهود. ۳۱- عدالت‌گرايي حضرت علي (ع). ۳۲- مناقب امام زمان (عج). ۳۳- عقب‌افتادگي ايران.
 ۳۴- توليد فيلم‌هاي مستهجن توسط يهوديان. ۳۵- نقد آراء مارگس، فرويد‌ و داروين و اثرات اجتماعي آراي آنان. ۳۶- ازدواج دو پسر در تهران و درخواست ورود دادستان در اين مسئله. ۳۷- تشريح جنايات اسرائيل. ۳۸- تشريح برخي قوانين مجازات اسلامي. ۳۹- انتقاد از وضع زنان شاغل. ۴۰- نقد غرب‌زدگي.
۴۱- نقد باستان‌گرايي و عرب‌ ستيزي. ۴۲- ارتباط دين و سياست. ۴۳- نقد نظريه لامارگ  و داروين.
 ۴۴- دزدي در شركت واحد اتوبوس‌راني. ۴۵- روزه‌خواري در اداره‌هاي دولتي.
۴۶- شرايط قاضي و قضاوت.
۴۷- صلح امام حسن(ع).۴۸- جنگ اسرائيل با اعراب و مسلمانان.۴۹- وضعيت فساد در غرب
.۵۰- جنگ‌هاي صليبي. ۵۱ - مقايسه تبعيض در بين مردم و طبقاتي شدن آنها.
 ۵۲- شرح خدمات روحانيت به كشور.
 ۵۳- تمجيد از اهالي خمين و از امام خميني. ۵۴- حمله به تلويزيون به خاطر تمسخر روحانيت. ۵۵- مسابقه فوتبال بين تيم ملي ايران و اسرائيل.