رهبر انقلاب اسلامی در این دیدار با‌اشاره به نیاز امروز انسانها به معارف برجسته دینی و همچنین اقبال دنیای اسلام و حتی جوامع خارج از دنیای اسلام به این معارف، وظیفه حوزه‌های علمیه را نسبت به گذشته سنگین‌تر دانستند و گفتند: در داخل کشور توجهی که امروز نسبت به مسائل دینی و روحانیت وجود دارد، با گذشته و قبل از انقلاب اسلامی، قابل مقایسه نیست.
ایشان افزودند: این تصور که مردم در نقاط مختلف دنیا نسبت به معارف دینی رویگردان شده‌اند، تصور غلطی است بلکه اقبال به این معارف بیشتر شده است.
حضرت آیت‌الله العظمی خامنه‌ای تشییع بسیار با شکوه طلبه همدانی را که مظلومانه به شهادت رسید، نمونه‌ای عینی از احترام و اقبال مردم به دین و روحانیت برشمردند و خاطرنشان کردند: نمونه‌هایی همچون این تشییع و یا حضور گسترده مردم بویژه جوانان در نمازهای جماعت و نشستن در جلسات و پای منابر، جزو واقعیات ایران اسلامی و نشان دهنده تدین مردم و اعتماد آنها به روحانیت است و برخی تبلیغات و سیاه‌نمایی‌ها درباره ایمان و دینداری مردم و یا رویگردانی آنها از روحانیت، خلاف واقع و  بدون تحقیق و معیار علمی است.
ایشان حوزه‌های علمیه را مرکز آموزش اسلام و تعمیق آن در جامعه دانستند و گفتند: شناساندن معارف دینی به مردم بخشی از وظایف حوزه‌های علمیه است و بخش دیگر این وظیفه، محقق کردن معارف دینی در متن زندگی مردم است.
رهبر انقلاب اسلامی با استناد به آیات متعدد قرآن مجید درباره مجاهده و مقاتله انبیاء الهی تأکید کردند: وظیفه پیامبر فقط بیان معارف اسلام نیست، به همین علت نبی مکرم اسلام برای عملی شدن توحید و اقامه قسط، مجاهدت و مبارزه می‌کند تا اسلام در معنای جامع و کامل آن محقق شود.
ایشان خاطرنشان کردند: علما نیز به عنوان ورثه انبیا موظفند برای تحقق اسلام در محیط زندگی مردم تلاش کنند که اوج این تلاش را امام رضوان‌الله‌تعالی‌علیه در مقام یک حکیم واقعی انجام داد.
حضرت آیت‌الله العظمی خامنه‌ای با انتقاد از برخی که می‌گویند همراهی حوزه با امام برای تشکیل نظام اسلامی خارج از وظایف حوزه بوده است، گفتند: کاری که حوزه و بزرگان حوزه در زمان مبارزات منتهی به تشکیل جمهوری اسلامی انجام دادند، دقیقاً جزو وظایف ذاتی و هویتی حوزه بود.
ایشان در تبیین وظایف کنونی حوزه‌ها افزودند: بعد از تشکیل نظام اسلامی باید دولت اسلامی به معنای واقعی کلمه، سپس جامعه اسلامی، و بعد از آن تمدن حقیقی اسلامی به‌وجود آید که حوزه‌ها در این روند مسئولیتهای سنگینی دارند که باید با فکر و تعمق، این وظایف را درک و برای ادای آنها برنامه ریزی و تلاش کرد.
رهبر انقلاب اسلامی با تحسین بیان، لحن و ادبیات مناسب طلاب به آنها توصیه کردند: حرفهای خوبی را که امروز درباره «سبک زندگی»، «حکمرانی اسلامی»، «استقرار توحید در جامعه»، «مبارزه با طواغیت» و مسئله مهم «عدالت» بیان کردید، به میان مردم سراسر کشور ببرید و با افزایش معرفت جامعه، گفتمان‌های انقلابی را تقویت کنید.
حضرت آیت‌الله العظمی خامنه‌ای در تبیین «چیستی و هویت حوزه» افزودند: حوزه مرکزی است که عالم دینی پرورش می‌دهد تا او با تسلط بر معارف اسلامی برای تحقق اسلام وارد میدان عمل شود، بنابراین همه برنامه ریزی‌ها و کارهای حوزه باید در چارچوب این هویت و شاکله اصلی انجام شود.
حضرت آیت‌الله العظمی خامنه‌ای جهت دادن به نحوه استفاده از علوم طبیعی در جامعه را از دیگر وظایف حوزه‌ها خواندند و در بیان چند نکته به طلاب تأکید کردند: فقه و درس خواندن را کاملاً جدی بگیرید.
ایشان اجتهاد را روش نظام‌مند درک و استنباط معارف از منابع نقلی و عقلی خواندند و افزودند: عالم دین باید بداند معارف و حقایق دینی را چگونه از منابع به دست آورد.
رهبر انقلاب اسلامی پرورش قوه اجتهاد را نیازمند کار و تمرین فراوان دانستند و خاطرنشان کردند: اگر این مِتُد درست آموخته شود آن وقت ارزشهای اخلاقی نیز درست استنباط می‌شود.
حضرت آیت‌الله العظمی خامنه‌ای اختلاف نظر در حوزه‌ها در «مسائل عملی، جهت‌گیری‌های فکری و مسائل سیاسی» را بدون ‌اشکال برشمردند اما تأکید کردند: مهم این است که این اختلافات مدیریت شود تا به درگیری و تشنج منجر نشود، همانگونه که بزرگان فقه، فلسفه و عرفان در حوزه‌ها در طول تاریخ با وجود اختلافات، همواره برای خدا به معنای واقعی کلمه اتحاد داشتند.
ایشان همچنین طلاب جوان را به ادب و اطاعت از بزرگان حوزه‌ها و مراجع تقلید توصیه مؤکد کردند و افزودند: بزرگان حوزه نیز در مقابل طلاب جوان، حلم و تحمل داشته باشند.
رهبر انقلاب اسلامی در بخش دیگری از سخنان خود با‌اشاره به مطالبی که برخی برادران و خواهران طلبه بیان کردند، گفتند: این مطالب که با تعابیر خوب و به صورت کارشناسی بیان شد، حاکی از عمق فکری و سطح بالای ‌اندیشه و فهم، و حرکت و پیشرفت حوزه است که واقعاً تحسین‌برانگیز است.
حضرت آیت‌الله العظمی خامنه‌ای با تأکید بر لزوم مطالعه «منشور روحانیتِ» امام خمینی(ره) از جانب طلاب، به پیشنهاد یکی از طلاب برای راه‌اندازی مرکز نوآوری حوزه ‌اشاره کردند و افزودند: استفاده از ظرفیت‌ها و خلاقیت‌های طلاب جوان و تأسیس یک بانک اطلاعاتی از این ظرفیتها پیشنهادی بسیار خوب است.
ایشان با استقبال از تخصص‌گرایی در رشته‌های مختلف حوزه‌های علمیه بویژه فقه، خاطرنشان کردند: فقه استخوان‌بندی و ستون فقرات زندگی اجتماعی و سیاسی است و تخصص‌گرایی در این زمینه نتایج خوبی خواهد داشت اما باید مراقب برخی عیوب تخصص‌گرایی نیز بود.
رهبر انقلاب اسلامی با ‌اشاره به مطالب یکی از طلاب خواهر درخصوص جایگاه اجتماعی خانم‌های طلبه، افزودند: حضور چند ده هزار طلبه فاضل خواهر در خانواده‌ها و در میان زنان جامعه، بسیار مغتنم است، ضمن آنکه باید از ظرفیت این طلاب در مراکز رسمی و فرهنگی استفاده شود.
حضرت آیت‌الله العظمی خامنه‌ای همچنین حجت‌الاسلام والمسلمین اعرافی مدیر حوزه‌های علمیه را ظرفیت بسیار مغتنمی برشمردند و با‌ اشاره به سخنان ایشان درخصوص تدوین برنامه جامع برای حوزه علمیه، گفتند: باید تمرکز اصلی بر اجرایی و عملی شدن این برنامه، قرار گیرد.
پیش از سخنان رهبر انقلاب اسلامی، حجت‌الاسلام والمسلمین اعرافی مدیر حوزه‌های علمیه سراسر کشور در گزارشی با‌ اشاره به تحصیل ۱۵۰ هزار طلبه در حوزه‌های علمیه گفت: شورای عالی و همه مراکز حوزه مصمم هستند در پرتو ‌اندیشه‌های امام راحل و رهبر انقلاب، هدایت‌های مراجع عظام تقلید و بهره‌گیری از همه‌اندیشه‌های طلاب، فضلا و اساتید مسیر بالندگی و اعتلای حوزه‌ها را هموار سازند برنامه‌ریزی کنند.
در ابتدای این دیدار ۱۲ نفر از نمایندگان طلاب، حجج اسلام:
- حسین نظری، مبلغ و فعال قرآنی
- سیدمحمدرضا آیت، طلبه خارج فقه
- مهدی رضایی، پژوهشگر و طلبه سطح ۴
- علی احدی، مدیر مؤسسه تبلیغی-  جهادی مصباح الهدی
- سیدهادی ساجدی، دکترای فلسفه علوم اجتماعی
- مهدی مسائلی، استاد سطح ۲ حوزه
- سیدمحمد هاشمی، طلبه خارج فقه و مسئول راهیان نور و فرمانده گردان
- حسن یوسف‌زاده، دکترای ارتباطات و عضو هیئت علمی
و خانم‌ها:
- صدیقه بهرامی، استاد حوزه و مبلغ
- حمیده بلّو، طلبه سطح ۳ از نیجریه
- افتخار یوسفی روشناوند، فارغ‌التحصیل
سطح ۴ فقه
- سمیه صیادی، طلبه سطح ۴ و فعال قرآنی
بر محورهای زیر تأکید کردند:
- لزوم تأسیس مرکز نوآوری برای بروز خلاقیت طلاب جوان
- تاکید بر نقش حوزه در گره‌گشایی از مشکلات جامعه اسلامی و لزوم ارتباط گسترده‌تر حوزه با مردم
- اهمیت ایجاد سازوکار مناسب برای ارتباط مؤثر حوزه با مراکز علمی و دانشگاهی
- لزوم ورود تشکل‌های خودجوش انقلابی به میدان‌های علمی با به‌کارگیری صحیح نیروها
- لزوم تنظیم ساختارها و برنامه‌ها برای نقش‌آفرینی طلاب خواهر
- انتقاد از چند شغله بودن برخی مسئولان
- یادآوری مسئولیت مستقیم حوزه نسبت به زبان فارسی
- انتقاد از بی‌توجهی برخی مسئولان به ظرفیت طلاب و روحانیون
- پیشنهاد راه‌اندازی اردوهای حوزه‌شناسی به منظور شناخت صحیح از زندگی طلاب
- انتقاد از ورود دیرهنگام حوزه به برخی مسائل اجتماعی
- انتقاد از فقدان بسترهای لازم جهت حضور نظام‌مند و نخبگانی حوزه در عرصه بین‌الملل
- لزوم فرصت دادن به طلاب جوان و نخبه برای پذیرش مسئولیت در گام دوم انقلاب
- توجه به تبیین الگوی خانواده‌محور به صورت شفاف و کاربردی
- ضرورت کاربردی کردن علوم و پژوهش‌ها با توجه به نیازهای روز جامعه
- اهمیت رصد نیازهای آینده اجتماع و تلاش برای تولید الگوی اصیل حوزوی
- لزوم تشکیل بدنه کارشناسی جوان از میان طلاب انقلابی برای تدوین برنامه‌ها و ماموریت‌ها جهت تحقق گام دوم انقلاب
- انتقاد از نبود حساسیت لازم در میان مسئولان در مورد فضای مجازی و استفاده نکردن از ظرفیت‌های موجود در این عرصه
- اهمیت تبلیغ در فضای مجازی و ضرورت راه‌اندازی شبکه ملی اطلاعات و حمایت از افسران جنگ نرم