در پی اظهارات علی مطهری مبنی بر اینکه احتمال دارد نامزد انتخابات ریاست جمهوری شود، روزنامه جمهوری‌اسلامی مخالفت کرد. این روزنامه هر چند غالباً با مواضع مطهری در مواردی نظیر برجام هم نظر بوده اما در واکنش به اظهارات مطهری نوشت:
از آقای علی مطهری که فاقد هرگونه تجربه اجرائی است خواهش می کنیم از این اقدام خودداری نماید و اجازه بدهد بعد از سال‌ها بی‌تدبیری، یک فرد مدیر زمام امور اجرائی را در دست بگیرد بلکه مشکلات کشور حل شود.
گفتنی است روزنامه جمهوری اسلامی تا همین اواخر از مواضع وعملکرد دولت روحانی جانبداری می‌کرد.
علی مطهری اخیراً به شفقنا گفته بود، برای ریاست جمهوری که از بسیاری افراد درخواست بوده و هست درباره من هم بوده‌است. صحبت‌هایی وجود دارد. ولی من جایی وارد شده‌ام که احساس ضرورت کرده‌ام واحساس اینکه از غیر من برای این کار بر نمی‌آید... در بحث ریاست جمهوری هم همین طور است. باید به شرایط آن روز نگاه کنیم و بسنجیم چه افرادی در میان کاندیداها وجود دارد.اگر احساس کنم آنجا،جایی است که باید بیایم و ممکن است رای داشته باشم ولی کس دیگری رای ندارد در چنین شرایطی حضور پیدا می‌کنم.