در بیانیه شورای عالی حوزه‌های علمیه آمده است: اکنون که با سربلندی، چهل سالگی حکومت الهی، اسلامی را پشت سر گذاشته‌ایم، مفتخریم شاهد ورود مبارک انقلاب شکوهمند اسلامی به فصل جدید زندگی خود مرحله «خودسازی، جامعه پردازی و تمدن‌سازی» باشیم.
بیانیه ادامه یافته است: انقلاب اسلامی طی این دوران پر فراز و نشیب و توطئه‌های روزمره بدخواهان، همواره از حمایت و پشتیبانی همه جانبه حوزه‌های علمیه به عنوان پایگاه رفیع علمی، دینی و هدایتی برخوردار بوده و با قوت ادامه دارد و ان‌شاءالله این گام دوم، انقلاب اسلامی را به آرمان بزرگش که ایجاد تمدن نوین اسلامی و آمادگی برای طلوع خورشید ولایت عظمی «ارواحنافداه» هست، نزدیک خواهد کرد.
بیانیه حاکی است: در بیانیه راهگشا و راهبردی رهبر معظم انقلاب«مدظله‌العالی»، جوانان به صورت خاص مورد خطاب قرار گرفته‌اند که آینده و سهم بسیار بزرگی از این کشور را دارا هستند و حوزه‌های علمیه با وجود طلاب و فضلای جوان، انقلابی و خوش فکر، خود را جزو کانون‌های اصلی و موثر مورد اشاره و توصیه‌های این بیانیه مهم می‌داند.
بیانیه می افزاید: امروز به برکت انقلاب اسلامی، هزاران استعداد برجسته و طلاب فاضلِ مشغول به تحصیل، با انگیزه‌های تحوّل‌خواهانه و کار اجتهادی و جهادی، طبقه بزرگی از حوزه‌های علمیه را تشکیل می‌دهند. در طول دوران این چهل ساله، حوزه‌های علمیه با هویتی علمی و پایبندی به تقوا و اخلاق به عنوان کانون اصلی تولید علوم اسلامی، در ساحت آموزش، پژوهش، تبلیغ، نیروی انسانی و بطور کلی در عرصه‌های سخت‌افزاری و نرم‌افزاری توفیق‌های چشمگیری داشته است.
بیانیه حاکی است: رشد، بالندگی و تحول در حوزه‌های علمیه و توجه به سنت‌های عریق آن، با ضرورت استقبال از آزاداندیشی، اعتماد به نفس علمی، تکیه بر روش‌های منطقی و عقلانی در برخورد با آرای مخالف، با تحکیم اخلاق و تهذیب و همچنین ضرورت دشمن‌شناسی و حفظ و تقویت روحیه انقلابی، با شناخت مفهومی رهنمودها و دیدگاه‌های امام راحل عظیم‌الشان(ره) و رهبر معظم انقلاب«مدظله العالی» همچنان نیازمند طی مسیر طولانی، با جدیت و تلاش و فعالیت مستمر است.
بیانیه ادامه یافته است: شورای عالی حوزه های علمیه ضمن حمایت و پشتیبانی قاطع‌ در راستای عملیاتی کردن سرفصل‌های اساسی مورد تاکید رهبر معظم انقلاب اسلامی، بیانیه گام دوم را در دستور کار خود قرار داده است.