متن پیام رهبر معظم انقلاب به این شرح است:
بسم‌الله الرحمن الرحیم
با تأسف فراوان خبر رحلت عالِم ربانی و فقیه پارسا و پرهیزگار آیت‌الله آقای حاج شیخ محمد مؤمن قمی اعلی‌الله مقامه را دریافت کردم. این ضایعه‌ای برای حوزه‌ علمیه است.
مقام علمی و پرورش شاگردان برجسته در کنار تقوا و اخلاص این عالم بزرگوار، و نیز وفاداری و تعهد انقلابی و اجتماعی، شخصیت جامعی از ایشان ساخته بود. سابقه‌ مبارزاتی ایشان به پیش از انقلاب برمی‌گردد و خدمات انقلابی ایشان در تمام دوران چهل ساله مستمراً ادامه داشته است و در دوره‌های متعدد و متوالی یکی از ارکان مهمّ شورای محترم نگهبان بوده‌اند. اینجانب درگذشت ایشان را به خاندان گرامی و فرزندان مکرّم و دیگر بازماندگان و نیز به حضرات علمای اعلام حوزه‌ مقدس قم و بخصوص شاگردان و دوستان ایشان و به عموم مردم عزیز شهر قم تسلیت عرض می‌کنم و مغفرت و رحمت الهی و علو درجات ایشان را از خداوند متعال مسئلت می‌نمایم.سیّدعلی خامنه‌ای
۳ اسفند ۱۳۹۷